在2002年《關於國家科研計劃實施課題製管理的規定》中，科技部將課題責任人負責製和課題依托單位的責任描述為：課題責任人在批準的計劃任務和預算範圍內享有充分的自主權；一個課題隻能確立一個課題責任人，課題責任人為自然人或法人；法人課題責任人必須指定所承擔課題的課題組長，並在合同或任務書中明確課題組長的責權利，且不得隨意變更。明確課題責任人與依托單位之間的關係，課題責任人對完成課題任務承擔法律責任，依托單位必須提供課題任務書或課題合同中確立的支持條件。
而在2011年財政部、科技部《關於調整國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法若幹規定的通知》中明確：課題承擔單位是課題經費使用和管理的責任主體，應當建立健全經費管理製度，完善內部控製和監督製約機製，嚴格課題預算調整審批程序，按時提出財務驗收申請，配合做好財務審計、財務驗收等工作，及時按規定辦理財務結賬手續，並采取有效措施切實保障科研、財務、行政等管理部門對課題實施的全麵支撐，積極推動本單位現有儀器設備等科研條件對課題的開放共享。同時，在目前仍在執行的《國家重點基礎研究發展計劃專項經費管理辦法》、《國家科技支撐計劃專項經費管理辦法》、《國家高技術研究發展計劃（863計劃）專項經費管理辦法》和《公益性行業科研專項經費管理試行辦法》中，根據科技計劃設立的目標和定位不同，其支持對象各有側重，但都指的是中國大陸境內具有獨立法人資格的科研院所、高等院校、內資或內資控股企業等，課題負責人作為法人單位的授權代表履行職責，其經濟和法律責任由單位承擔。
為保障課題承擔單位發揮好法人責任，在“十二五”國家科技計劃和經費管理改革中，建立了課題間接成本補償機製，大幅提高了間接費用的核定比例，對單位在組織課題實施過程中發生的間接成本給予充分補償。同時，科技部將會同有關部門，適時對法人單位承擔國家科技計劃項目（課題）實施情況進行績效評估，並將評估結果作為後續經費撥付的重要依據。信用優良的承擔單位，優先考慮參與國家科技計劃和國家創新基地建設；對於拒不履行項目（課題）任務書中的約定責任造成一定損失，以及違規操作甚至存在科研不端行為的項目（課題）承擔單位，一經查實，視情節輕重采取通報批評、停止撥款、撤銷項目（課題），直到取消其1—3年項目申報資格的處罰措施。對於承擔單位如何落實好法人責任，科技部也提出了明確要求：一是課題申報和立項中的組織指導作用；二是在項目（課題）實施中的協調服務作用；三是在資產和成果管理中的統籌開放作用；四是在經費管理使用中的審核監督作用；五是在課題管理全過程的支撐服務作用。
三、高等院校落實科研經費法人責任應注意的關鍵問題
1、結合高校自身特點，充分認識和落實單位法人責任
高等院校要充分認識加強單位法人責任的重要意義，按照服務支撐與管理監督並重的基本原則，切實提高科研經費管理的科學化水平。
在科研項目申報立項階段，院校要加強項目申報審核和控製，申報項目時要堅持實事求是，充分考慮自身研究力量，加強可行性論證，對申報項目的工作基礎、研究現狀、人員組成等作真實陳述，保證申報項目材料真實可信。要結合本單位學科建設、基礎研究和技術進步與創新需求，協調組織本校以及相關合作單位（如有合作關係的企業、科研院所和其他高校）的優勢科研力量共同參與，要選擇既具有科研實力又具備一定管理能力的科研人員擔任項目負責人，根據任務目標合理確定項目參研人員，綜合考慮申請人和研究團隊科研項目執行能力，加強統籌協調，扭轉重申報、輕質量的現象。
在預算編製階段，院校重點做好項目申報和預算編製的谘詢和服務工作，要對有關人員進行預算編製技能的培訓，引導課題組按照目標相關性、政策相符性和經濟合理性原則，科學、合理、真實地編製科研經費預算，增強預算的前瞻性和可操作性。課題組在向項目主管部門上報正式預算申報資料前，應由院校組織科研、財務、采購和資產管理部門有關人員對預算進行評審，重點審核預算的合理性和可行性，對於預算中涉及的設備采購、外協合作進行重點關注，防止課題組在預算階段為後續不合理開支埋下“伏筆”。對於預算安排中涉及單位自籌經費的項目，要嚴格落實自籌資金來源，對於無法提供自籌經費合理來源、院校本身也不能支持的項目，堅決不允許申報自籌經費。
在項目組織實施階段，高等院校應綜合配置研究資源，提供實驗室、研究儀器等必要的條件保障，促進項目（課題）間資源的開放共享。在經費使用過程中，高等院校應重點做好審核和監督工作，建立健全經費管理製度，完善內部控製和監督製約機製，保證課題組能夠按照批複的預算開支經費。堅持科研經費統一管理原則，將所有科研經費納入院校財務統管，財務部門要嚴格按照預算批複的支出範圍和標準使用經費，不得違反規定轉撥、轉移科研經費，不得借科研協作之名將科研經費挪作它用，不得購買與科研活動無關的設備、材料。科研經費必須專款專用，不允許任何部門和個人用科研經費從事投資、辦企業等違規經營活動；加強原始憑證報銷審核工作，防止個別人員虛構項目支出、使用虛假票據套取科研經費；加強勞務、績效等涉及個人經費的結算支付管理，要采取有效措施，保證相關經費能夠確實發放至相關人員，防止出現虛列、虛報、冒領科研勞務費等現象；嚴格資產管理，科研項目購置，形成的資產要納入單位統管，任何人不得隱匿、私自轉讓、非法占有院校用科研經費形成的固定資產和無形資產。院校要根據有關法規授權，及時對課題組預算調整進行批複，財務部門配合項目組編製項目決算和年度決算時，必須做到賬實相符、賬賬相符、賬表一致。