嘉慶九年（1804年），交城縣僧會無慮（號常樂）兼任天寧寺住持，重建大雄寶殿。無慮曾任臨汾天齊廟、交城縣卦山天寧寺、交城縣城西門外龍王廟、大營村關帝廟、三官廟、寨子村關帝廟住持，晚年為玄中寺東院主僧，創建玄中寺中院接引、準提（今地藏、觀音）二配殿。他虔持佛事，淡以自守，昕夕課徒誦經，每當穀鳥晨鳴、樵夫暮歸時，寺內鍾魚梵唄之聲山鳴穀應。他賦性質樸，勤儉能耐勞苦，受到世人尊敬。道光二十五年（1845年），天寧寺住持太元繼任交城縣僧會，在千佛閣（原稱南殿）之前拓築前院，創建山門（七間）及東西廂房，使天寧寺更趨寬敞。宣統三年（1911年）住持空法參加了清代最後一次修繕工程。
民國時期，社會動蕩，寺院經費困難。20世紀20年代以後，雖然成立有由縣長兼任主任委員的“天寧寺寺產保管委員會”，但經費無著，完全依靠社會捐助和伐賣樹木度日，僅能進行小型修繕而已。
尤其令人發指的是1938年2月26日，日本侵略軍對卦山名勝進行瘋狂掃蕩，竟縱火焚燒和搶劫，燒毀聖母廟外院房舍10間、僧舍全院房舍11間、卦山書院6間、文星閣一座及天寧寺毗盧閣下層隔扇，其餘法器、家具、糧食、木材、衣物等被搶劫、焚燒一空，就連一頭毛驢也難逃厄運。老僧真情倉皇逃命，失足山澗慘死。其間，住持真雲備受日寇淩辱，竟被強迫跪地，用洋刀刀背在其脖頸上拉拭，而他堅不招認與抗日遊擊隊伍的關係。真雲號妙香，原在太原永祚寺（即雙塔寺）出家，1928年移駐天寧寺為住持，在十分困難的社會環境中保護寺院山林，令人敬重。1943年，終因憂憤成疾不幸去世。繼任者常廣（1894—1975年），太穀縣人，俗名吳學禮。早年投北洋軍閥張作霖，擅長武術，後目睹舊軍隊的黑暗和暴行，憤而解甲出家。1943年駐寺後，孑身一人守寺護林，倍極艱辛。1965年，“大三線”建設，省檔案館征用寺院，常廣被安排離山，成為天寧寺末代和尚。
新中國成立後，人民政府接管卦山名勝，並不斷撥款維修。“文化大革命”前夕，省某單位征用卦山建築，全部鐵鑄、泥塑、木雕、石刻造像被毀，建築拆改，麵目全非。至1981年被文物部門接收後，國家投入大量資金修複古建，保護文物名勝，使這一馳名三晉的名勝古跡恢複了青春。1986年，山西省人民政府公布天寧寺為省級重點文物保護單位。2006年，國務院公布卦山天寧寺為第六批國家重點文物保護單位。