如何做好高校科研經費財務內控管理，需要考慮科研業務流程與財務流程的銜接、內部控製的節點、授權、不相容業務的監督等，強化財務內部控製的關鍵是在有效性和嚴密性之間找到一個平衡點。在此基礎上，高校科研經費財務管理的指導思想應為：保證預算、費用統籌、統一規範、分類管理；具體路徑是：建立健全製度，強化預算，規範支出並推動全成本核算；同時，加大監督約束與績效考核，以實現科研經費有效價值的最大化。
1、健全製度——財務內控規範
財政部、教育部、科技部等有關部委對各類縱向科研項目經費製定了具體的管理辦法，但這些辦法是全國統一的，沒有考慮到高校的具體情況，各經費管理的開支範圍、開支標準以及結餘規定是不同的，同時，國家對橫向科研經費至今沒有製定具體的、專門的管理辦法。高校科研經費管理的一個難點就是在現有製度下進行“適度”的財務管理。此外，在建立高校科研經費財務管理製度時，還須注重考慮所建立製度的“可操作性”。在製度體係上要明確以下內容：一是結合高校自身特點，完善組織結構，明確決策層、執行層、監督層的職責權限。二是對各類經費按其來源性質進行分類管理。三是明確科研經費預算編製管理與審核流程，由此明確經批準的經費預算書在經費使用、支出管理、財務決算等方麵的依據作用。四是明確重要支出的審查審批機製，並落實經費支出審核以批複的經費預算書及項目合同為第一依據，以專項經費管理辦法所規定的開支範圍、開支標準作為第二依據，國家財經法規為核算的第三依據，禁止無明細的無序報銷。五是依照專項經費管理辦法的規定進行成本計列，充分發揮成本核算管理手段，保證高校攤銷資源消耗等公共費用的權益。六是健全和完善財務決算報表編製的依據、責任和審簽機製，明確結題結算流程。七是貫徹國有資產管理規定，完善資產申報、審查審批備案機製和科技成果管理。
2、強化預算——財務內控核心
預算控製是財務內部控製的核心環節。從預算的審核、執行到控製，無論哪一步驟都必須嚴格管理。一是預算是剛性的，一經批準如同製度，不得隨意變更，因此要從思想上牢固樹立預算意識。二是財務部門在執行科研經費預算時可以成立專門的科研管理崗位，會同課題組對科研項目從立項審核到結項驗收進行係統管理，對科研過程進行全程跟蹤。三是科研經費預算環節的控製應包括四個方麵：根據任務編製預算、細化預算；預算方案應經高校科技、財務部門審核，主管科技的副校長審批，重大科研項目交學校預算管理委員會（或學術委員會等類似機構）進行審批，審批後上報項目主管部門，審批時應對科研經費支出的合理性和可行性進行充分論證；預算編製與預算審批應職責分離；經批複的預算書將作為核算科研經費的重要依據。四是采用專用的科研經費管理軟件將會計科目與科研經費預算科目進行綁定，實現科研支出的規範化控製。同時，借助會計核算軟件及財務管理信息係統，實時反映科研經費各項預算的收支結餘情況，指引項目負責人合理支出經費，最終實現將科研經費的結果控製轉變為對其財務管理的過程控製。
3、推動全成本核算——財務內控革新焦點
全成本核算的基本原理為：首先將資源項目（成本費用）按資源動因分攤到作業中心（科研活動等），然後將作業中心歸集的成本費用按照作業動因分攤到成本對象（科研項目）。資源項目（成本費用）歸集的最終目標是成本項目（科研項目）。全成本核算將高校對科研項目在人力、資源、硬件等方麵的投入，以價值的形式體現在科研項目的成本中，科學地豐富了科研項目成本的涵義，有利於實施科研項目動態的成本控製，能為高校管理者在宏觀上的學校發展規劃和科研活動規劃提供依據。
2013年12月出台的《高校會計製度》（財會〔2013〕30號）建立了適應科研間接成本補償機製的會計核算體係，強化了經費使用的全過程監管。此次基於科研間接成本補償機製的會計核算改革是高校科研經費管理改革的重要內容，具有長遠意義。
為了與高校科研間接成本補償機製改革相匹配，會計核算改革需進一步推進。一是以高校科研間接成本核算為基礎，以修正的權責發生製為核算依據，確定相對科學的間接成本補償比例。二是應加強預算管理和會計核算工作，采取合理的三級分配方式，匹配科研經費三級管理責任主體的責權利關係，統籌安排教學和科研資源，達到教學與科研相長，實現高效配置高校科研資源。三是考慮運用作業成本法，按照作業動因對間接費用進行科學的分配，確立相對合理的間接成本補償比例。四是全成本核算應貫穿成本的事前控製、過程控製與事後控製全過程，構築高效的成本管理機製。
4、規範開支——財務內控工作基礎
一是依據《會計基礎工作規範化》要求，強化財務不相容職務的分離，落實財務崗位責任製，加強財務人員的輪崗製度，梳理各崗位設置的合理性，提高財務係統運作的效率。二是在日常賬務處理中，不斷完善會計科目，實現會計業務核算和科研經費指標的一一對應控製。三是嚴格執行科研經費報銷程序，加強科研經費的支出審批管理，經費經辦、審批和記錄職責分離。對科研經費中每項經濟業務發生取得的資料憑證進行核對，保證賬賬、賬證、賬實相符，避免差錯和舞弊的發生，保證會計信息的真實性、可靠性。四是加強財務人員業務培訓、提高業務素質，促使財務人員在精通會計業務的同時亦對各種不同來源的科研經費管理辦法和經費預算有所了解，在履行財務報銷手續時，不隻審核票據本身的真實性、合法性，還須對不符合預算的支出有一定的鑒別力。