阿登反攻破產以後，德軍的最終失敗已指日可待了。隨著反法西斯戰爭勝利的即將到來，艾森豪威爾與丘吉爾及英國將領之間的矛盾與日俱增，這實際上是兩國政府對結束戰爭和戰後世界實行不同安排的考慮的反映。1945年3月27，蒙哥馬利向部下發出一道命令，同時報告了艾森豪威爾和英國總參謀長布魯克。這道命令要點是，英國第2集團軍和美國第9集團軍（從阿登戰役以來歸他指揮）必須以最大的速度和幹勁向易北河猛進，直接攻向漢堡到馬格德堡一線，其目的是先於蘇軍攻占柏林。但艾森豪威爾認為盟軍的主要突擊方向不是柏林，而是來比錫和德累斯頓，並且不讓蒙哥馬利繼續指揮美國第9集團軍。艾森豪威爾還把這項決定直接通知了斯大林，以便同蘇軍的進攻相配合。丘吉爾及其將領們對此極為惱火，紛紛指責艾森豪威爾越權與斯大林直接聯係。但美國總參謀長馬歇爾支持艾森豪威爾的行動，認為在純軍事問題上，盟軍最高統帥有權直接與蘇軍最高統帥取得聯係，以便東西兩線互通情報，協調作戰行動。丘吉爾出於從政治上、戰後世界安排上考慮，對此極為不滿。在他心目中，柏林是頭等重要政治目標，歐洲是大國爭霸的重點，並且他已預見到，未來爭奪歐洲的鬥爭將在蘇聯同美英等西方國家之間進行，因此，對西方來說，對抗的起點越靠近歐洲東部越好。所以，當丘吉爾得知艾森豪威爾不讓蒙哥馬利去攻打柏林，並將計劃通知斯大林時，他真是氣急敗壞，立即於4月1日電告羅斯福，反複重申自己的主張。但是，羅斯福這時因病危無力顧及，軍事大權掌握在支持艾森豪威爾的馬歇爾手中。因此丘吉爾的主張終究未被采納。那麼，艾森豪威爾難道真的不想占領柏林嗎？不是，他不是不做，而是不能這樣做。早在9月15日，他寫信給手下的兩員大將蒙哥馬利和布萊德雷時這樣寫道：“很明顯，柏林是主要的戰利品……毫無疑問，在我看來，我們必須集中全部精力和資源迅速向柏林突進。”但是，時過境遷，由於盟軍在阿登戰役中耽誤了一個半月的時日，所以當時蘇軍離柏林隻有60公裏的路程，盟軍離柏林還有480公裏之遙。其次，美國這時對蘇政策的主要方針是爭取蘇聯參加對日本戰爭，以減少自己的犧牲，所以在很多地方遷就蘇聯，這種政治上的考慮也不能不影響到艾森豪威爾的戰略決策。再則，在雅爾塔會議上已就戰後分區占領德國作出決定，柏林是在蘇占區內，即使美軍付出很大代價占領了柏林，正如布萊德雷所說的那樣：“我們還要退出來並把地方讓給人家。”
柏林終於在1945年5月2日為蘇聯軍隊所攻占。德國法西斯政府已經山窮水盡，隻有無條件投降，別無他路。希特勒的繼任者鄧尼茨海軍上將，派約德爾上將到設在法國蘭斯的艾森豪威爾司令部洽降。1945年5月7日舉行投降儀式。斯大林得知此事後頗為不滿。既然蘇軍是戰勝德國法西斯的主力，柏林又是蘇軍攻克的，那麼蘭斯的投降儀式從地點到方式均有損於蘇軍的威望。所以蘇聯政府與美英政府商定，5月8日在柏林正式舉行德國無條件投降儀式，儀式由蘇聯將領朱可夫主持。艾森豪爾沒有參加柏林簽字儀式，他後來在回憶錄中寫道：“我覺得不宜親自前往，因為德國人已經在盟軍最高統帥部完成了他們無條件投降的手續，所以我認為在柏林批準投降應該是蘇聯的事。”歐戰終於結束，艾森豪威爾也隨之聞名於世。
德國投降後，他於1945年6月自歐洲飛回華盛頓，在機場受到數萬人的熱烈歡迎。他由機場直接到了白宮，接受杜魯門總統授予的優異服務勳章。同年年底，總統任命他為美國陸軍參謀長。
艾森豪威爾在德國投降後任美國駐德國占領軍司令。1945年8月他應邀訪問蘇聯，由當時蘇聯駐德國占領軍司令朱可夫陪同訪問。艾森豪威爾與朱可夫相處比較融洽，直到1949年4月，他們還有書信來往。
1948年，是艾森豪威爾一生中的轉折點，他辭去了陸軍參謀長職務，結束了近40年的軍事生涯，接受哥倫比亞大學的邀請，出任該校校長。1950年12月，他應當時美國總統杜魯門的要求，擔任美國糾集的北大西洋公約組織歐洲盟軍最高司令職務，這樣艾森豪威爾又恢複了軍職。