〇1997年丁醜
所指導的新亞博士生李啟文通過學位論文《魏晉南北朝水利事業研究》答辯。
7月，遺作《新舊兩唐書史料價值比論》刊於《新亞學報》第十八卷《嚴耕望教授紀念特刊》。
10月，嚴夫人段畹蘭將耕望的四千餘冊書刊（包括傳世文獻、出土文獻、文物圖錄、考古報告、近人論著、地圖、辭典、索引、期刊、學報等）捐贈台灣中正大學曆史係，收藏於該係圖書室以供學生參閱。
12月，由在台弟子籌劃的《充實而有光輝：嚴耕望先生紀念集》，在台北稻禾出版社出版。《紀念集》分“回憶與懷念（紀念文章）”、“嚴耕望先生著作選（經驗談、論著序言）”、“生平與學術（傳略、學傳、著作目錄）”和“附錄（挽聯、挽詩及信函影印）”四部分。
〇1998年戊寅
3月，遼寧教育出版社《新世紀萬有文庫》將《治史經驗談》、《治史答問》、《錢穆賓四先生與我》合為《治史三書》，納入該文庫第二輯的《近世文化書係》出版。
6月，廖伯源撰《嚴耕望傳》收入台北《國史擬傳》第七輯。
10月，《嚴耕望先生紀念論文集》由台北稻鄉出版社出版。
共收論文16篇，依內容分為學術文化、政治社會、製度地理三編。
〇2003年癸未
4月，遺著《唐代交通圖考》第六卷《河南淮南區》經弟子李啟文整理，由中研院史語所正式出版。共收正文六篇：《洛陽鄭汴驛道及汴城館驛》、《洛南三關》、《洛陽鄭汴南通漢東淮上諸道》、《桐柏山脈諸關道》、《中原東通海岱遼東新羅道》、《海岱地區南北交通兩道》。附文一篇：《齊長城地理考略》。地圖兩幅：《南北朝隋唐時代桐柏山脈諸關道圖》、《中古時代齊長城遺跡圖》。卷末附《本卷綱文古地名引得》。又據耕望原先計劃，第六卷擬撰十餘篇，除已歸入《隋唐通濟渠考》論述範圍的二十餘萬字篇幅（時史語所已計劃另行出版）外，至少還有《中原東南通江淮之陸道》及《荊門以東大江沿流市場與津渡》兩篇。前者僅成一節，已被置諸《隋唐通濟渠考》之首，後者未及動筆，竟成永恨。
12月，耕望前為“錢賓四先生百齡誕辰學術研討會”準備之講稿《賓四先生對於中國史上政治製度之觀察》，收入香港中文大學新亞書院《新亞學術集刊》第十四輯《錢賓四先生百齡紀念會學術論文集》。
〇2005年乙酉
7月，遺著《魏晉南北朝佛教地理稿》經弟子李啟文整理後，由中研院史語所作為《專刊》之一〇五出版。此《稿》除第七章《五台山佛教之盛》已發表，第八章《佛教石刻之地理分布（石窟造像及其他刻石）》未寫就外，其餘各章皆為初稿，以視《唐代交通圖考》第六卷及《隋唐通濟渠考》存稿之大體已寫定者，實大異其趣，故隻具雛形。見存各章，篇幅不一。第九章《結論》原稿僅存兩頁，第一章《佛教東傳及其早期流布地域》、第二章《三國西晉佛教流布地理區》、第三章《東晉時代佛學大師之宏佛地理》雖已寫成，而篇幅不大。第四章《東晉南北朝高僧之地理分布》除已稍成之“2、東晉高僧遊錫與地理分布”、“3、南北朝高僧遊錫與地理分布外”（第1節缺），其餘為據正續《僧傳》所作之統計素材。第五章《東晉南北朝佛教城市與山林》因分地敘述，篇幅最多。第六章《佛教教風之地理分布》之“禪誦”部分，亦未撰述完畢。第七章為全書最完備之一章，或以曾發表之故。地圖六幅：《漢末佛教流布區域圖》、《東晉時代高僧駐錫分布圖》、《東晉時代高僧遊錫圖》、《南北朝時代高僧分布圖》、《南北朝時代高僧遊錫圖》、《晉末南北朝佛教地理中心與名山合圖》。