再次，通過縱向和橫向分析展示《淮南子》的學術背景。縱向分析就是一方麵將《淮南子》與老莊、黃老學進行對比分析，看出它們思想的內在聯係，另一方麵又將《淮南子》與《呂氏春秋》和魏晉玄學的儒道思想進行比較，分析出它們在儒道融合方麵的聯係與區別。由此得出儒道融合是思想發展的必然結果，是現實社會的需要在思想上的反映。橫向分析上主要是將《淮南子》與《春秋繁露》進行對比，以及對同一問題的不同解釋和態度，窺見儒道在當時的較為大概的發展狀況和二家分歧的主要表現。此外，還可以將《淮南子》的儒家思想與《春秋繁露》的儒家思想作比較，用以了解當時儒學的發展狀況，這一切對認識漢代中期後學術思潮轉變的內在原因具有一定的價值。
另外，從篇章的安排和總體的評價方麵分析此書總的指導思想。《原道訓》、《?真訓》中以“道”的生成序列說明萬物產生運行的規律性，這種規律性是由道決定的，是由無到有的動力，是從人自身推及社會的過程。老子由道推向德，而《淮南子》明確表示要“紀綱道德，經緯人事”，重視道在社會層麵的運用。《淮南子》不同於黃老之處在於對莊子思想的大量吸收以及對法家思想有選擇的利用，較黃老視野更寬廣、思想上更具有綜合性。《呂氏春秋?序意》與《淮南子?要略》相比，統合程度低，且《序意》主要是就《十二紀》進行的概括與評議，而不是對全書作出的概要，更顯示出編撰者個人文化層次的不同及其參與創作程度的差異。《要略》不僅對全書各篇內容及關係分別進行了介紹，而且還對此書的寫作目的、當時諸子各家的產生進行了評論，認為它們是救弊的結果。將學說與現實需要緊密結合起來，以表明此書是可以為現實服務的，而且反映了將道事結合，即重自然與社會人事，改變先秦道家重天道輕人事、重理論輕現實的思想傾向。道事並重是儒道融合的總的思想體現，《道應訓》就是一個道事結合的典範。“非循一跡之路，守一隅之指”表現其在大量利用已有的思想資源上，不拘一家之言，而是廣采博覽吸收各家思想的精華，熔鑄於一體。
在研究方法上，首先是本著曆史與邏輯相一致的原則。堅持論從史出，從具體材料中深入分析《淮南子》哲學思想的內涵，揭示與諸子思想的內在邏輯聯係，把握其思想的淵源、繼承與發展的內在理路；其次，從思想史、社會史、學術史和科技史等多維視角分析，展示其豐富的思想內涵，從廣闊的社會文化背景中把握其時代特征和文化特質；再次，注重運用考古新材料，如馬王堆漢簡、張家山漢簡、上海博物館藏戰國楚竹書，以便進一步說明和把握涉及與《淮南子》有關的思想問題。
《淮南子》作為秦漢時期對諸子思想的最後一部綜合和總結的著作，其思想價值是獨特的，無論是研究道家或是其他諸子思想都能從中尋到或多或少的思想資料，尤其是作為道家在漢代發展的重要成果。從對道家思想的發展以及對諸子思想的運用上，《淮南子》所體現出思想的交融和開放的文化意識對中國傳統文化觀念的形成具有一定的奠基作用。它不僅是哲學史、思想史研究的對象，同樣還是科技史等領域研究的重要資源。