遭到美軍艦載機的攻擊後，日本人立即發起反擊。由於當時已近黃昏，日本飛行員錯將一支由魚雷快艇和坦克登陸艦組成的美軍小艦隊當成了航母編隊。日本人的炸彈和魚雷齊飛，讓這幾艘小船的船員嚇破了膽子。戰後，興高采烈的日軍飛行員宣稱他們打沉了了兩艘航空母艦和多艘巡洋艦和驅逐艦。同樣興奮過度的大本營得意洋洋的宣布了在第一次布幹維爾海戰中的偉大勝利。實際上美國人隻有一艘坦克登陸艦被重創。
8日，日本人再度獲得“大捷”。從白天到傍晚，97架日本飛機輪番攻擊了美國的運輸船隊和警戒艦隊，又“擊沉”了3艘戰列艦、2艘巡洋艦、3艘驅逐艦以及4艘運輸船。實際上美國人隻有兩艘運輸船不同程度受損，一艘巡洋艦被魚雷擊傷。
11日，日本人又贏得了第三次布幹維爾海戰的“勝利”。在攻擊來襲的美軍第38特混艦隊的作戰中，日本飛行員宣稱他們擊傷了兩艘美國航空母艦。美國人實際上沒有任何損失。
12日，古賀峰一大將宣布呂號作戰勝利結束。在古賀峰一投入到呂號作戰的日軍艦載機中，82架零戰損失43架，陣亡飛行員24名；45架艦爆損失38架，陣亡飛行員35個機組；40架艦攻損失34架，陣亡飛行員27個機組；6架艦偵全部損失，陣亡飛行員3個機組。在總計173架飛機、192個機組中，共有121架飛機和89個機組被葬送掉了，實際損失空勤人員181名。作為部隊骨幹力量，7名飛行隊長陣亡4名，11名分隊長陣亡6名，其他中尉以上飛行軍官陣亡9名。艦隊航空兵的指揮軍官為之一空。小澤治三郎的精銳機動艦隊再次變成了殘廢。數日後，當美軍發起對吉爾伯特群島的新一輪攻勢時，小澤隻能有心無力地看著。
基地航空兵的情況也沒有兩樣。戰鬥力很強的第204海軍航空隊在1943年6月尚有士官級飛行員60名，到11月呂號作戰結束後，這批飛行員剛好還剩下十分之一。拉包爾航空隊後期的精銳骨幹部隊第201航空隊的一名幸存的飛行員在戰後參與編寫201空作戰史時留下了這樣的回憶：“從昭和18年10月到昭和19年2月這5個月，我從布因撤退到拉包爾。這5個月的經曆比我在戰後28年（指編寫戰史時）的經曆加在一起還要艱苦百倍危險百倍。”
在這之後，美軍對拉包爾和特魯克的攻擊一天比一天猛烈。1944年2月17日，美國海軍艦載航空兵又一次大規模空襲特魯克。除了將特魯克基地所屬部隊的130餘架作戰飛機擊落擊毀以外，剛從本土調來準備加強拉包爾的130餘架飛機也被美軍所殲滅。拉包爾航空隊陷入了徹底沒有飛機可用的可悲處境。
1944年2月20日，殘留在拉包爾的第253海軍航空隊和第2航空戰隊的30架飛機最後撤離了拉包爾，曾經存在過兩年之久的拉包爾航空隊就此終結了。
從東所羅門群島海戰和聖克魯斯海戰之後，美日兩軍的航空母艦特遣艦隊有一年半左右的時間沒有發生正麵衝突。然後就在這一年半時間內，日本海軍卻把它的全部最精銳的陸基航空兵部隊和艦載航空兵部隊先後投入到了以拉包爾為中心的所羅門群島、新幾內亞島戰區，投入戰場——打光——後撤重建——再次投入戰場——再次打光——再次後撤重建……這就是名聲赫赫的“拉包爾航空隊”的真實麵目。在當時的拉包爾，日軍飛行員們除了唱著“銀翼連成的南方前線”的《拉包爾航空隊》之外，還有一首小調也在飛行員中悄悄的傳唱著：“拉包爾天氣晴朗，布卡小雨，布納彈雨……”到日本海軍放棄拉包爾基地時為止，僅日本海軍就損失了近8000個機組，埋骨“零戰墓場”的飛行員數以萬計。在反複的廝殺中，曾經囂張一時的日本海軍航空隊被放掉了最後一滴血。到馬裏亞納海戰中日本海軍的機動艦隊再一次亮相時，堂堂的皇國精銳海鷲已經隻能靠一群訓練不足的菜鳥飛行員來撐起“絕對國防圈”的大梁。