“儒學與宗教”問題集中的說就是儒學是不是宗教的問題，所謂儒教是教非教問題。這個問題在這次討論中分歧最大，而且沒有結果。就問題本身而言，有不少人就認為這是一個假問題或偽問題，認為討論不出什麼結果來，純粹是浪費時間。但實際上還是有許多學者參與了討論。關於這個問題，國內外的爭論由來已久，大陸近20年的爭論日趨激烈，至今就主要傾向而言可以分三種意見：一是否定說，認為儒學不是宗教；二是肯定說，認為儒學就是宗教；三是折中說，認為儒學具有宗教性。從這次的爭論看來，越來越多的人傾向於第三種說法，但也有許多學者並沒有表示出明確的態度。但從總體上看，這次爭論比過去涉及的問題要多，麵積更大，也不乏有深度的文章，在20世紀中國乃至世界思想文化發展的背景下，把這個問題全麵鋪開了，所以分歧也就更大了。可以說，是一場沒有結果但是有曆史和現實意義的討論。
這裏先從曆史層麵進行對反思情況加以綜述。許多學者對中國思想文化史上與儒學和宗教相關問題進行闡述，使人從縱向上弄清儒學與宗教問題的來龍去脈，辨證一些曆史的事實，弄清一些曆史的真相，增強了辯論的曆史深度。在這方麵著力的有韓星、楊子彬、李蘭芬、陳明、張榮明、吳文璋（台灣）、胡小偉諸位先生（大致按參與網上討論的順序排列）。
韓星先生在《儒教是教非教之爭的曆史起源及啟示》一文中通過考察明末清初中國禮儀之爭過程中不同方麵對儒教的判釋和定位，說明儒教是教非教之爭的真正源頭是在這裏，不但儒教非教說，而且儒教是教說也正是在這一曆史過程中真正形成的。從禮儀之爭中可以看出，爭論分成了中西兩方：在“西方”，教廷代表的是僵化的天主教體製；耶穌會是開明的有人文、理性色彩的傳教士；與之爭論的多明我會、方濟各會則代表了教會中的保守勢力，他們固守教條，以宗教目光判釋儒教，釀成衝突。在“中方”，朝廷代表的是僵硬的政治體製；反教者是正統的天朝大國心態；信奉天主教的儒生學識淵博、思想開明。顯然，儒教是教說是或站在官方，或依附官方的正統立場上，以宗教為視角，以非純粹的文化動機來判釋和定位的；而儒教非教說是站在時代發展的前沿，以進步的、開明的立場，學理的視角，以文化的同情和理解來判釋和定位的。儒將非教說在當時占有多數，且都具有深厚的儒學修養為基礎，是較客觀、深入地進行學理探討的，有很強的理性力量，所以有說服力。這是中國儒學發展到明清之際在西教的影響下對自己人文理性精神的本質性把握，可以說，是近代站在中西文化比較角度對傳統文化進行研究和反思的開始，意義巨大。因此，儒教非教說更深刻地把握了儒教的本質，而儒教是教說則是形式化的以褊蓋全。
他還進一步對近代以來以孔教問題為核心而進行的爭論作了曆史考察，以求把握近代以來儒教是教非教之爭的曆史軌跡。他認為19世紀以後，以基督教為主的西方宗教大規模傳入中國，傳教士們采取了“孔子或耶穌”和“孔子加耶穌”的傳教戰略，在中國人中引起了不同的反應，導致了中西文化衝突中基督教與儒、道、佛的衝突和融通的文化思潮，其中值得注意的是一些開明士大夫尋求耶儒溝通的努力，並對儒學的性質進行判釋，積極進行中國文化出路的探尋。於是，在19世紀上半葉，在文化學術界興起了一係列儒學複興活動：先是今文經學擺脫理學、漢學的努力，再是經世致用思潮的興起，後來便有一股建立中國宗教的思潮。孔教是教說便是這一思潮的核心思想。這股宗教思潮的倡導者認為，中國之所以落後於西方，其中有一個重要原因就是沒有那樣的天主教、基督教，缺少馬丁?路德、卡爾文那樣的宗教改革。在中國曆史上，雖有本土的道教和外來的佛教，影響就和作用則遠抵不上儒學。儒學已有一部分固化為“製度性儒教”，對民族精神有益甚少，對曆史進步障礙多多。要變革上社會，挽救民族危亡，就必須把儒學與“製度性儒教”剝離，並改造為能代表民族精神，促進社會進步的宗教。孔教活動在19世紀末產生了較大影響，一直延續到20世紀，經過“五四”新文化運動“儒學非教說”思潮和民國初年的非基督教運動，最後在大陸消失了。相反，在海外則不絕如縷，形成了獨立的、民間的，以文化歸根為宗旨的孔教，頑強地生存到今天。他還對康有為高揚“孔教”旗幟為戊戌變法張本之得失功過及由此引發的爭議進行了述評，具體考察了清末民初孔教活動及其引發的爭議，五四新文化運動倡導者的孔教非教說，學衡派的孔教觀等。
楊子彬先生在《論孔教――為<孔教論>正名》的長文中回顧了孔教運動在20世紀的曆史命運和發展曆程，認為現代史上的孔教派情況比較複雜，其中有一部分保守派也主張尊孔讀經，定孔教為國教，但他們尊的是偽儒，而真正的孔教派則尊的是先秦真儒。因為激進派也不能分辨二者而混為一談地加以反對，使孔教派幾乎做了保守派的殉葬品。現代孔教派的創立者陳煥章先生從30年代到香港和海外發展，使孔教成為在異質文明的汪洋大海中保持和發揚民族文化精神與美德，充分展現中華文明風采的民間宗教。