據任繼愈先生回憶，“解放後，黨十分關懷知識分子的成長，積極幫助他們學習馬克思主義的基本理論。解放初期北京大學、清華大學哲學係的教師和一些馬克思主義工作者，定期（每兩周一次）舉行討論會……當時我們沒有接觸過馬克思主義，什麼是曆史唯物主義還不很清楚。通過這樣的學習、交流，獲益良多。”當他初步學到了用曆史唯物主義來觀察社會和分析曆史現象時，便“十分振奮”，回頭來再剖析我們中華民族的文化，就有了下手處，過去看不清楚的，現在看得比較清楚了。活到老，學到老，還要不斷學習，力求有較大的長進。正是這種學習，使他思想感情發生了“很大的變化，從此真正感到過去儒家講的‘修身、齊家、治國、平天下’以及‘天地萬物一體之仁’、‘親親而仁民，仁民而愛物’都是假的。即使古人真正這樣想的，也救不了天下，救不了人民，隻能把舊中國拖向苦難的深淵。”所以，他就從解放前一個儒家的信奉者，變成了一個馬克思主義者。“解放後不久，我對多年來最敬重的一位教授，也是我的老師說：你講的儒家、佛教的那套哲學，我不信了，我要重新學習。”這裏提到的那位老師，就是解放以後仍然堅持儒學研究，堅持其唯心論不改的當代大儒――熊十力先生。據任在別的地方回憶，這件事發生在1956年，他給熊十力先生寫信，說明“我已放棄儒學，相信馬列主義學說是真理，‘所信雖有不同，師生之誼長在’，‘今後我將一如既往，願為老師盡力’。熊先生回了一封信，說我‘誠信不欺，有古人風’。以後，書信往來，就不再探討學問了。”這就是他後來表明的，“沿著馬克思主義的方向研究中國哲學史，完成出於自願，不後悔，也不退縮。”象任先生這樣從舊社會過來放棄過去的信仰，接受馬克思主義的學者當時不在少數，這除了曆史的趨勢，社會的形勢以外，也是自己思想追求的結果。
在這一過程中，出現了兩種不良傾向：一是混淆學術討論與政治鬥爭的界限，二是指導方針的教條主義、思想僵化。建國初期開展的馬克思主義學習和對知識分子的思想改造運動以及隨後緊接著的思想文化大批判，一步一步地超出了學術研究和爭論的範圍，進入了政治鬥爭的領域，把本來屬於學術思想的方法論問題，完全當成意識形態問題，甚至當成政治問題，使得消除學術上的歧異與清除政治上的反動在思想文化批判中互相糾結在一起。這種一學術論爭開始，以政治批判做結論，以打倒反動學術權威為結束的鬥爭作風，在這個時候已經初露端倪，此後就愈演愈烈，到“文化大革命”達到了高峰，形成激烈反傳統，破壞傳統文化，誣陷古人的風氣。與此同時，在學術研究領域隻強調唯物主義和辯證法的絕對正確，幾乎不允許有其他任何學術研究理論和方法存在，對封建文化和傳統的治學方法，對資產階級文化和資產階級學者的治學方法，一概采取批判和排斥的態度。這樣，就使原本生氣勃勃的曆史唯物主義和辯證法逐漸地自我封閉起來，結果雖然確立了馬克思主義的指導地位，但馬克思主義哲學已經完成被意識形態化、教條化，既窒息了對馬克思主義哲學自身的研究，又窒息了學術研究的正常展開，導致中國哲學研究也走上了政治化、簡單化、庸俗化的道路。
馬克思主義教條化對任繼愈的影響主要表現為一是以五階段論把中國曆史與西方進行簡單比附，以之作為中國哲學和傳統文化研究的曆史觀基礎。他在1964年就說：“從大的輪廓看，人類社會發展經過五種生產方式，這是不以人的主觀意誌為轉移客觀規律。而這五種生產方式在各個不同的民族、國家中所經曆的時間雖有快有慢，出現得或早或遲，但是其先後次序是固定而不可改變的。”事實上，馬克思主義既承認這五種社會形態的“大體”存在，又肯定不同民族所經曆的不同道路，也可能出現社會發展的曆史飛躍。任繼愈在最近還說：“社會發展如何分期，世界迄今沒有定論。我們采用按生產方式劃分法，即：原始社會、奴隸社會、封建社會、資本主義社會、社會主義社會、共產主義社會五種社會形態，其次序是按人類社會發展的曆史順序排列的。原始社會隻有宗教，沒有哲學。進入奴隸社會……哲學逐漸從宗教中分化出來。世界上各種流派的哲學都產生在奴隸社會，西方的古希臘、羅馬，古希伯萊，中國的春秋戰國。秦漢統一後，建成統一的多民族封建大國，這種情況一直持續到1840年鴉片戰爭後，中國才開始擺脫封建社會，走向近代化，有了微弱的資本主義。這就是說，中國哲學的形成、發展、成熟，其精彩的演出，主要活動都在中國的封建社會階段。”有了這樣的“曆史定位”，中國的哲學文化顯然就必然是已經過去了的那個封建社會的東西，就是已經死了的東西，隻能經過解剖吸取其民主性的精華，拋棄其封建性的糟粕了，以這樣的觀念為基礎對中國哲學乃至整個傳統文化進行的研究必然是以否定為主了。因此，他繼續說：對傳統哲學“批判性的研究……是仔細分析，采取其中的有用的，拋棄其中過時的糟粕。”並認為五四新文化運動在這方麵做得還“遠遠不夠”。
二是以教條化的馬克思主義把中國哲學史簡單地化約為“唯物主義與唯心主義、辯證法和形而上學”的鬥爭史，並且將其提高到政治鬥爭的層麵進行分析，任繼愈提出：“我們每一個哲學史工作者，對馬克思主義以前的哲學史，不僅要善於科學地區分唯物主義和唯心主義辯，證法思想和形而上學思想；更要堅決捍衛唯物主義反對唯心主義，捍衛辯證法思想反對形而上學思想，捍衛工人階級的利益。堅決地向一切馬克思主義的敵人作鬥爭，進而粉碎一切資產階級的哲學。這是我們的黨性原則。因為隻有辯證唯物主義才是正確的，其他哲學都不可能正確，我們的黨性原則是建立在科學性基礎之上的。”這樣，就造成中國哲學史研究的單調沉悶、枯燥無味，出現了令人痛心的情況。這個時期堪稱中國哲學史研究“樣板”的就是由任繼愈主編的四卷本《中國哲學史》（其中前三冊“文革”前出版，第四冊於1979年出版）。這套書按照中國馬克思主義者公認的社會曆史五階段分篇進行論述，注意社會經濟發展、階級鬥爭和思想鬥爭的關係，以唯物論和唯心論的對立鬥爭為主線，將古代哲學家分成兩大陣營加以褒貶。儒家學派中隻有少數具有唯物論或無神論傾向的學者如荀子、王充、王廷相、羅欽順、王夫之等人得到較高的評價，而且主要在自然觀和認識論方麵。至於儒學道統的主要代表人物如孔子、孟子、董仲舒、韓愈、二程、朱熹、陸九淵、王守仁等人，皆因其唯心或尚理而受到批判，整體上是被否定的，隻在某些局部略有肯定。這套書作為大學文科教科書在大陸有著廣泛而持久的影響：70年代在這套教材的基礎上改寫成為《中國哲學史簡編》，印數甚大；直到90年代，人民出版社仍在繼續重印這套教材。