為什麼會造成李申先生書中這些明顯的值得商榷的地方呢？本人認為，這主要的是在他的學術理路中，內在地貫穿了一種二元對抗的思維模式，這成為他學術研究走入誤區的根本原因。在這裏就集中地體現為科學與宗教的對立觀。
近代以來，中國人對科學與宗教及其關係的認識經過了一個漫長的曆程，卻似乎一直存在著模糊與分歧，結果是科學與宗教對立，以科學代替宗教的思想占了主導地位。這種二元對立思維的根源大概要追溯到明末清初西教、西學的傳入。傳教士以西學作為手段，其目的是為了傳教，而中國人卻首先感興趣的是西學，所以一開始就出現了對西教、西學倚重倚輕的態度，儒教是教非教之爭之起源於此時，也正是對西教、西學二元態度的開始。百年禁教以後，當西教、西學再度進入中國時，還是聯袂而來，不過“教”多了基督教，“學”的內容也更豐富了。但中國人還是喜歡西學，反感西教，於是有中體西用這一影響深遠的文化模式的形成，是想排斥西教，接受西學。當這一文化模式不能為濟時，“中體”不得不解構了，出現了模仿西教的孔教，借以抵抗西教。孔教活動又激起了爭議，這就是孔教是教非教，孔教是否應該為國教的爭議。這樣，逐漸有了以西學反西教的思潮，這集中體現在以科學反宗教上。
這種科學與宗教對立，以科學反對宗教的思潮，首先是對西方文化中科學與宗教關係的誤解誤讀。在西方中世紀，確實宗教曾占有絕對權威，哲學、科學一度曾成為神學的婢女，神學為了宗教的目的而歪曲科學，特別是當科學獲得一定發展，開始懷疑神學，以至於向神學挑戰時，遭到了教會組織的摧殘和迫害，釀成了布魯略、伽利略這樣的悲劇和冤案，這都是曆史事實。但是，應該清楚，我們過去過分誇大和單向強調西方曆史上這種宗教與科學的生死較量，這個問題應具體地曆史地看。其實，在中世紀，說科學是神學的婢女是對的，但也應該看到，神學也是科學的“母親”，近代科學正是孕育在宗教教育之中。歐洲中世紀的教會學校除了以神學為主課外，還設有文法、邏輯、修辭、算術、幾何、天文、音樂七藝。中世紀的大學也由教會學校演化而成。這些教會學校一方麵把尋求科學知識視為荒謬，認為這是障礙靈魂得救的行為，鼓吹蒙昧主義。另一方麵又不得不把點滴積累的自然科學傳授給神職人員。修道院保存著古代農業技術和生產管理的經驗。神職人員是唯一受過教育的人。科學的傳統隻有通過受過教會教育的神學家、哲學家、神甫、僧侶這些人才能流傳下來。一切文化領域均為神職人員把持，但正是在這些神職人員中出現了象羅吉爾?培根和哥白尼這樣的科學革命家。特別是啟蒙運動以來，在科學技術獲得突飛猛進發展，理性主義、人文主義逐步占主導地位的過程中，許多偉大的科學家、思想家、學者卻並沒有以科學完全排斥宗教，乃至壓抑宗教。如培根盡管提出了與傳統宗教相對立的科學世界觀，但他既提倡科學作為商業和工業的有力工具，又擁護宗教作為維護社會安定的重要因素。洛克則認為科學和宗教各有自己的特殊範圍，彼此不相侵犯。科學處理著我們在自己觀念的秩序中所觀察到的一致和不一致，宗教則處理著那不能被科學觀察和實驗證明或駁倒的超驗的真理。貝克萊則公開宣稱要消除那些含有反宗教的科學觀中的錯誤，他認為科學的結果確實是真實的、有效的和有用的，但是它們隻處理著我們感覺的秩序，隻是有關人類感覺秩序的一套規則和預言。因此，貝克萊把科學局限於它自己有限的範圍之內，認為它與事物的本性毫無關係，這樣科學所能建立的任何體係都不可能與宗教信條抵觸，科學的真正任務就在於預言感覺的秩序，並發現感覺的一定連貫和結合的規則。斯賓塞認為宗教與科學在本質上是同一的，隻是表現不一樣，科學是從具體到一般，再到具體，科學的歸宿是神學的開端。至於宗教壓製科學，科學反對宗教，其實是一場曆史的誤會，是不懂得科學與宗教之間相互關係的表現。
20世紀初，西方已越過了啟蒙時代過分膨脹的科學夢想，至少在絕大部分科學家和哲學家的眼裏，科學的理論和方法不再是不容置疑的終極的真理，也不再能代表那個偉大全能的上帝了，科學將價值導向了人的活動與人自身之中。
另外，許多有成就的科學家同時又是虔誠的宗教信仰者，甚至對上帝的信仰成為推動他們進行科學活動的動力之一。如牛頓對上帝的信仰就是激勵他探求宇宙秩序的力量，並通過科學“證明”了宇宙是上帝的傑作，他認為宇宙這個完美的體係，“隻能來自一個必然存在的上帝的思想和意誌之中。”愛因斯坦也認為，“在我們這個唯物論的時代，隻有嚴肅的科學工作者才是深信宗教的人。”海森堡認為：“盡管我深信科學真理在它自身的領域內是不容置疑的，但是我決不能排斥宗教思想的內容，不能認為它隻是我們經曆過的人類意識的一個階段而在將來我們就可以排除這部分內容。”
其次，也與晚清以來社會變革有關。晚清以來，中國曆史發生了兩千年來未有的大變局，傳統儒學衰落，社會失去了統一的價值觀和道德規範，人們在信仰缺乏，心裏空虛，命運變幻無常的情況下尋求各種宗教信仰慰藉，或欲通過佛教、道教的振興來抵抗西教，於是就有各種宗教思潮的泛濫。這種形勢就激起了新文化運動者反對宗教迷信的鬥爭，這在一定程度上說是必要的，但問題就在於在這種二元對抗思維指導下的“矯枉過正”。新文化運動者大多是受過各種西方現代教育的，對西方文化的誤讀使他們產生了科學比宗教進步，科學與宗教勢不兩立的思想，便對宗教迷信的“烏煙瘴氣”發動了全麵的、尖銳的攻擊，並提出了以科學代替宗教，以美育代替宗教等主張。