1979年在山西太原舉行的“中國哲學史學會”成立大會上，與會者以“中國哲學史方法論”為主題進行了熱烈的討論，會後出版了《中國哲學史方法論討論集》。從會後發表的文章來看，以對蘇聯日丹諾夫的“哲學史定義”的突破為契機，學術界圍繞哲學史的定義、對象、範圍、目的、哲學遺產的繼承、唯心主義的曆史評價、哲學與政治的關係等問題，各抒己見，相互辯駁。先是對流行了將近30年的“兩軍對戰論”（唯物對唯心、辯證法對形而上學，又稱“對子論”）進行反思。經過討論，初步形成共識：中國哲學史並不僅僅是唯物主義和唯心主義、辯證法和形而上學之間的“兩軍對戰”的曆史；“對子論”不能準確概括中國哲學的實際。進而，有學者在文章中還論述了“唯心主義在一定曆史條件下的進步作用”，對曆史上的“唯心主義”學術流派和“唯心主義”哲學家，給予了相當程度的積極評價。也就是在這次會議上，任繼愈先生獨辟蹊徑，提出了儒教說；也就是在這次會議上，李申當時在座，對任先生的發言印象深刻，“我非常興奮，覺得這是把中國古代的問題看透了。然而畢竟當時我還是學生，有自己的學業要完成，對於儒教是教非教的問題沒有時間研究。”這樣就奠定了他日後追隨任先生著書宣揚儒教說的人生道路。
李申先也自稱是一個馬克思主義者，在《我的理論準備和資料準備――答王健君》（下）中他回顧了他的生活經曆和讀書、求學經曆。在文化大革命中曾經先後讀了《聯共（布）黨史》、《共產黨宣言》、《哥達綱領批判》、《反杜林論》、《唯物主義和經驗批判主義》以及蘇聯的《政治經濟學教科書》等等許多那個時代到處可以見到的馬列的書，其中顯然不乏蘇聯曲解和教條化了的“馬列主義”論著。在軍隊中他更係統地讀了馬恩列斯毛的著作以及其他更多的各個方麵的書，並參加了部隊上團級幹部參加的馬列學習班輔導工作，教材是《共產黨宣言》、《反杜林論》等六本書，輔導材料是解放軍政治學院編的。後來進入專業學習就讀了更多的書，主要以科學和宗教為主，且傾向於古典作品。
關於李申是如何繼承和發展任繼愈的學術理路的，他自己有一個說法：
人們常說，“著書立說”。其實，著書者往往未必立說。所以古今中外，情況相仿，都是著書者多，立說者少。就這部書而言，雖然著者是我，但建立“儒教是教說”的，則是任繼愈先生。（《中國儒教史?後記》）情況是這樣嗎？一般而言，學人們欲立一“說”，往往都是經過大量的長期的獨立研究，在這過程中不斷有心得體會，心得體會又相互聯係、凝結、深化，最後得出一“說”。在這一過程中，研究者為了不斷修正自己的觀點，就要吸收別人的長處，就要與學術界進行學術交流。除了口頭交流而外，往往還寫成文章和著作，一點一點、一步一步地把自己的觀點寫出來，直到最後，在諸“說”之中，建立起自己的一套自圓其說的一“說”。所以，“著書”的結果是“立說”――通過大量研究來著書，在著書過程中才能立說。著書與立說不可分，著書是為了立說，立說必須通過著書。
然而，李申似乎與一般學人不一樣。他是先已有了師“說”，然後憑借優越的研究條件，紮實的功力，刻苦的努力，“以豐富的資料，嚴密的論證，深刻的分析，流暢的語言”（《中國儒教史?內容提要》），使其師已立之“說”能夠以“國家級學術工程”的形式巍然屹立於世紀之交的偉大時刻，屹立在中國學術界。這裏，我想請教一下，既然立說者是任先生，著書者是李先生，那麼，任先生是如何立其說的？憑什麼立其說的？據其弟子李申說，任先生立說是“以他對於中國文化和中國宗教的豐厚素養所鑄成的敏感”（同上）這就使人有點疑惑不解了，憑“素養”和“敏感”可以立說嗎？
事實上任先生確實是“立說”了。這對於李申而言，“說”已立，框架已立，方向已定，又有國家投資，有時間，有精力，仔仔細細地把它填充起來就可以了，而且填充得越豐富、越細膩、越完美就越成功。這就象建立一座大廈，其師以“素養”和“敏感”立了柱子，搭了架子，然後弟子把磚瓦搬來，一點一點地砌起來，就成了一座輝煌的大廈。
我們當然非常敬佩任繼愈先生、李申先生對馬克思主義的信仰和追求，但也覺得在中國那種特定的曆史環境中，在對馬克思主義教條化的長期浸潤中，必然在思維方式上受到影響，也進一步必然反映在學術研究當中。儒教說是一個很有價值的命題，但是，如果在研究的指導思想上有偏頗的話，必然會影響到研究的科學性、正確性、真理性。其實，這20多年大陸的儒教是教非教之爭恰恰模糊了這個問題，以至於使儒教研究步入誤區，不但造成了對中國傳統文化，尤其是儒學的諸多牽強附會，歪曲曆史的判釋，而且也造成了對馬克思主義的背離。