攻克壽春之後，太平軍不做停留。再次東時，一路勢如破竹連九江，安慶，蕪湖等重鎮和戰略要地。太平軍如此輕鬆的攻克三處重鎮，使得在江南經營日久的江南大營主帥英桂擔憂不已。十一月，欽差大臣，江南大營主帥英桂派人聯係了江北大營主帥，欽差大臣琪善，湖廣總督向榮，兩江總督陸建瀛，打算大起四處之兵圍奸太平軍於江西生鎮九江城內。
英桂的願望是美好的。可是他沒有算到他聯係到的人卻是一群飯桶加草包再加怕死鬼。這其中隻有向榮對英桂的建議，響應激烈，收到英桂的消息之後，連夜就招集人馬，派遣了湖北布政使胡林翼側應英桂。至於其他兩位大人卻是隻敢遠遠地陣兵列陣，不敢近前參戰。江北大營主帥琪善一向是個貪生怕死之輩。自上任以後，銀子沒少撈，事卻一件沒做。
鹹豐讓他統轄江北大營於信陽，新野一線，他就真的招集了七八萬兵馬駐防在這一線，至始至終沒有邁出過一步，而另一個貪怕死的大人，兩江總督陸建瀛更是聞太平軍之名而色變色，縮在南京城裏不敢出來。偏這兩人還有理由，美其名曰，那是危逼太平軍，至始其與精銳之江南大營兵馬決戰。
見到這兩人如此不濟，英桂在帥帳裏氣得直罵娘但是他又不得不下決心戰一戰太平軍。太平軍占住九江，蕪湖是在他的轄地裏作亂，他作為江南大營的主帥不能視若無睹。十一月中旬，英桂與到來的湖北布政使胡林翼合兵一處，盡起江南大營十萬大軍進逼九江。
說起來，這英桂較之向榮還是比較能打仗的，隻是無奈，滿清八旗，漢軍綠營兵馬早已不再如從前，這些兵痞子平時欺負百姓時個個是能手，一遇戰事，一觸即潰。不管英桂怎麼叫喊，督戰，殺了無數逃兵，江南大營十萬大軍硬是沒有能逼近九江城一步，反而在九江城下損兵折將，損失了近萬人馬，激戰月餘，無功而返。
十二月初天氣漸寒，無奈之下的英桂隻得領兵退回南昌、南康一線借以威嚇太平軍。太平軍雖擁兵數十萬，但是這其中絕大部分都為老弱婦人，能戰之兵不過區區五萬不到，雖然打退了清軍的反撲也無能力再趁勝追擊擴大戰果。
1852年年底將近，雙方勢力似乎都因為這即將到來的中國人最在乎的節日而消停了下來。清軍南北兩大營，南大營英桂因為得不到江北大營的響應，無力進剿太平軍。兩江清軍早就被太平軍的氣勢嚇得不敢出南京城了。而對太平軍最上心的湖廣總督向榮自湖北武昌一戰之後就一心整訓兩湖軍務，也沒有心思去敢太平軍的事了。因此雙方在九江一線形成了第一次平靜的對峙。
有了左宗棠、馮子才這文武兩位大將，向榮在兩湖整訓軍務可謂順風順水。馮子才是土匪出身對於收買人心很有一套。自從向榮讓他整訓湖北軍務之後，馮子才就馬上招集了湖北各地方的大小武將，嚴查克扣士兵軍餉，吃空餉的將領。
有了向榮的尚封寶劍，馮子材一個小小的總兵，做起事可是不留後手，抓到吃空餉和克扣軍餉的人馬上抓起來交給向榮，空出來的空缺從那些隨向榮一路追擊太平軍過來的廣西兵代替，重重地振攝了一些腐改現像，受到了廣大湖北士兵的歡迎。收拾了人心，馮子才又開始加大對兵馬的訓練，將一些老弱不合格的老兵清除出軍隊，換上年輕力壯之士。
在馮子材在湖北大刀闊斧地進得整訓之際，剛剛升任了湖南巡撫的左宗棠也在湖南開始了一係列的整訓工作。湘民向人民風彪悍，士兵作戰完強，堅韌無比。隻是這些年由於太平無事，各地都沒有什麼訓練，而且將領吃空餉，克扣的事情嚴重，鬧得士兵與將領之間出現極大的隔閡。左宗棠針對一現像，嚴格查辦腐敗將領，加強訓練，精減軍隊。
他還請出了在籍兵部士郎曾國番作為自己的助手，改革軍製，大力任用文人仕子擔任軍隊的指揮官，將原有之八旗綠營編製打散得新編製，以營為作戰單位，避除了戰時將找不到兵，兵找不到將的時敝。一時之間兩湖軍力有了長足的發展。
時到十二月底，為了能得到一個穩固的休養空間，太平軍於鹹豐二年十二月二十日發起了一次針對兩湖水師的戰事。當日，太平軍水師戰船數千，由西王石達開為首，率軍十萬再次溯江而上，兵發湖北。向榮一來沒有想到已離開的發賊會為了自己的幾百條破船殺個回馬槍，二來兩湖水師在上武昌戰役中早已名存實亡了根本擋不住太平軍的攻擊。
於是太平軍於十二月二十九日再克武漢三鎮，封鎖了洞庭湖出口，盡滅了兩清水師，消除了太平軍東進的後顧之憂。占領武漢三鎮的太平軍本想一股作氣再次拿來湖北省治武昌。奈何太平軍上次攻占武昌之時所作所為都大失民心，再加上向榮率軍死戰不退，最終太平軍因補給困難而放棄了攻占武昌的打算，留下太平軍悍將陣玉誠率軍五萬，戰船千艘扼守長江水道，之後回師九江。