不過，再完美的製度設計也無法抵禦時間的侵蝕。數個世紀的連續運轉已經讓這部國家機器變得千瘡百孔。掌握著國家最高決策權的本質上仍然是一群軍人——無論他們退伍與否。當麵對複雜的社會問題和因為爭權奪利導致的仇恨與人心渙散的局麵時，他們做出了一個危險的決定，為了維護聯邦的團結，他們需要一個敵人，一個可以團結大多數人的敵人。
由於《太陽係非戰宣言》和三國同盟的存在，想要樹立一個外敵是很不容易的。因此，這個敵人最好是來自聯邦社會內部。反複權衡之後，對“人造人和生物工程技術”的大清洗被提上了決策者的議事日程。
有關人造人與生物科學的爭論，甚至可以追溯到世界聯邦建立之前的一個世紀。自從第一個完整意義上的人造人問世以來，保護人造人權利和反對人造人權力的鬥爭就一直存在。然而，隨著公元2109年《世界聯邦人權憲章第三修正案》的通過，人造人獲得了與自然人同等的權利（包括婚姻和生育權在內）。但是，反人造人的思潮一直沒有消逝。隻是，隨著越來越多的人也擁有了人造人血統之後，上述的這些思想已經失去了市場，日漸沒落。
令人感到不可思議是，穩定與繁榮委員會竟然通過一些並不複雜輿論和政治操作，把這樣一個即將消亡的思潮重新包裝成為主流的意識形態，繼而開始以“正義”之名大力推進對所謂“擁有人造人血統者”的大清洗。
這場運動在最開始的時候並非是一帆風順。眾多的“人造人”們利用法律和輿論與最高當局推行的政策相對抗，以至於在“大清洗”的第一年裏，根本就沒有一個人被驅逐出境。更為重要的是，判定人造人的標準相當的難於操作。據當時的一份秘密統計資料，當時的聯邦公民中“擁有改造基因血統”者，占總人口的98﹪。這也就是說，如果要驅逐的話，原則上所有的地球人都在驅逐之列。
惱火的穩定與繁榮委員會開始意識到需要更為有效的手段推行他們的政策。最終，他們選擇了秘密警察——“聯邦國務部監察特別行動組”得以建立。於是，當時的局麵都發生了戲劇化的轉變。涉嫌“人造人”的案件的處理效率迅速提高，越來越多的人還沒有經曆正常的司法程序，就被迅速的趕出聯邦的領域。於是乎，在數年之後，地球被“淨化了”，穩定與繁榮委員會主導下的準軍政體製得以保全。