馬錫五在任陝甘寧邊區高等法院院長期間，對邊區監獄工作的領導不僅能保持和繼續雷經天、李木庵、王子宜等院長製定的管理監獄工作的方針政策，並在總結經驗的基礎上，將其發揚廣大。在管理犯人方麵，他進一步總結完善犯人自治製度；實行犯人生產分紅製，以使犯人出監後建立家務；允許監獄犯人的妻子在監內客房與犯人同宿（1-2晚），以教育犯人自新；重視犯人在監學習文化，在犯人中培養有用人才等。
馬錫五同誌重視法製建設。早在1948年2月，馬錫五院長與喬鬆山副院長，共同主持草擬了《陝甘寧邊區高等法院司法工作總結報告》。報告中除了介紹邊區司法組織的發展政策以及各項司法製度和監所工作的經驗外，針對當時麵臨全國勝利的新形勢，提出一些很有價值的建議。其主要內容有：（一）在組織體製方麵，提出司法與行政機關分開，司法機關應統稱“人民法院”，今後行政首長不再兼任司法職務。建議進入城市後，為了積極與一切犯罪分子作鬥爭，應建立檢察製度；（二）針對“民主精神發揚不夠，幹部遵守法令精神差”，提出要樹立“法治精神問題”。報告還提出，隻靠判幾件案子，即使合情合理，適合政策，群眾滿意，還是不夠的，應進一步考慮如何在全國“消滅萬惡的封建製度，建立新民主主義法律精神”。因此，必須實行土地改革，向封建剝削製度，壓迫人民的惡劣勢力作無情的鬥爭；同時還要教育各級幹部和廣大人民群眾懂得政策法令，自覺遵守法紀，尊重和保障人權，違者要受到法律製裁；（三）充實和培養司法幹部等。
馬錫五同誌於1962年4月10日，在北京病逝，享年64歲。4月15日，首都各界人士在嘉興寺舉行公祭大會，追悼馬錫五同誌，周恩來總理、全國人大常務委員會副委員長沈鈞儒、最高人民法院院長謝覺哉等同誌，懷著沉痛的心情參加了追悼會。中華人民共和國副主席董必武同誌，為了悼念馬錫五同誌，於4月11日寫了《錫五同誌千古》悼詩。謝覺哉同誌也寫了悼詩。4月14日，謝覺哉院長以《我對馬錫五同誌的認識》為題，在最高人民法院幹部會上講了話，號召全體司法幹部要向馬錫五同誌學習。據謝覺哉夫人王定國同誌回憶，馬錫五同誌逝世後，謝老夜以繼日地編寫了一本關於馬錫五審判方式的小冊子，交給有關同誌審閱。這一情況在謝老的日記中也已得到證實。1962年4月18日謝老日記記載：“編草馬錫五審判方式小冊子成。”可惜，這一珍貴的曆史文稿，現在不知流落何處。馬錫五同誌離開我們已經40多年了，但他的事跡、他的品格永遠活在我們的心中。