2月17日至18日，美軍艦載機猛烈空襲了特魯克。251空有9架月光被擊毀於地麵。至此，251航空隊還剩下7個機組和2架能用的月光夜戰。4月，251空又取得了3個擊落記錄。7月10日，在日本曆史上留下“最精銳的零戰部隊”、“拉包爾航空隊的先驅”、“日本海軍夜間戰鬥機部隊的先驅”等美譽的台南-251海軍航空隊宣告撤銷解體。
月光夜戰定型以後，中島飛機公司便正式開始生產量產型的月光。在軍方對夜間戰鬥機的強烈需求下，此前一直維持著每個月10架左右小批量的J1N1家族生產開始加速。除拉包爾前線的251空以外，其他一些部隊也開始接收月光11型夜戰。
1943年10月，日本海軍又組建了第二支夜間戰鬥機部隊——第321航空隊。1944年2月，321空調入馬裏亞納群島，分別部署於塞班和提尼安基地。
當時在提尼安島的第61航空戰隊高層並不了解月光夜戰的使用特性，看到月光夜戰起源於2式陸偵，就理所當然地把月光11型當做與2式艦偵相類似高速偵察機。23日清晨，61航戰命令321空出動5架月光用於搜索美軍航空母艦特遣艦隊。在與美軍艦載機的交火中，兩架月光一去不返。中午，美軍艦載機發起攻擊，擺放在地麵上的月光夜戰成為美機很理想的靶子。6架被當場擊毀，2架嚴重毀損。321航空隊的首次實戰部署就以全軍覆沒而告結束。
3月，經過補充恢複了實力的321空分散進駐馬裏亞納群島各基地。321航空隊的月光實際上很少作為夜間戰鬥機使用，多數時候就是承擔護航、巡邏、反潛等閑雜任務。6月，美軍發起對馬裏亞納群島的全麵進攻。321航空隊在8月份隨著提尼安島被美軍占領而宣告全滅。在大約10個月的全壽命中，321航空隊沒有取得一個像樣的戰果。
除了上述兩個完整的夜戰航空隊之外，還有一些原使用2式陸偵的部隊也少量裝備了一些月光夜戰。沒有這些部隊取得戰果的記錄。
在萊特灣大海戰前後，也曾經有少量的月光夜間戰鬥機部署在菲律賓各基地和婆羅洲。在壓倒優勢的美軍海空航空兵力麵前，菲律賓的日本海軍夜間戰鬥機自然除了挨打以外也沒多少事可做，很快就在美軍戰鬥機麵前消耗殆盡，基本上沒有取得值得一提的戰績。
1945年初，在原水上偵察機飛行員美濃部正大尉的主持下，日本海軍組建了一支以彗星夜戰為主要武器的專業夜間攻擊部隊——芙蓉部隊。芙蓉部隊的主要任務不是防空作戰而是利用夜幕的掩護攻擊美軍地麵目標。
衝繩戰役期間，芙蓉部隊表現活躍，共出擊650架次（一說630架次），自己在空戰中損失各種飛機47架，其中零戰12架、彗星夜戰35架。以戰爭末期日本海軍航空兵部隊所處的絕對劣勢環境下，芙蓉部隊的戰績算是相當突出的。在芙蓉部隊的宣稱戰果中，還包括一架可能是P-61或者F6F-5N的美軍夜間戰鬥機。夜戰與夜戰之間的交戰，這在太平洋戰爭中別無他例。
順便一提，戰後經過對太平洋戰爭的反省，原日本海軍航空隊的指揮官們有相當不少人因為倡導特攻作戰而在國民中名聲臭到了姥姥家，芙蓉部隊的指揮官美濃部正少佐因為一貫拒絕他的部隊參加自殺攻擊而混了個好名聲。