另外，“越位”與“缺位”的問題沒有得到根本解決。一方麵，中省財政安排了大量屬於縣鄉政府事權範圍內的鄉鎮道路建設、衛生院建設、農村小城鎮建設等支出；另一方麵，九年義務教育、計劃生育、政法、社會保障支出、環境保護等全民性的支出責任卻大部分由基層政府承擔，進一步加大了地方支出責任和財力缺口，加劇了縣鄉財政困難。
2.以國有企業稅源為基礎，按企業行政隸屬關係劃分各級收入的現行財政體製，不適應經濟發展和稅源變化的需要
1994年分稅製改革時一個遺留問題就是按企業隸屬關係劃分各級收入。雖然2002年的所得稅分享改革，從中央到地方，基本上糾正了所得稅按隸屬關係劃分的做法，但在地方各級體製中，其他收入按隸屬關係劃分的做法仍普遍存在。我省省對市財政體製，規定中省工交企業增值稅、省級非銀行金融機構營業稅、省級黨政機關、行政事業單位為分流人員興辦的經濟實體的營業稅和增值稅25%部分等收入劃為省級收入；大部分市也將企業增值稅、營業稅、城建稅、企業所得稅等收入按隸屬關係進行了劃分。
隨著社會主義市場經濟的不斷發展，企業投資主體日趨多元化，不同行政隸屬關係的投資主體、不同性質、不同地域的企業互相參股，企業行政隸屬關係已經難以清楚地劃分。按企業行政隸屬關係劃分收入的辦法，促使各級政府從增加自身財政收入出發幹預地方經濟發展，變相轉移企業資產，重組沒有實質意義的附屬企業，影響了企業正常的兼並重組、改組改製和企業的高效發展，妨礙了企業公平競爭、優化投資環境以及統一市場的形成，不利於生產要素在全國全省範圍的優化配置和現代企業製度的建立。同時，這種做法也給各級稅務機關按照體製規定進行稅收征管增加了難度，易於出現收入混庫或爭搶稅源的現象。
同時，1994年的分稅製財政體製，是在當時國有經濟所占份額較大，提供收入較多的情況下，以對國有經濟提供收入為主進行的收入劃分。盡管目前國有經濟提供的稅收仍然是我省收入的主要來源，但是近年來，隨著經濟的發展，非國有經濟發展迅猛，多種經濟成分不斷壯大，財政收入來源結構也發生了相應的變化。我們以第二、三產業各類企業提供的稅收分析，1997年後，國有經濟提供稅收的份額在下降，由1997年的66.3%下降為2002年的51%，年均遞減3個百分點；非國有製經濟提供的稅收收入由1997年的42億元迅速上升到2002年的121億元，平均每年增長40%，占全省稅收的比重由1997年的34%上升到2002年的49%，平均每年增加3個百分點，成為稅收收入的重要來源。隨著經濟的發展，多種經濟成分所占份額將進一步提高，按《我省國民經濟和社會發展“十五”計劃綱要》提出的目標，“十五”末，我省非公有製經濟比重將提高到52%，這對現行以國有經濟為主體的收入劃分體製提出了新的要求。
3.地方吃飯的錢變成建設的錢，貧困地區保工資壓力加大
實行分稅製後，消費稅的100%、增值稅的75%被劃為中央收入；所得稅分享改革後，企業所得稅和個人所得稅的60%成為中央收入。雖然中央每年將上劃中央“兩稅”的增量按一定比例返還給地方，但是按照中央的公式計算，地方得到的返還比例逐年下降，根本拿不到增量的30%。2002年我省得到的“兩稅”增量返還占上劃中央“兩稅”增量的比例僅為19.31%。1994―2002年，我省上劃中央“兩稅”共計584.52億元，但我省累計得到的稅收返還額為351.58億元，淨減少232.94億元；而同期中央對我省的一般性轉移支付補助累計僅為31.73億元。盡管中央同時加大了對我省的增資轉移支付、社會保障補助、國債資金等補助，但這些補助大都具有專項補助的性質，規定有具體的用途，這實際上是將地方一部分“吃飯”的錢變成了建設的錢，地方財政可用財力相對減少，財政困難加劇。2002年全省可用財力為259億元，人均可用財力17185元，比1994年人均可用財力7803元，增加9382元，年均遞增10.37%；而同期財政收入年均遞增17.07%，財力增幅低於收入增幅6.7個百分點。據統計，2002年全省107個縣區中，33個縣人均財力不足8000元；14個縣人均財力在8000―9000元之間，19個縣人均財力在9000―10000元之間，31個縣人均財力在10000―20000元之間，10個縣人均財力在20000元以上。按照人均年工資9600元計算，全省有47個縣人均財力未達到9000元，不能保證行政事業單位職工工資發放，19個縣勉強夠發工資。受財力限製，相當一部分困難縣鄉的工資是通過借款、貸款、擠占專款和上級超調度資金發放的。據全省10個設區市不完全統計，2002年用於工資發放的借款、銀行貸款、超調資金、擠占專款、預算外調入資金約占全省縣級工資總額的18%。全省縣鄉累計拖欠1999年以前的工資13.4億元一直無力消化。
4.省本級收入結構單一，規模偏小，調控能力不足
1995年，省政府在製定省對下財政體製時，考慮到眾多貧困地區的實際情況，對困難地區進行了傾斜性照顧，如對安康、商洛、榆林等地除集中其“兩稅”增量返還的15%外，將其餘地方收入全部（含中省工交企業稅收）劃歸這三個市；對其他地市也給予了極大照顧。劃為省級的收入主要是部分中省企業增值稅（25%），省級企業所得稅，不含西安市的金融保險營業稅，收入結構非常單一。而且，近年來銀行存貸款利率連續9次下調，省級所屬的金融保險營業稅連年下降；大部分省屬國有企業效益不佳，上繳所得稅下降。省級財政收入占全省收入的比重一直在20%以下，1998―2002年省級收入平均遞增11.1%，低於全省增幅3個百分點。收入結構的單一、稅源的萎縮，致使省級財政十分困難，連續幾年新增財力維持在4億元左右，財力非常拮據，支出安排壓力很大。
與此同時，省級事權卻在不斷擴大，支出範圍不斷增加。除了要保證省本級行政事業單位人員工資和機構正常運轉外，還要承擔大量上下劃人員經費、全省性專項支出以及調節地區間財力差距的任務，如社會保障支出、困難地區工資補助、全省老紅軍生活和醫療費支出，以及糧食風險基金、重大基礎設施建設、衛生、教育、水利、救災等專項支出。在收入增長乏力、支出日漸膨脹的情況下，省級財政疲於應付自身支出的需要，缺乏足夠的財力來培植財源，支持縣域經濟發展，縮小地區間的財力差距，省財政的宏觀調控職能難以得到充分發揮。
5.形式複雜、既得利益色彩濃厚的現行財政體製已經不適應統一規範管理的要求和經濟發展的變化
在確保各地既得利益的基礎上，我省各級針對當時各地財力狀況製定了形式多樣的財政體製。省對地市體製極不統一，對西安、安康、商洛、榆林、楊淩和其他6地市，采取不同的收入劃分體製；對“兩稅”增量采用了不同的返還比例；既有對西安、寶雞、鹹陽等市的體製上解，又有對地市的體製補助。市對縣體製複雜多樣，11個市（區）11種形式。鄉鎮體製更是五花八門，極不規範。這種形式多樣的財政體製，已經不符合統一規範管理的要求，增加了各級財政之間決算結算和稅收征管工作的難度，降低了財政體製的可操作性。
同時，分稅製改革九年來，市區之間經濟發展極不平衡，不同的產業結構對地方財政的貢獻度不同，各地的收入狀況發生了很大變化。從1994年到2002年，西安市經濟快速增長，GDP占全省GDP的比重逐步提高，由1994年的33.8%增加到2002年的40.2%；渭南市、漢中市經濟發展相對緩慢，在GDP中所占份額出現下降，由1994年的21.4%下降到2002年的15.8%；延安市、榆林市雖然經濟增長速度較快，但GDP占全省的份額卻保持相對穩定；銅川市、安康市、商洛市仍處於低水平並略有下降，地區間經濟總量和經濟增速的差距在拉大。受經濟發展、企業改組改製、國家政策調整、市場競爭激烈等因素影響，地區間財政收入增幅出現很大變化，西安市、延安市、榆林市地方財政收入基本保持了20%左右的穩定高增長，從1994年到2002年，三地市地方財政收入年均遞增率分別為17.87%、27.49%、26.61%；寶雞市地方財政收入由1995年的27.75%下降到2002年的4.85%；漢中市地方財政收入由1995年的16.93%下降到2002年的4.68%；渭南市2002年地方財政收入出現負增長。這種財政收入增長的過分懸殊和體製的長期不變，致使許多地方出現財力增長與經濟發展極不協調的問題，如：南鄭從“西北首富縣”變成欠發工資問題突出的財政困難大縣，但財政體製上仍對漢中市進行上解，上解數額一直居高不下；渭濱區實行定額遞增上解，體製上解額大於全區地方財政收入，不得不用中省的補助彌補體製上解，出現中省對縣的補助倒流市級的不合理現象；受資源拉動迅速崛起的吳旗、神木等資源大縣，財政收入上幾個億，但省市財政無法調劑；市本級財政從自身利益出發，在地改市、部門上劃或管理範圍調整過程中，變相集中縣級財力，使臨渭區、榆陽區、漢濱區等設區市所在地的財政困難加劇，等等。這些亟待解決的體製問題，要求現行財政體製必須盡快進行調整和完善。
6.現行財政體製造成地方財政收入與財力和總支出的差距越來越大，基層財政強化管理的積極性得不到充分發揮
隨著中央按照統一政策對東中西部地區財力的集中，地區間財力差距進一步拉大。由於財力狀況不同，東部地區財源較廣、財力雄厚，中央的統一集中對其自身發展影響較少，而西部地區地方經濟發展緩慢，所受影響隻能通過轉移支付彌補。在中央轉移支付補助力度逐步加大的情況下，地方財政收入與其財力和財政支出的差距越來越突出，困難地區財政對上級的依賴度越來越大，地方財政的理財自主性越來越低，發展經濟、培植財源的積極性受到抑製。2002年，我省地方財政收入150億元，地方財力259億元，地方財政收入占財力的比重為58.07%，較1993年下降了43.14個百分點；財政支出403億元，地方財政收入占財政支出的比重為37.12%，較1993年下降了46.42個百分點。2002年，我省107個縣中地方財政收入自給率在50%以下的縣81個，較1993年增加了45個，有17個縣在20%以下，子洲、清澗、米脂、佳縣、佛坪等縣地方財政收入占財力的比重不足10%。大部分收入依賴上級，大部分支出由上級負擔，不計成本地坐享其成，地方自主理財的積極性得不到很好的調動。上級補助越來越多，養人越多補助越多，在人事製度改革還沒有完全到位，事業單位人員管理權屬於縣級的情況下，地方領導自主控人的積極性不高，隨意進人，人員膨脹，造成養人越多越困難―越困難發展越慢，人員消化渠道越少―財政養人越多―財政越困難的惡性循環，將巨大的財政包袱和困難甩給上級。1994―2002年，潼關縣財政收入年均遞增1.15個百分點，而同期財政供養人員年均遞增6.81個百分點，高於財政收入增幅5.66個百分點；按此比例計算，該縣每年新增人員約270人，按人均年支出8000元計算，每年需新增支出216萬元，而該縣平均每年財政收入僅增長50多萬元，當年新增收入全部用於新增人員支出還遠遠不夠。洛川、武功、富縣、禮泉、澄城、華陰、富平、合陽等許多縣雖然人員增幅低於收入增幅，但由於收入盤子較小，而人員基數較大，新增收入全部被新增人員吃掉，地方財政陷入越“吃”越窮，越窮越“吃”的惡性循環之中，財政困難日益加劇。
7.地市間財力差距進一步擴大
中央轉移支付的實施，增強了中西部地區的公共服務能力，但受多種因素的影響，中西部地區財力增長緩慢，占地方總財力的比重逐年下降，人均財力與東部地區的差距有所擴大。按財政供養人員計算的地方人均財力，2001年比1994年增長131%，其中，東部地區增長155%，中部地區增長117%，西部地區增長98%，中、西部地區人均財力分別為東部地區的46%和49%，不及東部地區的一半。
從1990年以來我省各地市以財政供養人口計算的人均財力離散係數來看，1990年至1993年地區間橫向財力差異在波動中呈縮小趨勢，以1994年實施分稅製財政體製為“拐點”，地市間財力差距急劇擴大。分地市來看，1994年，全省以地方財政供養人口計算的人均財力為4775元，最高的是西安市，為6145元，相當於全省平均水平的128.69%；最低的是商洛地區，為3549元，相當於全省平均水平的74.32%，最高與最低的絕對差距達2596元，相對差距為1.73倍。2002年，我省以地方財政供養人口計算的人均財力，最高的是西安市，為26955元，相當於全省平均水平的156.85%；最低的是商洛地區，為9871元，相當於全省平均水平的57.44%，最高與最低絕對差距為17084元，相對差距為2.73倍。2002年較1994年，我省人均財力最高的地區與最低的地區相對差距擴大了1倍。從我省縱向財力差異看，呈現出“中間大，兩頭小”，即市區財力好，省與縣相對困難的局麵。2002年，我省全省平均人均財力17185萬元，其中：省級30050萬元，相當於全省平均數的1.75倍，市區級40534萬元，相當於全省平均數的2.36倍，縣鄉級10953萬元，相當於全省平均數的63.8%。市區級人均財力是省級和縣鄉級的1.35倍和3.7倍。
由於財力規模的大小主要取決於地方財政收入、稅收返還與體製補助（或上解）等因素，其中體製補助（或上解）反映體製的政策取向與調節能力，地市間財力差距的擴大表明，現行體製確實沒有觸動既得利益，對地市間財力差距的調節並不明顯。
西安與商洛人均財力變化對比表
從各地地方財政收入在全省市縣級地方財政收入中所占的份額變化情況來看，西安收入所占份額一直居於首位，並在逐年提高，由1994年的41.61%上升到2002年的44.93%；渭南、鹹陽、寶雞、漢中收入所占份額不斷下降；銅川、安康、商洛所占份額小，變動不大；延安、榆林所占份額增長較快，延安由1994年的5.61%上升到2002年的11.34%，位次由第六上升到全省第二，榆林由1994年的4.17%上升到2002年的7.98%，位次由第七上升到全省第四。
8.轉移支付辦法不夠完善，補助力度較小
轉移支付製度是分稅製財政體製的重要組成部分，是財政資金分配的一種新形式，其作用一方麵通過轉移支付達到平衡地區間財力差異的目的，為各地居民提供大致相同的公共服務；另一方麵，通過規範化、公式化的測算辦法，提高財政資金分配的公正、公開性，克服財政資金分配的隨意性。從目前的執行情況看，轉移支付辦法主要存在幾個方麵問題。
一是各種形式的專款較多，財力補助性質的一般性轉移支付總量小，緩解地區間財力差距的作用不很明顯。2002年中央對我省的各類補助共計234億元，其中一般性轉移支付隻有13.8億元，占中央補助總額的比重不到6%。
二是轉移支付測算辦法與財政體製不銜接。由於我省轉移支付直接測算補助到縣，縣級財政困難省級考慮，縣級窟窿省級補，轉移支付與市級的利益沒有直接掛鉤，市對縣的責任意識下降。盡管省財政一直強調市財政要加大對縣級的補助力度，但是效果不明顯，存在市級減少對困難縣的補助，甚至抽縣級財力的現象。而同時，財政體製由市到縣，則給市級財政從有利於自身利益的方向調控縣級財力提供了可能，省上對此又缺乏有效的約束手段。
三是轉移支付測算的基礎數據真實性差。基礎數據的真實與準確，直接決定著轉移支付測算的公正與效能。受我國目前統計水平的限製，統計數據不全麵，不真實；追求政績、財政虛收等人為因素，使各地實際可用財力難以準確衡量。轉移支付測算的公正性和合理性受到影響，均衡地區間財力差距的作用不能完全發揮。
四是轉移支付的因素選取不全麵。轉移支付普遍采用“因素法”計算，因素選取的不同，直接影響著不同地區轉移支付補助的數量。目前在因素的選取上，客觀性因素選取較多，政策性因素選取麵較小，對一些特殊因素沒有充分考慮。從中央對下轉移支付的測算因素看，我省貧困縣多，高等院校多，文物保護和資源開發任務重，水土流失、沙漠化、荒漠化等生態環境治理任務艱巨，這些特殊因素未納入中央過渡期轉移支付的因素之中，影響中央轉移支付對我省實際困難程度的衡量和測算；從省對下轉移支付的測算看，山區和平原地區的經濟、交通發展差距大，教育成本、行政成本不同的因素難以量化，沒有考慮。
9.鄉級政府職能逐步萎縮，鄉財政收支管理功能弱化
在各項改革推進的過程中，鄉鎮的事權不斷上收，工商、稅務、養老、技術監督等部門經費上收省級，公安、土地管理、計生等部門經費，農村中小學教育經費，鄉鎮幹部工資等大部分上收縣級管理，鄉鎮承擔的本區域內行政管理、義務教育、基礎設施建設、社會治安、水土治理和環境保護、社會保障、扶貧、支農、文化、衛生等支出責任，已越來越多地由縣以上各級財政承擔。而且，按照精簡高效、大市場小政府、城鄉一體化的原則，下一步行政體製改革的方向將是進一步簡化鄉鎮職能，鄉鎮政府的事權範圍呈現出逐步萎縮的趨勢。我省鄉鎮級財政支出占全省財政支出的比重由1995年的15.02%下降到2002年的5.87%；2002年，財政支出在200萬元以下的鄉鎮1218個，占鄉鎮總數的71%，其中支出在100萬元以下的617個，占鄉鎮總數的36%。
從鄉鎮財權看，實行分稅製後，鄉鎮收入主要來源是鄉鎮企業增值稅25%部分、營業稅、農業稅收、行政性收費和罰沒收入等非稅收入，目前，鄉鎮這些收入出現全麵萎縮的趨勢。受市場競爭加劇以及國家關閉“五小”企業等政策性因素的影響，在技術、資金、人才、設備和產品開發等方麵競爭力較弱的鄉鎮企業，絕大部分出現停產關閉，鄉鎮工業稅源急劇萎縮；大部分困難鄉鎮第三產業發展緩慢，加之，近年來自然災害頻繁，市場需求、價格變化較大，營業稅、農業稅、農業特產稅收入極不穩定，特別是過去靠水果、烤煙等農業特產稅收入支撐的鄉鎮，近年來收入在大幅下降。農村稅費改革後，農業特產稅即將取消，農業稅稅率逐步下調，農業稅收入將呈下降趨勢；隨著依法行政和國家對行政事業性收費及罰沒收入的清理整頓和規範管理，非稅收入也不可能有太大增長。鄉鎮財政收入逐漸下降，財力更多地依賴於縣以上各級政府的轉移支付和各種專項補助，而上級補助又大都規定有明確的用途，鄉鎮政府的財力支配權實際上已被大大削弱。鄉鎮級地方財政收入占全省地方財政收入的比重由1995年的29.43%下降到2002年的16.54%；2002年，地方財政收入在200萬元以下的鄉鎮1423個，占鄉鎮總數的82%，其中收入在100萬元以下的鄉鎮1081個，占鄉鎮總數的63%。