古卷的整理
發現《死海古卷》之後，有不少書刊陸續出版，讓世界各地的學者有機會讀到初步發現的資料。可是，要看到成千上萬來自4號洞穴的殘篇，就困難得多了。這些殘篇由東耶路撒冷（當時屬於約旦）巴勒斯坦考古博物館的一小群國際學者負責保管。這個考古隊裏並沒有任何猶太或以色列學者。
考古隊的政策是，官方未公布研究結果，就不準任何人查看書卷。考古隊的人數也保持有限的數目。每逢一個隊員去世，隻可讓另一個學者加入去取代他。這個考古隊其實需要多些學者才能應付龐大的工作量。有些時候，他們還需要更多精通古希伯來語和阿拉米語的專家才行。詹姆斯。範德卡說：”八個專家，不管多高明，根本應付不了成千上萬的殘篇。”
在1967年爆發的”六日戰爭”，以色列奪得了東耶路撒冷，於是書卷歸以色列監管；但沒有人給書卷的研究小組製定任何不同的政策。發行4號洞穴書卷的事起初耽延了幾年，後來更耽延了幾十年。有些學者對此表示強烈不滿。1977年，牛津大學的蓋佐。韋爾邁什教授把這宗事件稱為20世紀學術界的最大醜聞。當時開始有傳聞說，天主教會故意隱瞞真相，不願透露書卷中對教會不利的資料。
1980和1990年間，研究隊的人數終於增至20個學者。到1990年，在新委任的總編輯，耶路撒冷希伯來大學的伊曼紐爾。托夫領導下，研究隊的成員增至50多位學者。他們定下嚴格的時間表，要把剩下的抄本，連同學者的詳細評論和修訂，全部付梓。
1991年，事情有了意想不到的真正突破。首先，《未發表的死海書卷初版》正式印行。這本書是根據研究隊的聖經語詞索引，在電腦支援下編成的。接著，美國加利福尼亞州聖馬力諾的亨廷頓圖書館宣布，他們願意向任何學者提供整套書卷的圖片。不久，《死海書卷摹本》麵世，書中圖文並茂，以往沒有發表的書卷人們現在都能夠一一讀到。
因此在1990年代，《死海書卷》已全部印行，可以供人查證。研究清楚表明，沒有人企圖隱瞞事實，也沒有任何書卷被人藏起來。這些書卷的正式版本全部發行後，全麵的分析才能開始。
古卷的考證
各種用來確定古代文獻年代的方法顯示，這些書卷是在公元前3世紀至公元1世紀抄成或撰寫的。有些學者認為這些書卷是聖殿在公元70年遭受毀滅之前，耶路撒冷的猶太人把它們藏在洞裏。可是，大部分研究這些書卷的學者卻認為，這個看法與書卷本身的內容並不一致。許多書卷所反映的觀點和習俗，都與耶路撒冷宗教權威的看法大相徑庭。這些書卷透露，有一群人相信，上帝已經棄絕了耶路撒冷的祭司和聖殿職事，並認為他把這群人在荒漠所作的崇拜，視為取代了聖殿崇拜的安排。耶路撒冷聖殿看來不大可能把這樣的書卷收藏起來。
雖然庫姆蘭（即上文昆蘭）很可能有一群抄經士，但許多書卷大概是信徒從別的地方收集得來，然後帶到這裏的。從某個意義上說來，死海古卷是個範圍廣泛的書庫。像其他書庫一樣，死海古卷可能包括各種各色的思想，不一定全都反映讀者本身的宗教觀點。不過，有些書卷有多份抄本，這件事很可能把這個教派的信仰和格外關注的事反映出來。
貢獻
古卷的發現，解決了許多以前學術界，在舊約經文上的爭議。比如在《詩篇》22章16節中，大部分聖經譯者選用七十士譯本的翻譯，”他們紮了我的手和腳”。但從馬所拉譯本的直譯是，”我的手和腳像獅子一樣”。在1999年7月發表的有關死海古卷的文章中，福林特博士，死海古卷學院的負責人，向我們證實了從死海古卷中可知，”紮了”的翻譯的確更接近原文。推翻了”‘紮了’是基督教為了宣揚教義而誤譯”的說法。說明現代聖經的翻譯是正確的。 由於《約翰福音》和保羅書信的寫作風格和思想特色，被指為受了諾斯底派的影響，一度被人視為第二世紀的作品。然而同樣的風格和特色卻出現在死海古卷的作品中，由此可見《約翰福音》和保羅書信像死海古卷一樣，同屬第一世紀的著作，也同樣忠實地反映出施洗約翰以及初期教會所處的社會麵貌。此外，《希伯來書》和《啟示錄》也因著比對《死海古卷》的相關資料來確定成書時期，兩者都不遲於公元70年。
尤其值得一提的是，《死海古卷》中的舊約抄本，為新約經文提供了準確翻譯的依據。例如《使徒行傳》7：14中所提到的雅各全家下埃及的共七十五人，與《創世記》46：27中所記的七十人有出入。現在根據《死海古卷》的《創世記》抄本所記，原來也是七十五人。由此發現司提反所引述自古抄本的是正確的。後期的《創世記》提到的是約數七十人。又如《馬太福音》虛心的人一向解作卑微窮乏的人（thepoorinspirit），從古卷發現其實所指的是忠於上主的人，與心硬的人相反。
死海古卷還幫助我們回答了許多新約經文上的爭議。在《馬太福音》11章4-6節中，當施洗約翰差遣他的門徒去問耶穌是不是那彌賽亞的時候，耶穌的回答看起來好像引用了《以賽亞書》28章和61章的文字，就是”瞎子看見，瘸子行走，長大麻瘋的潔淨，聾子聽見，死人複活，窮人有福音傳給他們”。這其中，”死人複活”這幾個字，在舊約經卷中並沒有出現。但在死海古卷中的一卷《以賽亞書》中，這句話卻確實出現了。更重要的是，在古卷中這段話的上下文，就是在形容當彌賽亞來到的時候，他所行的奇異作為，以及關於全地都要服從他的情景。這段經文證明了耶穌雖然沒有直說”我就是”，但他的回答所引用的經文，在告訴施洗約翰和他的門徒，”是的，我就是那彌賽亞”。 死海古卷讓我們更加清楚地了解新約聖經中的福音書。在很長的一段時間內，《約翰福音》被認為是受了希臘文化的影響，導致其與其它福音書相比，缺乏希伯來文化的思想與表達。其中一個很重要的原因，是約翰多次用對比光與黑暗的方式，談神的完全與人的罪同在人裏頭。比如第一章4，5節中，當約翰談到神是那生命的時候，說道：”這生命就是人的光。光照在黑暗裏，黑暗卻不接受光。”這種寫作的手法，在以往發現的希伯來文獻中未出現過，卻普遍見於同時代的希臘文獻中。令人驚訝的是，在死海古卷的希伯來文的宗教書卷中，這種光與黑暗對比的寫法卻比比皆是，尤其是用來形容人的罪與神的聖潔的時候。於是，從昆蘭小區的古卷中，學者們證實了《約翰福音》其實是所有福音書中最猶太化的書卷。
與此類似，在《路加福音》中，當上帝派天使向馬利亞宣告，有一子會從聖靈而生，要起名叫耶穌的時候，說到”他要為大，稱為至高者的兒子。……至高者的能力要蔭庇你。因此所要生的聖者，必稱為神的兒子”。在死海古卷發現之前，並沒有任何希伯來文的著述用過，”至高者的兒子”、”神的兒子”這兩個詞。許多學者認為，這是路加從其它文化中借用來的名詞。但是，在古卷的一張碎片上，記載了這樣的一段話：”將要在地麵上為大，（王啊，世人都要和平相處），並服侍他，他將被稱為偉大神的兒子，他的名被高舉為神的兒子，他們會稱他為至高者的兒子……”從這裏，我們可以清楚地看到這兩個詞從猶太文化中的遺傳。而這張古卷的碎片的文字是亞蘭文，正是人們認為耶穌與他的門徒所說的語言，而不是希臘文。