其時，樹棠已在秦漢人文地理方麵搜集有幾十萬字的史料，計劃寫一部《漢史地綜》，從地理形勢、物力人才的分布、民俗風情、文化心態的差異諸方麵，探究漢代曆史演變的某一側麵。
但隻寫出一篇《兩漢的兩都》，短短數千字，說明西漢的長安是個動態的都市，東漢的洛陽是個靜態的都市，反映了兩個時代的整體精神。耕望許之為高層次的論點、高境界的論文。
一日，又在庭院中與錢穆閑談，耕望表示對樹棠佩服之意。
錢穆說，“你是我認識的最有希望的學生，樹棠前途不如你。”耕望為之愕然不解，因問何以有如此非同一般的看法。錢穆道，“樹棠個性執著，程度雖好，但很難發得開！”意謂其易入極端，而不知變通。另據錢穆日後回憶：
錢生博覽多通，並能論斷。嚴生專精一兩途，遇所疑必商之錢生，得其一言而定。然錢生終不自知其性向所好，屢變其學，無所止。
暑期，看《全唐文》至三百幾十卷，寫錄資料卡片。齊魯研究所時代，耕望亦開始對杜詩發生特別興趣，暇時常誦讀杜詩以為消遣。耕望愛杜詩，是深感杜翁對家庭、對朋友、對社會人群都有一分真摯深厚的感情，而以沉鬱雄渾的風格發之於詩篇，對自己有極大吸引力，能背誦一百多首，往往山林海濱高歌狂吟，似有意氣風發之概。自謂對於古今任何人物，隻有欽佩，而無崇拜，隻是對於杜翁近乎崇拜，是個例外。進而認為，一個人對於社會人群最具自發性影響力的要以文學家為第一。此外，耕望對於王維等人有山林氣味的詩篇也很喜歡，蓋與其愛好大自然的稟性有關。
耕望在每周六的講論會上報告“兩漢地方官吏之籍貫限製”的研究體會，根據一千多條事例作統計，結論是：1．自武帝以後，凡是朝廷任命的長官都非所統轄地區的本地人，縣令長不但不用本縣人，也不用本郡人。2．顧炎武說，州郡縣長官自由任用的屬吏，都是本地人，檢查下來有幾個例外，但不是有特殊原因，就是正史所記籍貫有誤。耕望本以為所講不過是些小小的結論，錢穆聽後卻為之精神一振，說：這是個極重要的、具有深刻意義的大發現，豈是小問題！秦漢時代，中國剛由分裂局麵進入大一統的局麵，封建潛勢力仍存在，而交通不便，極易引發割據觀念。
若任本地人做本地長官，則名為統一國家，其實在文化意識上並不統一，對於大一統的局麵甚為不利。漢製地方長官全用外地人，自不易發生割據自雄的觀念。但本地民情隻有本地人最清楚，規定地方長官任用的屬吏必須為本地人，既可避免長官任用私人，複可使地方行政推行順利。故此一法規極有意義，不可等閑視之。耕望感到聽錢穆講評，最得益處的是其隨時提醒諸生，要向大處看、遠處看，不能執著地盡在小處琢磨，忘記大目標；盡往小處做，不能有大成就。
9月，《兩漢郡縣屬吏考》發表於金陵齊魯華西三大學《中國文化研究彙刊》第二卷。
28日，齊魯研究所師生多人徒步旅行到新都賞桂，途中錢穆談得很多。耕望於當天日記中寫下兩千多字，例如錢穆說：
我們讀書人，立誌總要遠大，要成為領導社會、移風易俗的大師，這才是第一流學者！專守一隅，做得再好，也隻是第二流。現在一般青年都無計劃的混日子，你們有意讀書，已是高人一等，但是氣魄不夠。例如你們兩人（手指向錢樹棠與嚴耕望）現在都研究漢代，一個致力於製度，一個致力於地理，以後向下發展，以你們讀書毅力與已有的根柢，將有成就，自無問題；但結果仍隻能做一個二等學者。
縱然在近代算是第一流的成就，但在曆史上仍然要退居第二流。我希望你們還要擴大範圍，增加勇往邁進的氣魄！
錢樹棠問：梁任公與王靜安兩位先生如何？錢穆曰：任公講學途徑極正確，是第一流路線，雖然未做成功，著作無永久價值，但他對於社會、國家的影響已不可磨滅！
王先生講曆史考證，自清末迄今，無與倫比，雖然路徑是第二流，但他考證的著眼點很大，不走零碎瑣屑一途，所以他的成績不可磨滅。考證如此，也可躋於第一流了。
耕望說：我也想到，做學問基礎要打得寬廣。但我覺得大本大源的通貫之學，實非常人所可做到；我總覺天資有限，求一隅的成就，已感不易；若再奢望走第一流路線，恐畫虎不成反類狗。
錢穆曰：
這隻關自己的氣魄及精神意誌，與天資無大關係。大抵在學術上成就大的人都不是第一等天資，因為聰明人總無毅力與傻氣。你的天資雖不高，但也不很低，正可求長進！
過了幾天的一次晚飯後，錢穆在大門外又與耕望有一段閑談。錢穆曰：
一個人無論讀書或做事，一開始規模就要宏大高遠，否則絕無大的成就。一個人的意誌可以左右一切，倘使走來就是小規模的，等到達成這個目標後，便無勇氣。一步已成，再走第二步，便吃虧很大！
是後，錢穆又幾次與諸生強調同一問題：
中國學術界實在差勁，學者無大野心，也無大成就，總是幾年便換一批，學問老是過時，這難道是必然的嗎？是自己功夫不深，寫的東西價值不高！求學不可太急。太急，不求利則求名，宜當緩緩為之；但太緩又易懈怠。所以意誌堅強最為要著！……要存心與古人相比，不可與今人相較。
今人隻是一時之人，古人功業學說傳至今日，已非一時之人。以古人為標準，自能高瞻遠矚，力求精進不懈！
自樹棠來齊魯研究所後，耕望已決定專向製度史方麵發展，心中慢慢形成一個“中國政治製度史”研究計劃，當時的理想是用現代方法寫一部《國史政典》。10月13日，與錢穆談到此項計劃，擬以畢生心力完成這部書。錢穆極力讚許。是日晚餐後於野外散步，錢穆謂之曰：
近人求學多想走捷徑，成大名。結果名是成了，學問卻談不上。比如五四運動時代的學生，現在都已成名，但問學術，有誰成熟了！第二批，清華研究院的學生，當日有名師指導，成績很好，但三十幾歲都當了教授，生活一舒適，就完了，怎樣能談得上大成就！你如能以一生精力做一部書，這才切實，可以不朽。
又一次晚飯後，與錢穆在前庭步月，談到中國學人讀書之不易，錢穆曰：
中國讀書人在未成名之前要找一碗飯吃，都不太容易；一旦成名了，又是東也拉，西也扯，讓你不能坐下來好好安心讀書！
其時，《國史大綱》出版未久，錢穆在學術界、社會上，名氣日盛，邀請講學的很多，又要常常到重慶，開會講演，浪費不少精力與時間，故而有此感慨。複告誡耕望說：
你將來必然要成名，隻是時間問題；希望你成名後，要自己把持得住，不要失去重心；如能埋頭苦學，遲些成名最好！
最後一番話對耕望影響極大。蓋自念農家子弟，安徽教育又遠較蘇、浙兩省落後。自覺天分有限，雖意誌堅定，也有幾分自信，卻絕不至狂妄到能有極高的自許。以錢穆的橫溢天才，而曆教南北各大中小學，閱人無數，在學界有崇高地位，竟對自己屢致讚許，認為極有前途，自然信心大增，能更堅定不移向前奮發。
是年，耕望另有大學四年級舊稿《中國軍事地理形勢之今昔》刊於《聯校》第二卷第二期。
〇民國三十二年癸未（1943年）二十七歲
春，複就《秦漢地方行政製度》正文改訂一過，並增加“任遷途徑”與“籍貫限製”等章。全書至此告成，計正文二十餘萬字。
附錄《兩漢太守刺史表》亦近二十萬字，分“西漢郡國守相表”、“東漢郡國守相表”和“兩漢司隸刺史表”三卷。
夏，齊魯大學易長。新任校長與董事會不和，人事糾紛波及國學研究所。哈佛燕京學社協助研究所的經費大削，勢必裁員。
錢穆以為都是自己學生，不欲顯得厚此薄彼，遂辭職改任華西大學教職，率領諸生到華大後園一幢洋房聚居，各就職業。耕望、錢樹棠和吳佩蘭三人轉入四川大學研究所繼續學業。
9月，《兩漢郡縣屬吏考補正》發表於金陵齊魯華西三大學《中國文化研究彙刊》第三卷。
4日，與錢樹棠遷寓川大宿舍，雖房舍古舊，也還寬鬆舒適。
惟搬遷途中，失落高小時代長兄嚴德明所贈商務版中國地圖一冊，深以為憾。
不久，錢穆囑耕望到華西大學講授一班“中國通史”。耕望本不想教書，但念錢穆既好意有此安排，對自己亦有擴大學術基礎的好處，所以到華大兼課，並遷住錢穆寓所。同時聚居者有李定一等七八人，錢樹棠、吳佩蘭亦常來盤桓。
其時，嚴父裕榮公已年近八十，嚴母亦屆古稀。長兄德明屢次來信催促，希望耕望早日回家省親。
11月15日，又得長兄來信，囑耕望翌年定要回家覲省。
不數日，耕望又接高中曆史老師李則綱（時任安徽省文獻委員會副主任委員，兼省立師範專科學校曆史係主任）信，雲安徽師範專科學校已升格為安徽學院，曆史係仍由其主持，希耕望回鄉任教，旅費由學校彙付。適會友朋中有喪親者，耕望聞之心中警惕，因思雙親年高，亟當省侍，與其在外教書，不如回鄉，遂決計翌年東歸。既已有此決定，遂作一切準備，一方麵分批郵寄書物，一方麵搜集到校上課之教材。
〇民國三十三年甲申（1944年）?二十八歲
4月13日，耕望拜別錢穆，首途至重慶。師生三年日夕相處，一直很融洽，隻有一次錢穆命耕望與錢樹棠做一件事，兩人遲疑未即應命。事後耕望很後悔，次日吳佩蘭告訴耕望、樹棠，昨日之事，先生很生氣。耕望約樹棠向錢穆請罪，樹棠不敢去，耕望曰，自己老師，無論如何都不能不去。見麵時，錢穆還起立相迎，笑容滿麵。耕望和錢樹棠深表悔意，錢穆曰：
我平日自知脾氣很壞，昨日不願當麵嗬責，恐氣勢太盛，使你們精神感到壓迫，傷了你們銳氣。但昨日之事實不可諒。你們努力為學，平日為人也很好，所以我希望你們能有大的成就，但此亦不僅在讀書，為人更重要，應該分些精神、時間，留意人事。為人總要熱情，勇於助人，不可專為自己著想！
耕望到重慶後不數日，中原戰事複起，襄陽老河口歸路斷絕，返鄉省親之計劃遂不果行。
5月3日，得錢穆信，望耕望仍回成都。其時國立編譯館在北碚，耕望熟人較多，因想暫留重慶，以能進編譯館為上佳，乃向錢穆說明此意。
不數日，錢穆來信，仍盼耕望能回成都，但附一封致編譯館館長陳可忠的介紹信。乃持信至北碚，值館長病假，友人李符桐告訴耕望，人文組主任鄭某心地仄狹，非中央大學出身者，甚難被錄用，且其人對錢穆亦頗存忌心。其時，顧頡剛在北碚主持《文史雜誌》社和《中國史地圖表》社，耕望以此情相告。顧亦雲，彼時進編譯館誠不易，但錢穆既已寫信介紹，不妨一試。然耕望念及錢穆信中情辭懇切，至有“倘能予一位置，感同身受”之語，恐一旦遭拒，將大失老師顏麵，故決然作罷。
顧頡剛複建議耕望到中央政治學校，以發揮政治製度研究之專長，錢穆亦有此意。耕望顧慮學校之政治色彩而甚為遲疑。
17日，耕望遵顧頡剛囑，為中華史學會標點《後漢書》。
24日，耕望自國立編譯館宿舍遷出，暫居《中國史地圖表》社宿舍。
不久，顧頡剛複命耕望至北碚修誌委員會工作。該委員會隻兩名工作人員，傅振倫為主任，耕望為編輯員兼打雜。研究工作無法展開，自謂此為其平生最不得意之時期。
7月5日，得錢穆信，謂《秦漢地方行政製度》稿可能有出版機會，又雲：
近又細閱一過，較三年前初稿進步極遠，盼能堅持意誌，潛心孟晉，勿負私願！
8月，耕望得識《史地圖表》社工作員段畹蘭。段女士成都人，中央大學曆史係畢業，兩人相識而相戀。
9月26日，顧頡剛為耕望批《秦漢地方行政製度》稿。
10月5日，顧頡剛看耕望《秦漢地方行政製度》序，略改。
在渝期間，耕望曾聽顧頡剛自我評論，深悔年輕時名氣弄得太大，不能安心工作，對於史學並無多大貢獻，隻孟薑女研究真正有點成就而已。耕望以為此實肺腑之言，惟不免過分謙虛耳。
耕望作《北碚自然地理概述》，收入《嘉陵江日報·北碚小誌》第三、四期。
顧頡剛至成都，欲將齊魯研究所史學部遷到北碚。耕望奉其命至北溫泉縉雲山石華寺看擬議中之所址，於11月17日以書信向顧報告：
頡剛吾師函丈：
一別數日，不識師座何日安抵蓉城，深為縈念。上星期日（十二號）天氣尚佳，生遵囑赴縉雲山看太虛作介之所址，值金北溟先生作溫泉遊，乃詢山僧，自至石華寺一看。寺在縉雲山西側，由縉雲寺右行二三百步，下一小嶺坡，又裏許即至。地極幽靜，惟一老僧住守，因述來意，請彼領導參觀。
太虛所言房屋並非僧舍，而為寺側之另一棟新宇，情形略與縉雲寺之漢藏教理院址相似，樓上樓下共二十四間，前曾為三峽實驗區訓練所（看門牌所知），垣外篁篠翳翳，有石筍圍大數十丈，高數百尺，乳峰聳立，苔蘚蔥蘢，饒有佳趣。寺右五峰攢聚，若指掌，若筆架，蒼翠秀發，穎霧淩雲，猝矚之令人悠然遐想，有世外之思。以生觀之，縉雲諸峰當以此為最峭秀。寺距澄江鎮十一二裏，登樓放眼，回巒攝合，一麵壑開，澄境河埠盡入眼簾。故就環境而論，縉雲寺亦且不及，賴院更不足與論（生在賴院兩年，覺其惟一缺點即無山水之樂）；就屋宇而論，棟瓦尚新，光線亦佳，飲水無問題，距市亦不算太遠。而測老僧口氣，極欲出租，則房價必不太高。以生愚見，若無其他意外特殊之原因（房屋如此好而無人住，是以疑有他故，或者地太僻靜歟），以作研所所址實極理想；畹蘭同遊，亦有此感。蓋來此讀書不啻世外，可以頤神，可以深思也。生等此遊觀感略陳如此，一切俟吾師回碚親察為幸。日來料甚匆忙，不識已與錢先生晤談否？便中請將生擬回研所讀書之意相告為禱。又前承師座雅意，擬請中國出版公司印行拙作《兩漢地方行政製度》，刻已與湯校長商談可以補助印刷費否？時序初冬，氣候不爽，諸希珍攝。
餘容後陳。專此，敬請道安。
師母統此致候。
學生耕望謹上十一月十七日。
28日，顧頡剛覆信耕望：
耕望學兄足下：
接誦來書，藉稔石華寺風物之美，至為歡忭，未識房金究需幾何，有法一詢否？此間研究所事，因剛初到，交際太多，迄未擬出預算，開會商定一切。然美金賣出權在外人，彼輩至今猶定百二十換，則一所兩設，其事自難或將中國出版公司之編譯所設於彼處，而整理《廿四史》事亦占一二室，然荒僻之區總須人多方膽大，不知能湊滿二十人否？賓四先生已晤數次，渠胃病猶未愈，飯食稀少，衰態頓增。寅恪先生之眼亦有轉盲之慮。抗戰期中學人之損失大矣。華大哲史研究室名存實亡，黃少荃女士已返江安矣。畹蘭所作傳記已竣事否？念念。《北碚誌》推進至何程度？並在念中。別成都兩年半，重遊舊地，觸目新奇，雖飛機翔集頭頂，而大家依然度戰前之安適生活，其氣度真不可及也。剛來後住魯齋，雖湫隘而方便。前研究所中同人尚未多晤。匆匆，即祝撰祺。
維華先生前問好。畹蘭前問好。
顧頡剛敬啟十一月廿八日。
錢穆將《秦漢地方行政製度》稿送至商務印書館，時後方物資匱乏，經濟困難，是書篇幅又大，故商務不願印，免致虧累。