（3）食用菌市場流通體係不夠健全
雖然基本形成了以批發市場、集貿市場為載體，以農民經紀人、運銷商販、中介組織、加工企業為主體，以產品集散、現貨交易為食用菌產品的基本流通模式，以原產品和初加工產品為營銷客體的流通格局。但是，食用菌市場流通規則尚未建立和完善，市場主體行為混亂無序，加之缺乏準確、快速覆蓋全國的市場信息網絡以及相關的市場預警係統，隱藏了較大的市場風險。
（4）食用菌加工水平較低，產品附加值不高
目前，我國食用菌初加工產品比重高於85%，主要是采用鮮銷（如平菇、草菇、金針菇、白靈菇、杏鮑菇等）、幹製（如香菇、木耳、銀耳、猴頭菌等）、鹽漬（如雙孢蘑菇、草菇、雞腿菇等）、速凍等的方式。我國食用菌的深加工產品極少，特別是許多具有重要保健作用的食用菌加工產品的開發更是嚴重滯後，加工增值占食用菌總產值不足10%，而日、韓等發達國家一般是30%～40%。
（5）生產成本加速上升，利潤空間被壓縮
調查數據顯示，近幾年主要生產要素成本迅速上升。木屑顆粒、優質麥麩、玉米芯、棉籽殼等價格大幅度上漲。加上國內流動性過剩（過多的貨幣投放量）帶來的勞動力、菌種價格的上漲，食用菌生產成本增加，投入產出比由1∶3下降到1∶2，菇農利潤空間受到壓縮，生產積極性降低。
2）現有的生產與營銷模式
（1）以分散的農戶生產形式
自產自銷，優點是原料就地取材，設備投入資金少，成本低，部分產品就地銷售與市場對接快，中間環節少，利潤空間大；部分產品由銷售商販銷售；缺點是生產受季節、環境影響大，產品的產量和質量穩定性差；生產規模小、分散，產品銷售易受商販的控製而缺失銷售的主動權，價格上受市場影響相對波動較大。我國食用菌生產出70%以上的產品是以這種方式進入市場的，包括一些工廠化栽培和設施栽培生產的產品。
（2）龍頭企業設基地帶動農戶的形式
其優點是組織化程度相對高一些，是以龍頭企業帶農戶鬆散的合作方式，技術管理和抵禦市場風險能力均增強；還是屬於食用菌的“中小企業”，對市場的駕馭能力稍弱，在標準化生產和滿足市場周年供應上欠缺實力。
（3）農民合作社形式
近幾年興起的農民合作社，是國家為了解決農民“一家一戶、各自為政”而鼓勵菇農自發的、帶有地域特征的合作組織；需要在菇農中湧現出“經紀人”式的管理者；很多省的菇農均已嚐試這種組織形式進入市場，並已積累了一定的經驗。
（4）工廠化生產經營
技術先進，資金投入大，廠房設計規範，生產環境可控性好，產品質量相對穩定，可滿足市場的周年供應；但能源消耗大，生物轉化率較低（大部分品種均是采收一茬），完全按照工廠化的運行模式進行，對管理團隊要求比較高，承擔的技術與設備、生產與市場等的風險比較高。近幾年，我國在一線發達城市食用菌工廠化快速發展，每年都有生產能力在日均10～20噸的數十個食用菌工廠建成，絕大部分為初級產品，缺乏自主品牌；2009年我國工廠化企業不足50家，2014年工廠化生產企業已經達到650餘家，5年累計增長逾十多倍。食用菌產能也隨之劇增，競爭的結果使產品售價急劇下滑，許多工廠化企業舉步維艱。
3）食用菌銷售市場的動態發展
近幾年，食用菌產業也麵臨著多方麵挑戰，關注發展動態，迎難而上；知彼知己，抓住機遇，勇迎挑戰。
（1）出口貿易的“技術壁壘”，折射我們的質量觀
近幾年，出口貿易的“技術壁壘”成為製約食用菌產業發展和出口的重大障礙。我國食用菌生產主要是依靠自然氣候條件，由分散農戶進行生產，這種生產模式在一定的時期為農民增收、食用菌發展起到重要的作用。但新形勢下，暴露出許多弊端。如農戶栽培管理不嚴格，技術參差不齊，不注意對環境的保護等；對食用菌栽培技術和育種的研究隻注重追求產量，忽視產品質量；為獲得高產，有時過多地使用增產素；為防治病蟲害過多地使用殺菌劑和有毒農藥，甚至為產品美觀使用硫黃熏蒸；為保鮮使用甲醛等不正當方法，造成食用菌的汙染，藥殘超標而被限製出口。對食用菌無公害栽培技術研究及相應生產標準和加工體係的建立沒有引起足夠的重視，這必將製約我國食用菌的進一步發展。