又打了三天三夜後，施琅和眾將士都已經筋疲力盡了。在這千鈞一發之際，施琅將軍再度請求天妃顯聖，並下令三軍將士奮勇殺敵，有進無退。
傳說，這時，將士們好像看見天妃從天而降幫助他們，還有紅麵、綠麵的將軍衝殺在前，勢不可擋。
說也奇怪，從這時起，雖然海上煙霧彌漫，但戰艦一路順利，威風凜凜地開進了澎湖列島，並肅清了島上的敵人。占據台灣的鄭克驚聞澎湖失守後，隻好投降。
還有傳說，在未攻克澎湖之前，署左營千總劉春，夜夢天妃告之道：“二十二日必得澎湖，七月可得台灣。”
果然施琅率領的大軍於二十二日攻克了澎湖。又有傳說，在清軍攻克澎湖那一天，莆田平海鄉人去朝拜媽祖，看見媽祖身上的衣袍都被水濕透了，而她的左右兩位神將，綠麵的千裏眼和紅麵的萬裏耳塗油漆的雙手都起了“泡”。
鄉人們都說奇怪，奔走相告。等到出海漁民回來報告施琅將軍攻打澎湖得到天妃幫助，取得勝利的消息後，人們才知道原來媽祖是率領部將去幫助施琅了。
班師回朝後，施琅將軍奏請朝廷，說：“澎湖神助得捷。”
康熙皇帝非常高興，加封媽祖為“護國庇民昭靈顯應仁慈天後”，特旨重修擴建平海天後宮，立下了《平海天後廟重修碑記》。
並且，康熙皇帝還派遣禮部郎中雅虎等人，懷抱著禦香、禦帛到平海天後宮分靈的祖廟湄洲媽祖廟褒嘉致祭。
到了1750年的清代，太子少保兵部尚書總督閩浙地方等處軍務兼理糧餉都察院右都禦史署理閩巡撫何口重修中殿和後殿。在1880年的清代重建中殿。
[旁注]
提督 武職官名，全稱為提督軍務總兵官。負責統轄一省陸路或水路官兵。提督通常為清朝各省綠營最高主管官，稱得上封疆大吏。若以職能分，提督分為陸路提督與水師提督。清朝共在我國各地設置12名陸路提督，3名水師提督。
鄉紳 我國古代社會一種特有的階層。有一部分人是通過科舉及第未仕、退任或鄉村休閑的官員，還有一部分是宗族元老等，他們在鄉村社會上享有較高的文化地位在社會有影響地位，是儒家文化最可靠的信徒。鄉紳捍衛儒學的決心和勇氣更勝官吏一籌。
神龕 是放置神明塑像或祖宗靈牌的小閣。神佛龕座位依神佛主次，作前中後，左中右設位，神佛龕多為橫長方形。龕均木造，雕刻吉祥如意圖案和帝王將相、英雄人物、神仙故事圖像等。
千總 我國古代官名。明代駐守京師的京營兵分為三大營，設千總、把總等領兵官，皆以功臣擔任。後來職權漸漸變輕，到了清代，屬於為武職中的下級，為正六品武官，地位次於守備。
禮部 我國古代官署。從南北朝的北周開始設置，隋唐時期為六部之一，曆代相沿。其中的長官為禮部尚書。管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。禮部下設四司，明清皆為：儀製清吏司、祠祭清吏司、主客清吏司和精膳清吏司。
都察院 明清時期官署名，由前代的禦史台發展而來，主掌監察、彈劾及建議。作為明清監察製度的主要實施者，都察院在維護朝廷正常秩序和保障國家平穩運轉方麵起到了重要的作用。
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在1682年，施琅第一次率兵渡海攻打台澎，因缺風船行很慢，施琅下令返回了平海。但是回到平海後不久，海上就起了大風，戰艦上小艇被風刮下海，不知去向。
第二天風停後，施琅命令出海尋找小艇。找到小艇的時候發現，它們都安然地停在湄洲灣中。據小艇上的被困的人說，在昨夜裏波浪中，好像看到船頭上有一個紅衣女子，穩住了小艇，盡管多次差點發生危險，但每次都化險為夷了。
施琅認定是媽祖再次幫助顯靈了，非常感動，命令整修了平海天後宮，重塑媽祖神像，並捐重金建了梳妝樓和朝天閣，並請回媽祖神像一尊奉祀在船上。