第一次世界結束了，麥克阿瑟於1919年4月從歐洲歸國。6月，他被任命為西點軍校的校長。當時西點軍校比較混亂，軍校的課程陳舊過時，學員的知識麵極為狹窄。新任陸軍參謀長佩頓·馬奇對此深為不滿，他對麥克阿瑟說，西點軍校有悠久的曆史，要使軍校恢複起來，重放光彩。麥克阿瑟在西點當了整整3年的校長，出色地完成了他的使命。他進行了大膽的改革，使西點獲得了新生。一位傳記作者這樣總結說：“在麥克阿瑟的漫漫人生曆程中，有許多方麵人們至今仍爭論不休，但在這條漫長的灰色戰線上，人們卻一致認為，是他而不是任何別人領導西點軍校跨進迅速發展變化的世界，開始了現代軍事教育。的確，他在美國軍事院校方麵所做的開拓性努力，是他對建設現代軍隊做出的最重要的貢獻之一。”
1922年麥克阿瑟離開西點軍校，被派到菲律賓任職，直至1925年。同年2月，45歲的麥克阿瑟被提升為少將，他是陸軍中最年輕的少將。與此同時，他奉命歸國，統轄第3軍區。1928年夏，麥克阿瑟再次被派往馬尼拉，擔任美國駐菲律賓部隊司令。他對再度赴菲十分高興，他在回憶錄中寫到：“沒有什麼委任比這更使我高興了。”他同參謀人員相處得十分融洽，和美國當時駐菲總督史汀生建立了親密的友誼。1930年8月5日，麥克阿瑟收到陸軍部長發來的電報，胡佛總統決定由麥克阿瑟出任陸軍參謀長之職。1930年11月，麥克阿瑟宣誓就職，時年50歲，成為美國曆史上最年輕的參謀長，開始了與胡佛總統為期4年的同舟共濟。
1935年夏天，麥克阿瑟參謀長任期結束，他接受菲律賓自治政府總統奎鬆的邀請，擔任菲律賓軍事顧問，這是他第三度赴菲。美西戰爭後，菲律賓成了美國的殖民地。1934年美國國會通過了泰丁斯——麥克杜菲法案，批準菲律賓於1935年建立自治政府，1946年7月4日完全獨立，屆時美國部隊全部撤出。美國的如意算盤似乎是鼓勵菲律賓在美國“援助”下，逐漸建立起一支軍事力量，在1946年獲取獨立時能夠達到自衛的程度，使美國這塊勢力範圍不落入潛在敵人之手，麥克阿瑟就是在這種背景下入菲的。一抵達菲律賓，麥克阿瑟迅即著手實施組建菲律賓軍隊的計劃，計劃規定，至1946年菲律賓將擁有40個師——一支40萬人的地麵部隊，一支擁有250架飛機的空軍和一支由50艘魚雷快艇組成的海軍。麥克阿瑟曾為此吹噓說：“到1949年，我將把這個群島變成太平洋的瑞士，任何侵略者必須付出50萬人、3年時間和50億美元的代價才能征服它。”這個計劃由於經濟、政治等多種原因而基本流產，而麥克阿瑟的誇口後來在日本侵略軍麵前也徹底破產。1936年，麥克阿瑟接受奎鬆總統授予菲律賓軍陸軍元帥的軍銜，與此同時，他正式退出了已服役37年的美國陸軍。他月薪16500美元，在風光旖旎的馬尼拉灣過起舒適的生活。他身穿自己設計的一套滑稽的元帥服，服裝用白色雪克斯金細呢製成，翻領的下邊綴著紅色肩章，鑲有金星，手裏還提著一根金短杖。一些批評家譏之為“呂宋的拿破侖”，“拉美‘香蕉園’的獨裁者”。
戰爭驚醒了麥克阿瑟的美夢。遠東太平洋地區局勢日趨緊張，麥克阿瑟於1941年7月27日應召重服現役，領中將銜，並被任命為遠東美軍統帥。1941年12月7日，日本偷襲珍珠港，同時向菲律賓、泰國、馬來西亞、新加坡、香港、關島、威克島等地大舉進攻。太平洋戰爭全麵爆發，麥克阿瑟也開始了他生命中最為艱難而輝煌的生涯。
12月10日，日本人開始了他們對呂宋島的地麵進攻。當時麥克阿瑟指揮下的部隊是美軍1.9萬人，菲律賓軍1.2萬人和菲律賓民兵11萬人，這些部隊多數裝備低劣，訓練很差。此外，美菲軍隊擁有近150架飛機和一支小小的亞洲艦隊。在日軍進攻麵前，美軍節節敗退，損失慘重。麥克阿瑟鑒於美國空軍已損失殆盡、陸軍也損失一半、無法阻擋日軍主力，決定從馬尼拉撤退所有部隊並宣布該城為不設防城市，把軍隊集中在馬尼拉灣西側的巴丹半島進行防守，美菲軍司令部也遷於此。在此過程中，麥克阿瑟成功地實現了“遠東敦刻爾克撤退計劃”。他有效地利用了日軍一直以奪取馬尼拉為首要目標、而忽視了運用空中優勢摧毀美菲軍撤退的必經之地——卡隆比特河上的兩座橋梁的機會，一邊設置路障、破壞道路、有效遲滯日軍推進速度，一邊使南部部隊利用車輛快速通過馬尼拉城進入巴丹。當日本人發現失誤想切斷這兩座橋梁時，為時已晚。麥克阿瑟投入了最後一支坦克預備隊，以高昂的代價成功地阻止了日軍的企圖。1月1日淩晨，當最後一批部隊撤到河對岸時，溫賴特將軍看著從後麵追上來的日本兵，下令道：“炸掉它！”6點15分，隨著兩聲巨響，卡隆比特河上的兩座大橋墜入河中。這個連日本人也大加稱讚的“偉大戰略行動”順利完成了。
然而，這個所謂“偉大的戰略行動”並沒有最終挽救美菲軍隊。困守巴丹，食品、藥品的缺乏，孤立無援，士氣的低落決定了美菲軍隊覆滅的厄運。3月17日當逃出虎口的麥克阿瑟去往澳大利亞墨爾本途中接受記者采訪時，他在阿德萊車站作了愷撒式的聲明：
“就我所知，美國總統命令我衝破日本人的防線，從科雷希多島來到澳大利亞，目的是組織對日本的進攻，其中主要目標之一是援救菲律賓。我出來了，但我還要回去！”
“我還要回去”成了麥克阿瑟在第二次世界大戰中的一句名言和鼓舞士氣的戰鬥口號。它被寫在海灘上，塗在牆壁上，打在郵件上，誦進禱詞裏。
華盛頓為表彰他在菲律賓的英勇行為，特授予他國會榮譽勳章，這是麥克阿瑟等了28年才得到的最高獎賞。然而，麥克阿瑟卻一點也高興不起來，當聽到溫賴特將軍和美菲軍隊無條件投降、哥黎希律陷落的消息時，他寫道：“它用自己的炮口寫下了自己的曆史……我將永遠有一幅圖景隱現在腦際：一群神情嚴肅，形容憔悴、像鬼一樣蒼白的好漢們，依然無畏地挺立著。”
“我還要回去”，麥克阿瑟一直牢牢記住這個許諾。1943年9月14日，他認為反攻的時刻已經來臨，命令司令部製訂了一部進攻計劃。麥克阿瑟用了“大迂回”戰術，這意味著盟軍將付出巨大的代價，事實也證明如此。這次戰役直到第二年1月3日才告結束，雖然取得了巴布亞戰役的勝利，但麥克阿瑟投入了3萬部隊，其中陣亡3000人，5400人受傷，斃敵7000餘人，比同期的瓜島戰役的傷亡人數多了近一倍，成為太平洋戰爭盟軍損失最大的戰役之一。盡管如此，麥克阿瑟仍為這次勝利而精神大振，誇耀盟軍的損失很小。但是這場戰役使人們看到要想打敗日本，必須喚醒人們的愛國心，增添精力和勇氣，也許還需要來自宗教的某種狂熱。
第一次反擊成功後，麥克阿瑟就開始了他在第二次世界大戰中的輝煌曆程。1943年3月3日，空軍第5航空隊采取精彩的“跳彈轟炸”技術向日本艦隊發動猛烈攻擊。攻擊整整進行到傍晚，結果，日本艦隊幾乎全軍覆滅，全部8艘運輸艦和4艘驅逐艦被擊沉，隻有4艘驅逐艦得以幸免於難。僥幸乘上救生艇的日軍又遭到從米爾恩灣開來的魚雷快艇的槍炮射擊，幸存者一部分被那4艘驅逐艦救起，一部分冒著槍林彈雨渡過丹皮爾海峽，在新幾內亞登陸。對那些登陸的日本兵來說，噩夢並沒有做完。當地土著人為獵取人頭而到處追捕他們，最後隻有1000餘人到達萊城。這就是聞名的“俾斯麥大海戰”。