1999年8月的一個星期日淩晨，巴薩耶夫率領2000多名車臣武裝分子越境進入達吉斯坦南部村莊，並宣布成立“達吉斯坦伊斯蘭國家”，俄軍向布伊納克斯克區兩處地區的叛亂分子據點發動空襲和炮轟。此次事件成為第二次車臣戰爭的導火索。
此後，達吉斯坦成為繼車臣之後的恐怖活動高發區，人們談之色變。
1999年9月5日晚，達吉斯坦布伊納克斯克市一座俄羅斯軍營發生大爆炸，至少有22人在爆炸中死亡，約100人受傷。由於當天是星期六，救援人員擔心還有許多士兵被困在倒塌的建築物瓦礫堆下麵。
2000年8月，俄羅斯海軍潛水艇“庫爾斯克”號不幸沉沒，俄安全部門疑為恐怖分子所為。“庫爾斯克”號上有兩名達吉斯坦人，他們為車臣非法武裝工作，因而有可能劫持了這艘潛艇，從而導致了潛艇的沉沒。這兩名達吉斯坦人是馬梅德·哈吉耶夫和阿諾爾德·鮑裏索夫，一個是平民，一個是軍官，兩人同為俄羅斯裏海輪船公司的職員。“庫爾斯克”號發生事故時，兩人為俄羅斯專門給潛艇生產魚雷的一家公司工作。按照常規，他們都不屬於“庫爾斯克”號的正規編製，在俄羅斯官方於8月23日公布的犧牲潛艇艇員名單中，也查不到他們兩人的姓名。俄安全總局局長帕特魯舍夫在講話中首次公開承認，俄確實曾經得到情報說，“庫爾斯克”號核潛艇很可能是一次恐怖事件的犧牲品。
幾天前，車臣恐怖分子主要頭目沙米利·巴薩耶夫和哈塔卜的一名親信官員曾宣稱，“庫爾斯克”號發生事故前，曾被一個名叫拉馬紮諾夫的為車臣非法武裝工作的達吉斯坦恐怖分子劫持，在國家悼念日公布的犧牲艇員名單中，拉馬紮諾夫的名字也沒有出現。隨著俄羅斯總統普京發誓要將“庫爾斯克”號沉沒原因查個水落石出之後，俄聯邦安全局已經開始對潛艇事故中可能存在恐怖主義行動展開調查。
2002年5月9日，達吉斯坦正在舉行第二次世界大戰勝利日慶祝時，慶祝現場突然發生了炸彈爆炸事件，造成23名俄羅斯軍人和13名學生死亡，150人受傷。此事可能是恐怖分子為了報複當局逮捕其同夥。
2003年8月27日上午，俄羅斯達吉斯坦共和國民族事務、對外聯絡和新聞部長古薩耶夫乘坐自己的專車從位於首府馬哈奇卡拉的家中前往辦公室，就在專車剛駛出家門路過一個十字路口等候紅綠燈時，兩名恐怖分子突然衝上來，將一枚磁性地雷放到了他的汽車車頂上，逃之夭夭，汽車立即發生了劇烈的爆炸，古薩耶夫當場被炸身亡，他的司機也身受重傷。
身任部長10餘年的古薩耶夫以成功地開展對車臣分裂主義勢力的信息戰而聞名，因此，他被車臣武裝分子視為最大的敵人之一。早在1999年，古薩耶夫就多次受到過武裝分子的死亡恐嚇。2001年6月8日，古薩耶夫就成功逃脫了一場暗殺，當時他家門口發生了爆炸，但剛剛走出家門的古薩耶夫僅僅腿部被飛濺的彈片所傷。
9月13日上午9時40分，達吉斯坦共和國基齊柳爾特地區行政長官阿布杜拉赫曼—加支耶夫遭遇恐怖分子的襲擊。當時，一輛白色的瓦斯—2109型“日古利”汽車猛衝過來，車上的恐怖分子用衝鋒槍向加支耶夫乘坐的汽車猛烈射擊，加支耶夫和他的兩個保鏢身受重傷，被送往醫院搶救。這位43歲的行政長官被擊中頭部，生命垂危。
12月15日，數十名車臣恐怖分子闖入達吉斯坦瓊京區一家鄉村醫院，劫持了多名人質。當地邊防人員立即前往，與恐怖分子進行殊死戰鬥，有10名邊防戰士犧牲。據瓊京區政府領導人穆罕默多夫說，50名非法武裝人員當天曾一度占領了該區一家擁有50個床位的醫院，他們劫持4名人質後向車臣方向逃竄。當地邊防人員和警察正在進行追捕。俄聯邦駐北高加索集群司令部說，這股非法武裝分子很可能是在前往車臣途中迷路被發現後而采取劫持人質的行動的。另有報道說，車臣武裝分子劫持的是達吉斯坦當地的一所學校。
2004年7月22日早上7點45分，在達吉斯坦特警基地大門前數米遠的地方發生了爆炸，特警部隊工作人員乘坐的轎車被炸中，造成7名特警隊員負傷。1小時後，在基地附近路邊又發生了第二次爆炸，但未造成人員傷亡。專家認為，這兩起爆炸事件是由自製遙控爆炸裝置造成的，每個爆炸物的威力相當於5公斤烈性炸藥。
23日淩晨，在爆炸中身負重傷的女警官紮伊多娃因傷重在醫院死亡。27歲的紮伊多娃是達吉斯坦特警部隊辦公室主任。爆炸發生時，紮伊多娃頭部被炸彈彈片擊傷，雖經手術治療，但終因傷重不治身亡。自年初以來，達吉斯坦警察已有23人被殺害。