異端裁判所的組織
一二一六年，教皇洪諾留三世建立了一個直接聽命於教廷、專追究異端的新僧團號稱”真正信仰的警犬”的多明我會。一二二三年，又建立了一個專門從事鎮壓異端的新僧團方濟各會。一二三二年，格裏戈利九世頒布〈總法規〉，宣布把一切異端者開除教籍，不久又委派了擁有追究異端者的全權專職宗教裁判員。一二三三年，他下令由多明我會修士擔任各教區原來由主教充當的宗教裁判員角色，授予他們”由法庭追糾”異端的全權。至此，宗教裁判所已經基本形成。一二五二年，英諾森四世發出〈論連根拔除〉的訓諭，規定在各教區設立清算異端的專門委員會，委以逮捕、審問、懲罰異端並沒收其財產的責任，從組織上正式批準了建立宗教裁判所。
與此同時，中世紀最重要的神學家阿奎那在《神學大全》中公然主張”有充分得多的理由”把異端分子開除教籍，判處死刑，但教會是仁慈的，開除出教的異端分子必須由世俗審判機關”判處死刑來把他從世界上消滅掉”。
十三世紀下半葉起，西歐各國普遍建立起了宗教裁判所。其中壽命最長的，是一五四二年由教皇設立並親自主持的”羅馬和全教宗教裁判所神聖委員會，它的神聖法庭”。
宗教裁判所建立了一套能夠隨時啟動，具有很高效率，善於製造大規模冤獄的製度。教皇主宰宗教裁判所的最高權力，委托總宗教裁判員（後來一度取消）處理與各地宗教裁判所活動有關的日常事務。派駐西歐各地的宗教裁判員大多是多明我會及方濟各會修士，由教皇任命並直接聽命於教皇。下設協助他的助手、在本轄內其他城市活動的全權代表”專員”或副手，有實際上是坐實受追究的異端分子罪行的鑒定人、公證人、見證人和檢察員，以及監視被告不致過早死於非刑的醫生和負責行刑的劊子手。
除這些骨幹外，宗教裁判員還有一大幫”親屬”告密者、獄卒、仆從及其他誌願人員，他們構成宗教裁判所的輔助機構。要消滅異端，首要條件是偵知他們的”罪行”。而發現異端的最重要途徑之一，是利用鼓勵、恐嚇、威逼等等手段，發動大規模的告密。教徒的懺悔，則是神父向宗教裁判所告密取之不盡的來源。接著是對異端分子立案偵訊、審問。在審問中普遍使用了恫嚇、誘供、逼供等手段，迫使犯人承認實在的或捏造的信仰罪。如果不成，則照英諾森四世的說法，用暴力強迫一切被捕的異端者”最明確地招認錯誤”。在宗教裁判所拷問室中等待著異端分子的是拷問架、刑梯、鞭子等刑具；各種嚴厲的刑罰，從鞭笞、烙印、拉四肢、水刑、饑渴、嚴寒、酷熱到剝掉他們的皮膚，一塊塊鉗下他們的肉。審訊的結果，按情節輕重和悔改程度對異端分子作出判決，給予不同程度的懲罰，包括”輕的”、”侮辱性的”、通常的監禁、嚴格的監禁，服苦役，直到開除教籍。而無論哪一種懲罰，幾乎都附帶沒收財產。
對於堅持異端或異端累犯，決定他的命運是火刑。但宗教裁判所並不直接宣布和執行死刑，而是宣布將他開除教籍，並”釋放”他們，交給世俗政權，也就是由世俗政權執行火刑。這既可迫使世俗政權按教會的意誌去處死異端分子，又可維持教會從不殺人的虛偽形象。火刑宣判儀式往往安排在節慶日舉行，先由宗教裁判員及其下屬和”親戚”，率領有名望地位的市民押著犯人進行盛大的遊行；然後是彌撒、布道，宣讀判決書；最後是把犯人押上火堆活活燒死。並把骨灰仔細收集起來，撒入河中，以消滅一切痕跡。
廣泛的打擊
正是憑藉這一套製度，宗教裁判所對所謂異端展開了大規模的血腥鎮壓。遭受迫害的有阿摩利派、聖靈兄弟姊妹會、使徒兄弟會、自由神信徒會，從方濟各會中分化出來的屬靈派和小兄弟會、鞭笞派等平民和農民異端；有人文主義者、新教徒、作家、學者和自然科學家；有被迫改宗基督教的猶太人和摩爾人；有各國的民族精英和愛國者；有所謂”巫師”和”巫女”，甚至有並非異端者；等等。
據統計，數百年間，有三十多萬人慘死在宗教裁判所的火刑堆上，還有大批人被判處其他死刑，或死於非刑、苦獄和牢獄，遭受其他種種懲罰的更不知凡幾。僅西班牙宗教裁判所在三百五十年間就懲罰了三十四萬人，其中有三萬二千人被活活燒死。特別是托克馬達，在主持西班牙宗教裁判所的十八年間，就把一萬多人送上了火刑堆，使十一萬四千多個家庭永遠毀滅。在人口不足百萬的葡萄牙，宗教裁判所也燒死了五百七十六人，有一千二百五十二人死在獄中，近一萬一千人遭到非刑。婦女尤其是宗教裁判所摧殘的對象。十五世紀後期起，西歐，尤其是德國，持續了二百多年的追捕巫師和巫女狂潮中，有十萬人以上遇難，其中大多是婦女。受巫術案牽連的親友達數百萬人。宗教裁判所無所不知、無所不能、無所不在，任何被懷疑為異端的芸芸眾生都無力反抗、無所遁形。以致當時有人呼號道：”一個人做了基督教徒而能死在他的床上，這是太難的事了！”
鎮壓異端的另一目的，是掠奪他們的財產，幾乎所有落入宗教裁判所的異端分子的財產均遭沒收。在西班牙，先後有大量改宗基督教的猶太人和摩爾人，因不堪忍受宗教裁判所的迫害而逃離這個國家，他們的財產被劫掠一空。這些財產部分充作宗教裁判所經費，部分上交教會，部分歸王室所有。為了掠奪財產，宗教裁判所不惜炮製假異端案。聖殿騎士團案就是一個典型例子。這個騎士團實際上是法國最富裕的封建貴族代表，是天主教會最可靠最忠誠的僧團之一，但其巨額財富令僧侶統治者垂涎三尺。於是，法國國王和教皇勾結，透過宗教裁判所用莫須有的罪名一舉摧毀了這個擁有數千人的僧團，許多人被送上火堆，其龐大的財富落入了國王和教廷之手。
宗教裁判所的成立，鞏固了權威正在上升的天主教會對廣大教徒的統治，也鞏固了教權對王權的控製。並且極大地增加了教會的財富。歐洲千百座恢宏的天主教堂，無不有宗教裁判所的功勞。從教皇到紅衣主教再到主教等等的巨額年金，他們豪華的宮殿，奢侈的生活，很大部分來自異端被法庭沒收的財產，或他們在死亡威脅下獻出的賄賂。
宗教裁判所是教會為維護獨斷信仰，整肅和迫害異端而設立的。教會有權判定什麼是異端邪說，藉以箝製人心，真理的標準遂操於教會之手，極大地助長了教會在思想文化領域內專製主義的氣焰。
宗教裁判所的恐怖活動方法，嚴刑逼供、製造冤獄的手段，造成人與人之間互相猜疑，誣陷誹謗和告密成為尋常之事。它煽起的宗教狂熱、對婦女的偏見和民族（血統）歧視，在基督教和整個歐洲曆史上留下了難以抹滅的烙印。
走向衰微
隨著社會生產力的發展，情況就發生了很大的變化，王權依靠市民的支持打敗了諸侯，強化了中央集權。英國在一五三四年宣布脫離羅馬教廷；法國和波蘭等國相繼取消了宗教裁判所。教權對世俗政權的統治地位迅速從動搖走向分崩離析。政教分離、信仰自由成了不可抗拒的曆史潮流。相應地，在思想文化領域內，文藝複興宣布了人的發現。自然科學開始從神學中解放出來，發表了自己的獨立宣言。隨著宗教改革運動蓬勃興起，新教在歐洲迅速成為和羅馬教廷分庭抗禮的一股力量；而啟蒙運動則進一步宣布了以理性的王國代替神的王國。天主教會開始走上了不可逆轉的沒落之路。
教廷和宗教裁判所對此一發展展開了頑強的反抗。它們藉信仰的權威圍剿科學和文明，強迫科學服從宗教，真理向信仰屈服，而這一切都是由宗教法庭來判決的。文藝複興時代的思想家及自然科學家布魯諾、著名的無神論者瓦尼尼慘死在火刑堆上，伽利略因證明地球繞日而行，觸怒教皇入獄，就是典型的案例。此外，宗教裁判所在西歐各國實行了嚴格的書報檢查製度，發布了禁書目錄。特別是”羅馬和全教宗教裁判所”從一五五九年發布在教皇保祿四世親自監督的第一個禁書目錄起，至一九四八年一共發行了二十三版之多。大批著名思想家、學者、科學家和作家的著作進入了這個黑名單。
但這一切都難以阻擋曆史的潮流。法國大革命取締了宗教裁判所，以後雖時存時廢，但歐洲各國的宗教裁判所不久終於銷聲匿跡了。隻有羅馬教廷的宗教裁判所還在活動，但是再也沒有權力拷問犯人，舉行火刑宣判儀式了。正是由於繼續存在著宗教裁判所，因此天主教會是歐洲一切教會中最保守的教會。盡管二十世紀初以來曾作過某些改革，但直到一九六五年才把宗教法庭改名為信理部，從而實際上取消了這個有著血腥曆史的機構。
近年來，歐美學者對傳統的中世紀形象進行了許多反思，很多新觀點與人們的普遍認識大相徑庭。以下是美國密蘇裏州聖路易斯大學曆史係主任托馬斯。F。梅登教授（Thomas F。Madden）關於宗教裁判所的一篇文章，相信會讓很多讀者大為震撼。曆史很難客觀，也很難有一定之論。惟其如此，我們才應該抱著更加寬容和開放的態度去探究過去，從而更好地理解現在和將來。