韓星先生在《評李申先生的“西學、科學全麵勝利”說――<中國儒教史>批評之一》中，認為李申先生對儒教“籠統、武斷、虛偽、因襲、散失”幾大“基本特點”的概括，太絕對化了，不但是不符合曆史事實的，而且還會導致對中國傳統文化全盤否定的民族文化虛無主義（詳見本書附錄）。
中國傳統文化內容是豐富多彩的，與儒教有關的其它方麵也引起了大家的爭論。《周易》在中國文化中具有群經之首的地位，自從疑古思潮之後，尤其現代以降，全盤西化、否定儒學及中國文化的思潮使孔子與《周易》的關係受到質疑，《周易》在中國文化群經之首的地位遭到了否定。20世紀80年代之後，因為有了自由的學術空間，興起了中國文化熱，《周易》又一次被學界所注重，隨之興起了“《周易》熱”。這次的“《周易》熱”不是源於尊孔讀經，而是由《周易》在中國文化思想史上的地位所決定。
李申先生對《周易》素有研究，他的《易圖考》還是得到了普遍的肯定，但是在《中國儒教史》中對《周易》相關內容的宗教化推定卻受到了鞠曦先生的批評。他寫了三篇專論，對《中國儒教史》中把《周易》宗教化推定所產生的“辭慚枝屈”問題進行了正本清源的批判，認為這是隨著宗教化推定理路產生的普遍性問題。通過對《周易》宗教化的推定，就使作為群經之首的《周易》哲學為“上帝”的光環所籠罩，使中國古代文化中最富哲學意義、作為二千餘年中國文化思想資源的《易傳》成為上帝的婢女，《易傳》哲學不過是為“上帝”論證的思想工具，從而為否定中國哲學奠定了宗教學的理論基礎。現在急需對孔子“序傳解經”形成的《周易》思想體係進行正本清源的工作，以重構其哲學性和科學性的理論體係。同時，對作為儒家“群經之首”的《周易》提出自己的見解，以指稱李申先生對《周易》的誤讀。
科學思想也是中國傳統文化的重要內容。當論戰進行之際，李申的《中國古代哲學和自然科學》（新版）一書正在市麵上發行。該書是他的博士論文修改而成，初版以後在學術界反應很好，但據他自己後記中所說寫本書時還沒有接受任繼愈先生的儒教說，所以是持無神論的，“本書出版至今，作者在中國傳統文化研究方麵所取得的最大進展，就是接受了任繼愈先生的儒教是教說”，所以自然就持有神論了，這樣就造成了觀點的前後矛盾。對此，鞠曦和韓星都進行了剖析，指出了《中國儒教史》與《中國古代哲學和自然科學》的理論矛盾，暴露出其思想體係儒教是教非教的二律背反。