十二時辰是“子午流注”的重要內容之一。“子午流注”中的子午代表時，將一晝夜劃分為12份，用地支的名字命名。每一份為一個時辰，一個時辰相當現在的兩個小時。
天幹地支，是古代用來記述年、月、日的符號，天幹是甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸；地支是子、醜、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥。天幹地支兩者可分為陽陰，天幹為陽，地支為陰。每個時辰又分為二個部分，初時和正時。初時是每個時辰的前1小時，正時為後1小時，如子時，子初是23時至零時，子正是零時至1時。
“子午流注”中的子午是十二時辰的第一和第七時辰。子時是第一時辰，時間是從夜半11點至淩晨1點，後者按序數，依次類推。午時是第七時辰，時間是從中午11點至下午1點。夜半子時陰至極，日中午時陽至極。流指流水，注指輸注。在醫學裏“子午流注”是將人體氣血循環比做流水，隨時間的先後，從子時到午時，再從午時到子時，環流不息。人的氣血盛衰有固定的時間，是有規律的。
十二時辰的由來源：中國古代的記時方法，主要根據太陽的升落，天色的明暗，將一晝夜劃分為不同的時段。殷商甲骨卜辭中，就有“旦”(清晨)、“夕”(傍晚)、“明”(黎明)、“日中”(中午)、“昃日”(下午)、“昏”(黃昏)的記述。《左傳》有十時的劃分。《淮南子》有十五時的劃分。那時候一天時段的劃分，都是晝多夜少，這可能與人類的活動以白天為主有關，用意在於要求白天較精確地定時以滿足勞動和人際交往的需要。漢武帝大初元年的“大初曆”，把一晝夜分為十二份，名字順序為：夜半、雞鳴、平旦、日出、食時、隅中、日中、日辰、哺時、日入、黃昏、人定。後來改用十二地支表示。《靈樞·衛氣行》和《靈樞·經別》及《靈樞·邪客》都有十二時辰的記載。
“子午流注”是中醫學根據自然界事物隨時間變化而呈周期性變化的規律，研究時空同步的醫學理論。它是前人勤勞智慧的結晶，具有完整的體係，有係統的理論和學術特點，對醫學有著廣泛的指導意義。確切地講“子午流注”理論始於《周易》，形成體係於《內經》：“天氣始於甲，地氣始於子，子甲相合，命日歲立，謹候其時，氣可與期。”“有其時必有其氣”。說明自然界、宇宙變化與人體變化相應，這就是“子午流注”理論的萌芽。這一理論在《內經》中得到進一步的發展，該書的諸多篇章對二十七氣循經流注，經氣流注在各個階段的狀態，經氣流行的時間，經氣所處的空間，都做了詳細的記述。
“子午流注”學說是從實踐中總結出來的一套規律，它不但內涵豐富，而且有嚴密的科學性，是高度整體觀念的體現，是人與自然相互協調，空間與時間相結合的創舉。它依據一年四季晝夜十二時辰的自然周期性變化，結合十二經脈陰陽表裏，營、衛氣血晝夜循環中的流注開闔，在人體按時循經取穴，達到通其經絡，調其氣血，對立統一，平衡陰陽之目的，使機體保持健康。