蘭學之所以能在鎖國政策下的日本國內成為一種新思潮，是有著深刻的曆史根源。蘭學百花齊放繁榮局麵的形成，不單是”西學東漸”的結果，而且是日本社會內部發展的產物。一些蘭學者如司馬江漢所提出人類平等的觀念以及幕末藩士渡邊華山提出重商主義的主張，都反映了日本早期資本主義萌芽求生存求發展的要求。不少蘭學學者在研究的道路上逐漸從傳統上以道德實踐為主的儒學者轉變為近代知識分子和科技人才。
可是，以德川幕府為代表的日本封建勢力依然很強大，他們不允許蘭學露出從純粹意義上的學術發展為對封建統治批判的苗頭，所謂”寬政改革”的主持者鬆平定信就曾說：“（蘭學）為好奇之媒，或生惡果”（《日本思想史基礎知識》）。18世紀末起，幕府開始大力鎮壓蘭學，先後製造”寬政異學之禁”、”西博爾德事件”和”蠻社之獄”，致使“蠻學者流一時大為畏縮，蠻學頓時衰退”（《日本思想大係》）。隨後十九世紀中葉江戶幕府被列強攻擊，實行門戶開放後，西方學術再度興起。來日外國人日漸增多。荷蘭語以外的外國語也開始傳到日本；外交情勢日益複雜。蘭學的影響力因而逐漸薄弱。日本的國際語逐漸轉變為英語。
19世紀後世界的政治形勢發生了巨變。荷蘭喪失了海上霸主的地位，取而代之的是新興的資本主義國家美國和英國後來居上，著手擴大各自的勢力。中英鴉片戰爭(1839—1842)後，英國要求中國開放5個通商港作為國際貿易港，並且割讓香港。荷蘭國王於1844年起草了對日本的國書，經過正式的儀式後荷蘭人依然得到了幕府授予的長崎奉行之職。然而，幕府雖然對於荷蘭國王的關懷表示感謝，但卻拒絕了荷蘭國王的建議。後來荷蘭方麵作為出島荷蘭商館的商館長，再次上書勸幕府將軍實行開國，取消閉關；結果依然遭到否決。孤立自處的日本從等級觀念出發，把世界各國分為三類：一是中國、荷蘭兩個”通商”國家；二是朝鮮、琉球兩個允許派遣使節的”通信”國家；三是包括美國在內的不相往來的國家。19世紀上半期，圍繞日本開國還是鎖國的問題，日美展開了一場攻防戰。美國為此對日奉行炮艦政策。1853年7月和1854年2—3月，美國海軍準將佩裏兩度率艦闖入江戶灣，壓日本與美國締結不平等條約。
因為得知中國在鴉片戰爭中慘敗，幕府的對美政策發生轉變，以退讓求和平，導致美國不戰而勝，終於釀成日本的殖民地危機。但不可否認，在整個江戶幕府時代蘭學起到了啟蒙作用，使日本統治者能夠理解列強軍艦的威脅力度並作出正確的妥協。
曆史地位
自《解體新書》問世以來，蘭學興盛幾十年。與南蠻文化不同，南蠻文化主要為傳播福音，夾帶科技；蘭學時期，新教徒帶來的實學——屬於近代理性文化，是歐洲科技革命和人文科學的新成果。
蘭學興盛時期，1774-1852，日本人翻譯外文書者147人，譯著500多種，由於蘭學發展，使日本沒有像在西方以外的其他國家大大落後，培養了批判封建意識的萌芽。
蘭學家通過批判從中國導入的華夷觀念和日本中心說的神學觀念。主張廢除鎖國政策，與外國平等交往，從平等為日本尋找出路，這是近百年蘭學發展的必然結果。打破了文化鎖國，發展了日本民族吸收外來文化的職責。
蘭學家為鎖國體製下的日本孕育出了近代新風，蘭學發展史是日本近代化前史的重要一頁。