總之，“一元管理，專門為主，行業輔助”的模式體現了司法鑒定的管理體製是集中統一、垂直管理模式；鑒定機構呈分散型，以專門的鑒定機構為主，行業性的鑒定機構為輔，鑒定機構之間互不隸屬、相互獨立，一律實行資質等級認證製度。
2.構建我國法醫學鑒定體製之爭論。
法醫學鑒定體製是司法鑒定體製的重要組成部分，其麵臨的困境自20世紀80年代以來就備受關注，在1987年第一屆國際法醫學研討會上，就一致要求建立統一的法醫學鑒定機構，1987年國務院《醫療事故處理辦法》和1996年《刑事訴訟法》的頒布並未緩解這種困境，人們對如何建立現代法醫學鑒定體製，法醫學鑒定體製是納入統一的司法鑒定體製，還是實行單獨的體製存在爭論，體製模式存在“一元製”、“二元製”和“多元製”之爭。
主張建立統一的、獨立的“一元製”法醫學鑒定體製的呼聲，主要來自基層的公、檢、法、司法行政的法醫鑒定機構的同誌，他們對現行法醫學體製的諸多弊端體驗最深，他們主張，在中央設置法醫工作委員會或法醫總局，隸屬於法製委員會或司法行政部門。法醫工作委員會或總局之下設置一至兩個科學研究機構，進行重點科學研究和疑難案件的會診工作。同時，在各省（市、自治區）、地區（地級市）、縣（縣級市）設置相應的法醫機構，分別承擔不同的任務。
有的專家學者還就此提出成立中國法醫局的整體規劃：
（1）將全國所有的法醫工作者，包括公安、檢察、法院、司法、醫學院校、公安院校及政法院校內所有從事法醫學檢案、科研和教學的法醫按“優勝劣汰”原則歸入中國法醫局。
（2）按行政級別、職能及管轄範圍將中國法醫局分成中國法醫總局，各省（直轄市）法醫局、地區（地級市）法醫局及縣（縣級市）法醫分局。中國法醫總局是中國法醫係統的最高權力機關。
（3）中國法醫總局原則上由最高人民檢察院檢察技術研究所、最高人民法院技術局、公安部物證鑒定中心的法醫人員組成。省（直轄市）法醫局由本省（直轄市）公、檢、法、司及本地院校內法醫人員級成。地區（地級市）法醫局由本地公、檢、法、司及本地醫學和政法專科學校的法醫人員組成。縣（縣級市）法醫分局由本地的法醫人員組成。總局由國家司法行政管理，業務由行業協會管理。
（4）各級法醫局均設法醫鑒定委員會，為法醫局的最高領導集體。法醫鑒定委員會由法醫學專家和法學專家組成，選舉產生法醫鑒定委員會主任委員1名，兼任法醫局局長，每屆法醫鑒定委員會任期4年。
（5）各級法醫局均設局長1名，任期4年，全麵負責法醫局的工作。法醫局長原則上由法醫病理學專家擔任。
（6）中國法醫總局應直屬國務院領導或隸屬於司法部。各級法醫鑒定委員會人選由上級法醫局長提名，報請同級人民政府或司法行政部門批準。
（7）各地法醫均由本地法醫局統一指揮和管理，獨立於公檢法三機關和教學係統之外。上級法醫局對下級法醫局有業務和行政指導權，並有幫助下級法醫局解決實際問題的義務。
法醫局與其他單位的關係：
（1）與公安局的關係：在處理自殺、他殺、交通事故、意外事故中，公安局負責整個現場工作，若需要解剖，立即送回法醫局作法醫解剖。若係立案解剖，刑事調查官須前往法醫局觀看解剖，並共同討論損傷形成機製及凶器認定等問題。至於公安部門擔心成立統一法醫局後，法醫局難以出現場問題，該專家解釋道：任何國家都會麵臨屍體的現場勘查、檢驗問題，既要有現場勘查經驗又要有法醫學知識的專門人才才能勝任這一工作。在醫學院校學成的法醫是難以勝任這一工作，隻有在公安係統經過長期的鍛煉才有可能做到這點。另一方麵，解決現場屍體的困難並不需要十分精深的法醫學知識和技能，在政法院校學成的偵察員具有現場勘查方麵的知識和技能，經過一段時間的鍛煉，也是可以勝任現場屍體的勘驗工作的，像在日本的刑事調查官，便是隸屬於警察係統，由具有多年刑事偵查經驗和一定級別的警察官擔任。這些刑事調查官任職前在法醫中心經過一段時間（約半年）的法醫學知識技能培訓便可勝任這一工作，專職法醫是不去現場的。在中國幾乎所有公安局內都有專職法醫，並隸屬公安係統。在法醫局成立後，各公安局仍可留用一些具有豐富經驗的法醫擔任刑事調查官，負責現場屍體的勘驗工作，作為公安係統與法醫局聯係的紐帶。這樣既解決了公安去現場的問題，又保證了法醫鑒定的獨立性和法醫水平的提高。
（2）與法院的關係；凡法醫局受理的案件，需要時法院可通知法醫局並預約時間，鑒定由負責檢驗的法醫鑒定人前往法院提供證詞，需要出庭的案件，法醫鑒定人按時出庭。
（3）與檢察院的關係：凡檢察院需提起公訴、抗訴的案件或認為有必要向法醫人員谘詢的案件，可通知法醫局並預約時間，有關法醫鑒定人或相關的法醫專家必須按時前去回答檢察院提出的問題。檢察院為了自偵案件的需要，可適當保留少量技術檢察官，主要任務是參與檢察院自偵案件的偵查、取證工作，無權進行法醫學鑒定。
（4）與醫學院法醫係的關係：醫學院法醫係受法醫局和醫學院雙重領導，法醫局製定教學及科研指導規劃，醫學院法醫係實施法醫局下達的教學及科研任務。法醫鑒定人根據自己的文憑和工作經曆、科研成果，可獲得醫學院的法醫係教授或副教授等職稱，根據教學工作量獲得教學酬金。教學科研工作與檢案實踐緊密結合，促進法醫科學技術水平的不斷提高。
（5）與醫院、精神病院的關係：法醫局聘請醫院和精神病院德才兼備的專家學者教授作為兼職法醫學鑒定人，從事臨床法醫和司法精神病方麵的鑒定，並按所作鑒定的數量給予酬金。
（6）與醫學院病理學係的關係：法醫局聘請德才兼備的病理學專家作為兼職法醫學鑒定人，兼職法醫病理學鑒定人，定期來法醫局參加會診、解決疑難的病理診斷。
毋庸置疑，建立統一法醫局有很多優點，避免自偵自鑒、自檢自鑒、自審自鑒帶來的弊端，便於集中統一管理，促進法醫學學科與鑒定實踐的結合，提高法醫學鑒定質量和水平，世界主要發達國家也有該鑒定的組織模式，另外，該模式中許多具體細節的構想，對法醫鑒定體製改革有重要借鑒作用。
但法學界專家學者也有人認為“一元化”統一的、獨立的法醫局鑒定體製具有高度的集中性、嚴密的隸屬關係和明確的分工範圍，容易形成行政隸屬關係和狹隘的行業圈子，易形成行業壟斷，不能確保法醫學鑒定結論的科學性。理由是在統一、獨立的法醫鑒定體製下，重新鑒定隻有兩種途徑：一是考慮到多種因素如及時結案、節省費用、為本地鑒定機構提供鑒源，滿足其合理收費需要等，仍在本地唯一的法醫學鑒定機構進行，麵對同一待證問題，同一鑒定機構前後兩次鑒定導致鑒定結論失真或錯誤的因素可能要占絕大多數，而保證鑒定結論真實因素居極少數；二是向上一級鑒定機構申請重新鑒定，這樣則有可能使鑒定機構所具有的科學精神和活動自由性喪失殆盡，使鑒定機構性質發生變化，成為一個自上而下的官僚行政體係。上下級鑒定機構之間業務關係會演變為一種行政隸屬關係。同時，有學者還認為一元化的鑒定體製違背了法醫學作為一門實驗科學和應用科學發展規律，不利於法醫學學科的發展，會在很大程度上削弱法醫學教學與研究工作的實驗基礎和經濟條件，無法為法醫學鑒定隊伍輸送優秀的後備人才。
“二元化”主要內容為：分別設置公安係統的法醫鑒定中心和檢察係統的法醫鑒定中心，或將公安、檢察院和法院的法醫鑒定中心合並為一個鑒定中心，另構建一個社會性的鑒定中心歸司法部領導，理由在於：這樣兼顧社會公眾利益與國家利益間的平衡，公安機關與檢察、法院在訴訟程序上製約的平衡，但前者無法滿足社會公眾的需要，後者又不能兼顧公安與檢察、法院之間的平穩、製約的需要。
“多元化”法醫學鑒定體製基本框架同“二元化”有相似之處，由兩大部分構成：（1）為社會提供法醫學鑒定服務的機構。包括高等政法院校或醫學院校的法醫鑒定中心、醫院或民間的法醫學鑒定部門，它們承辦民事訴訟中的法醫學鑒定。（2）為國家利益提供法醫鑒定的機構。他們承辦刑事訴訟中的法醫學鑒定。公安機關和檢察機關的疑難檢案也可委托高等醫學院或政法院校的法醫鑒定機構進行鑒定。同時，應排除法院法醫鑒定的職能。
3.構建我國法醫學鑒定體製的比較。
“一元化”“二元化”和“多元化”體製各有利弊，總體上，作者讚同“多元化”的法醫學鑒定體製。法醫學鑒定是司法鑒定的重要組成部分，應納入統一的司法鑒定體製中，作者所讚同的“多元化”法醫學鑒定體製是以某種法醫學鑒定製度為主，其他鑒定組織並存，並對主流的鑒定組織形成製約的“多元化”化體係，同上述提到的“多元化”，內涵有所不同。
在現行體製下，這種“多元化”體製是以國家重點扶持的鑒定組織，如各省或地區重點扶植的國家一級資質的鑒定機構，即國家重點實驗室為依托，允許公安、檢察、院校、醫院、科研機構等鑒定機構同時並存的組織體係，打破現行按部門利益劃分帶來的不利影響，實行資質浮動管理，定期擇優選擇國家重點實驗或鑒定機構。這種“多元化”體製具有以下特點：
①多元化的法醫學鑒定體製是開放的法律服務性質，包括為公、檢、法、司、單位、公民個人等提供法醫學鑒定服務。除國家重點扶持的鑒定組織外，其他形式的鑒定組織也可進行鑒定，形成相互製約作用。
②借鑒世界範圍法醫學鑒定體製特點，考慮到證據中立性、客觀性的要求及資源的效率，排除法院進行法醫學鑒定。
③借鑒國外法醫學鑒定體製，我國法醫學鑒定機構應向醫學院、科研機構方向發展。科研機構應調整教學、科研的方向和目的，使之理論更加密切聯係實際，為法醫學鑒定培養專門人才。將來，我國一旦實行鑒定人資格考試考核製度勢必對法醫學的教學和科研起一定的導向作用。
4.完善法醫學鑒定體製設想。
法醫學是麵向全社會，為社會治安綜合治理全方位服務的一門應用自然科學，法醫學不僅為刑事、民事訴訟服務，也為立法谘詢、醫療、環保監督、生命保險以及工傷事故、災害賠償等非正常事件服務，而且在解決民事糾紛、化解人民內部矛盾、排解疑難問題、澄清是非中也發揮重要的作用。所以說法醫學是健全社會主義民主與法製，促進社會安定團結的一門重要科學技術，應予以足夠的重視，並促進其發展。
針對法醫學鑒定體製中存在的問題建議政法主管部門、人大應高度重視，將我國法醫體製改革納入議事日程，必須盡早出台此方麵法案，以解決目前體製上的弊端。
根據目前我國法醫鑒定實際，作者設想構建以下法醫鑒定模式：即“三元鼎立、司法一統”模式。具體為：保留現有的公安，檢察院法醫鑒定機構，擴展院校、科研機構等民間的麵向社會服務鑒定機構，形成三元模式，同時在管理上由司法部門統一管理。包括機構和人員認證，鑒定規範等。根據實際情況，公安、檢察機關法醫機構和人員評審，可參照司法部規定由本係統評審，報司法部備案，並向社會公布，法院登記注冊，使得三者在機構、人員操作規範等管理上有統一性，避免混亂。公安、檢察法醫鑒定是社會資源，應允許一定的社會服務，法院法醫工作方麵的分流，可向院校或公、檢機構委托，民間也可以接受委托，法院保留審查和向外委托權，身份變為技術法官，利於監督鑒定，中立審判。
（二）實行鑒定人資格統一管理製度，推行檢驗鑒定標準化，提高鑒定人職業素質和鑒定質量
針對我國目前鑒定人資格缺乏統一管理的狀況。在鑒定人管理問題上，建議參照《執業醫師法》，《律師法》以及《司法鑒定人員管理辦法》，製定出具有中國特色的我國的《法醫法》，全麵規範法醫鑒定人的管理，充分保護鑒定人的權利，調動其積極性，從而解決好法醫鑒定中“人才”這個重要環節。
具體做法上，可參照我國律師資格製度及其他國家鑒定人資格製度運行經驗，由人大出台法醫法，可由司法行政部門管理，建立統一的鑒定人資格考試和登記注冊製度。首先，建立全國統一的分專業的司法鑒定資格考試製度，考試合格者，經一定期限的專業實習，再經司法行政部門審查合格，取得由司法行政部門頒發的司法鑒定人執業證書。並進行鑒定人資格造冊登記，方可準入鑒定機構從事檢驗鑒定工作；另外，司法行政部門還應定期對各鑒定機構鑒定人員進行專業素質和職業道德考評，進行專業培訓及技術等級的晉升。實行不同係統同工同酬，對考評不合格者將取消鑒定資格，充分提高鑒定從業人員的整體素質，是檢驗鑒定工作更加客觀、公正、準確，增強其科學性、權威性、令當事人信服。
在此基礎上，鑒定人還應當樹立全心全意為人民服務的思想，正確處理鑒定人與委托方及利害關係人之間的關係，善於發現鑒定實踐中存在的各種問題，分析矛盾產生的根源。提出解決問題根本方法，不斷提高發現問題、分析問題、解決問題的實際能力，使問題消滅在萌芽狀態，有助於避免或減少“鑒定糾紛”的產生。如司法鑒定中可實行“告知”製度，使當事人了解自己的權利和義務，並可對鑒定所依據的事實和結論進行公開質證，使其心知肚明，以最大限度減少因鑒定結論對其不利而產生的“鑒定糾紛”。
檢驗鑒定的標準化有利於規範鑒定人的鑒定行為，減少隨意性；有利於社會的監督和對鑒定結論正確性、可靠性的評判等。因此，要實現檢驗鑒定標準化就必須對檢驗鑒定活動的每一個細節、每一個環節做出詳細的規定，保證檢驗鑒定依法、規範、客觀、有序的進行。檢驗鑒定標準化應當包括委托、受理的標準化，委托書的規範化書寫、檢材的交接、登記等，檢驗鑒定活動標準化（檢材的收集、固定、送檢、檢驗的內容、方法、步驟等），鑒定文書書寫標準化（鑒定書的書寫要求，鑒定材料取舍、摘抄，鑒定語言的運用，結論的書寫要求）等，防止因材料不全，操作不當，檢驗不全麵、書寫不規範引起不必要的失誤。
（三）針對程序和質證上存在問題，建議在我國證據法起草和訴訟法修改中，就鑒定的委托、管理，鑒定人出庭，鑒定結論效力等方麵，做出全麵詳細的規定。主要在鑒定公開、鑒定結論質疑以及鑒定服務人性化方麵司法部出台的司法鑒定程序是麵向社會的包括法醫鑒定在內的諸多門類鑒定而言。目前，應通過證據立法製定較詳細通行全國的法醫鑒定程序規範，作者根據實踐就程序及質證中幾個重要環節提出以下意見。
1.在鑒定啟動權上，即申請決定權上應給予當事人以充分的尊重。目前我國法醫鑒定啟動權一般為官方啟動機製，這就給當事人舉證帶來不便。如民法上，當事人無啟動鑒定權，就不能舉證。雖然當事人個人啟動鑒定有不利方麵，如可信度不大，存在偽裝的可能等問題，為解決此問題，提出折中的辦法，如通過中介機構或單位實現鑒定啟動權，鑒定機構應予受理，及時鑒定。
2.推行法醫檢驗鑒定公開製度。
檢驗鑒定公開是人類社會發展的必然趨勢，是依法治國，建設社會主義法製國家的客觀要求，是人類文明進步的集中體現。通過公開，增加了檢驗鑒定工作的透明度，避免暗箱操作，有利於規範鑒定人的行為，提高檢驗鑒定質量；有利於接受社會的監督，實現檢驗鑒定的客觀、公正；有利於排除幹擾，獨立行使鑒定權；通過公開，賦予當事人及其代理人充分的權利，增強其現場參與感，實現檢驗鑒定與當事人的零距離接觸。法醫鑒定人通過現場解答當事人提出的各種問題，將鑒定糾紛消滅在萌芽狀態，使當事人更多地了解並支持法醫工作。如西安市人民檢察院法醫鑒定部門在總結以往工作經驗和教訓的基礎上提出了法醫在屍體解剖過程中實施的家屬派代表臨場見證製度。這項製度規定法醫在進行屍體解剖前必須告知死者家屬及有關單位和個人，允許其聘請有關專家或其他具有行為能力的成年人一至二人作為代表，臨場見證法醫屍體解剖全過程，法醫有義務現場解答代表提出與屍檢相關的各種問題，大大增加了法醫屍體解剖工作的透明度，有效避免了上訪、“纏訟”現象的發生，收到良好的法律和社會效果。
3.在法醫鑒定結論采信上建議實行鑒定結論質疑製度。
即庭前的質疑，在法醫鑒定結論發出前，對有爭議案件，舉行包括當事人代表參加的、針對法醫鑒定的質疑討論，通過質疑使鑒定更加客觀、科學，減少就法醫鑒定結論而產生糾紛，節約訴訟資源。
4.在鑒定過程中，建議實行人性化服務，提高服務質量和效率。
5.在鑒定過程中，推行鑒定約定書製度，使委托方與鑒定方關係納入法律規範。
（四）改革法醫學教育模式，使科研，檢案有機結合，全麵提升法醫鑒定質量。增加投入，加大法醫學教育培訓力度，使我國法醫學事業可持續健康發展。