兩山對開，其形如闕，謂之天彭門，亦曰天彭闕，江水自此已上微弱，所謂發源濫觴者也。
這是岷江最上遊的情況。
接著注文分段敘述了流程情況：
自白馬嶺回行二十餘裏至龍涸，又八十裏至蠶陵縣，又南下六十裏至石鏡，又六十餘裏而至北部，始百餘步。又西百二十餘裏至汶山故郡，乃廣二百餘步。又西南百八十裏到濕阪，江稍大矣。
這樣的注文，就把各個河段的長度和寬度交代得很明白。如果用這段珍貴的古代自然地理資料與現代的情況進行比較，那麼這一河段在曆史上的變化就可以了如指掌了。
峽穀險灘是河流流程中常見的，也是河川研究的對象，《水經注》對這方麵的敘述也很豐富。如長江上的三峽、黃河上的龍門、三門、洛水上的伊闕、湘江上的空冷峽等。
全書中記載的峽穀近300處，許多都敘述得繪聲繪色，成為著名的散文名篇。比如酈道元的《三峽》就是其中之一：
自三峽七百裏中，兩岸連山，略無闕處；重岩疊嶂，隱
天蔽日，自非亭午夜分，不見曦月。至於夏水襄陵，沿溯阻絕。或王命急宣，有時朝發白帝，暮到江陵，其間千二百裏，雖乘奔禦風，不以疾也。春冬之時，則素湍綠潭，回清倒影。絕巘多生怪柏，懸泉瀑布，飛漱其間。清榮峻茂，良多趣味。
每至晴初霜旦，林寒澗肅，常有高猿長嘯，空穀傳響，哀轉久絕。故漁者歌寫道：“巴東三峽巫峽長，猿鳴三聲淚沾裳！”
這段文字是一篇著名的山水之作，以不到區區200字的篇幅，作者描寫了三峽錯落有致的自然風貌。文章雖短，但展示了祖國河山的雄偉奇麗、無限壯觀的景象。
瀑布對河流水文研究也有重要價值。《水經注》共記有60餘處，地理位置準確，還記載了不少瀑布的高度。關於瀑布的名稱，《水經注》中有很多別稱，如“飛波”、“飛清”等，這是《水經注》在語言文學方麵的貢獻。
對河流水文的其他要素如含沙量、水位、流速、冰期等，《水經注》也有詳細記載。黃河的含沙量世界上罕見，《水經注》上說：“河水濁，清澄一石水，六鬥泥。”就是說，從河水中提一石水，其中有六鬥都是泥沙，可見含沙量是相當大的。
我國北方河流冬季都有結冰期，《水經注》記載黃河“寒則冰厚數丈”，這就是冰層的厚度，還記載了黃河上幾個可以采冰的河段。《水經注》除了記載河流外，還記載了許多湖泊，據統計超過了500處。有大量的淡水湖，如洞庭湖、彭蠡，即今鄱陽湖；還有一些鹹
水湖，如蒲昌海，即今羅布泊、內蒙古西部的居延海。對這些湖泊的記載，在湖泊地貌、水文方麵都提供了許多資料。湖泊形成後，在地質循環和生物循環的過程中，總是在不斷淤淺，甚至最後變成窪地，這種過程，地理上稱為湖泊的沼澤化現象。《水經注》就記載了田澤消失過程中的情況：
澤在中牟縣西……東西四十許裏，南北二十許裏，中有沙岡，上下二十四浦，津流徑通，淵潭相接，各有名焉……浦水盛則北注……
田澤是古代有名的大湖，在先秦的《詩經》中已有記載。但由於湖泊的沼澤化過程，到了酈道元著《水經注》的時候已經分化成了24個小湖，文中所謂“沙岡”，即湖底泥沙增多，湖水變淺的現象，是沼澤化的現象，唐宋以後田澤就完全消失了。
湖泊這種由大到小，由整體到分散的過程，具體說明了田澤的湮廢過程，《水經注》的翔實記述為我們了解研究湖泊沼澤化過程提供 了很有價值的數據。
《水經注》中對地下水的記載也很豐富，共記述了泉水200多處，溫泉38處。還記載了分布在各地的水井，對了解古代地下水位很有參考價值。
《水經注》對動植物地理也有許多記載。全書記載的植物達140餘種，包括在我國常見的溫帶亞熱帶的森林，也有西北幹旱地區的草原、荒漠植被，還記載了我國南方和現在中南半島的熱帶森林自然景觀。
《水經注》記載的動物有許多已在我國絕跡或在分布上有很大變化，使我們更便於研究古今動物地理分布的變遷。
如《水經注》中記載了一種稱為“水虎”的動物，就是今天的揚子鱷，當時還可在今漢水中看到，可現在的揚子鱷隻有在長江下遊的少數地方還有少量分布。揚子鱷分布地區呈現出逐漸退縮的狀況，數量也大減，因此我們就更要保護它了。
《水經注》在人文地理學方麵也有諸多記載。
酈道元很重視農業生產，而農業生產與水的關係極其緊密。《水經注》中處處體現著酈道元對農田水利的重視。對許多大型設施的記載都很詳細。
在重視農業的同時，《水經注》也留下了手工業的珍貴資料。
書中記載手工業的門類比較齊備：采礦、冶金、紡織、造紙、食品等。還記載了能源礦物，如石油、天然氣、煤，金屬礦物如金、銀、銅、鐵、錫等，非金屬礦物，如硫黃、鹽、雲母、石英等，對它們的分布和用途都有介紹。