除此之外，日本海軍還深刻檢討了此前航空隊的編製問題。按照過去的體係，無論是艦隊航空兵還是基地航空兵，戰鬥部隊與指揮機關都是固定不變的。也就是說，一架飛機如果隸屬於某一艘航空母艦飛行隊或者某航空隊，那麼它就永遠屬於該航空母艦或者基地航空隊。而在實戰中，經常發生某一艘航母負傷難以繼續作戰而其指揮下的飛行隊還有一定兵力或者某一艘航母的艦載機已經受到相當的損失但是其艦體還是完好的。對於基地航空隊來說，就是其空戰兵力已經消耗殆盡，而指揮機關和後勤保障機構仍然完好無損。這種情況下，航母和基地航空隊都隻能後撤休整造成很大的浪費。
所以在1944年2月，日本海軍將各個艦載機飛行隊與原所在母艦的隸屬關係解除，每個航空戰隊所屬兵力統編成一個飛行隊，以便於戰時對各母艦所搭載作戰飛機的適時調整。第1機動艦隊所屬的3個航空母艦戰隊所屬航空兵力分別合編為第601、第652和第634三個航空隊。
從1944年7月起，各基地航空隊又分別導入了所謂的特設飛行隊製度。即各航空隊與下屬的飛行隊之間的隸屬關係脫離，各飛行隊獲得獨立番號，在戰時視需要編入各航空隊使用。大致上說，有些類似於後來的部隊編製模塊化的體係。
經過突擊調整和訓練，到1944年5月，日本海軍又組建起一支由大型航空母艦大鳳、瑞鶴、翔鶴、隼鷹、飛鷹，輕型航空母艦龍鳳、瑞鳳、千歲、千代田所組成的三支航空母艦特混編隊，共有艦載機439架。再加上由角田覺治中將所指揮的第1航空艦隊（或者叫第5基地航空部隊）的600餘架飛機，從帳麵上看，此時的日本海軍兵力還是很雄厚的。
問題在於此時的日本海軍無論是艦隊航空兵還是基地航空兵都是幾經消耗幾次重建後的菜鳥園子，飛行員的素質與兩年前差距甚遠。再加上第1航空艦隊所屬兵力分布於從日本本土到馬裏亞納群島的廣大地區，加上又一直處在戰鬥中，不斷有兵力消耗，實際上日軍可以使用的兵力遠沒有這麼多。
聯合艦隊的計劃就是在美軍特混艦隊出動時，將其引誘到岸基航空兵的作戰半徑內，以岸基航空兵和艦隊航空兵聯手殲滅美軍艦隊。這個計劃被命名為阿號作戰。
阿號作戰一經啟動就亂的一塌糊塗。5月27日，美軍發起了對新幾內亞島北側日軍重要基地比阿克的攻擊。豐田副武立即下令角田覺治的基地航空隊投入比阿克方麵作戰。隨後，聯合艦隊又投入了包括大和和武臧兩艘超級戰列艦在內的26艘艦艇馳援。
就在日軍將注意力轉向新幾內亞方向時，6月11日，美軍的航空母艦特混艦隊突然出現在馬裏亞納群島海域。關島、洛塔島、塞班島和提尼安島上的日軍機場都受到了美軍艦載機的無情攻擊。本來被寄予厚望的基地航空隊在戰役一開始就遭到了殲滅性打擊。豐田副武設想的雙刀戰法從一開始就已經折斷了一條胳膊。
基地航空隊已經指望不上，小澤的機動艦隊也就成為日本海軍最後的希望。6月16日，小澤的艦隊進抵菲律賓以東的洋麵上。在彙合了匆匆趕回的大和和武藏號戰列艦之後，小澤手中已經有了航空母艦9艘、戰列艦5艘、輕重巡洋艦13艘、驅逐艦20艘的堂堂之陣，乍看起來還是很嚇人的。除了山城、扶桑這些無法與機動艦隊配合使用的舊式戰列艦以外，聯合艦隊可謂是精華盡出。與他相對陣的是，是由中途島英雄雷蒙德·斯普魯恩斯海軍上將所指揮得美國海軍第5艦隊。編成內共有大型航空母艦7艘，輕型航空母艦8艘，戰列艦7艘，輕重巡洋艦20艘、驅逐艦67艘。艦載機891架。此時的美國海軍早已今非昔比，無論是兵力、裝備還是飛行員的素質，美軍都已經全麵超越了日軍。無論是航空作戰還是艦隊炮戰，斯普魯恩斯上將都有獲得勝利的把握。