（三）與相關部門溝通渠道不暢
我國政府分別將非營利組織的注冊登記、日常監管以及稅務征管職能賦予了民政部門、行政主管部門和稅務機關。其中，絕大部分非營利組織的登記管理基本上由民政部門負責，而稅收征管法僅要求工商部門將辦理登記注冊、核發執照的情況定期向稅務機關通報，至於在包括民政部門在內的其他部門辦理登記注冊、核發執照的情況如何與稅務機關共享信息，並沒有提出法定的要求，由於缺乏情報交換的功能，使稅務機關不能及時準確地和非營利組織的登記機關和主管部門溝通，難以對其依法實行有效的源泉控管。從而使得很多非營利組織的稅收管理遊離於稅務機關的監管之外。
（四）執行會計製度不統一
我國非營利組織在會計製度的選擇上呈多樣化，提供的納稅信息可靠性差，給稅收征管帶來了困難。在對非營利組織走訪調查中發現，有些單位沒有按照《民間非營利組織會計製度》做賬，而是執行了《企業會計製度》或是《事業單位會計製度》，個別單位在執行《民間非營利組織會計製度》的同時，下設了《企業會計製度》下的會計科目。除了會計製度不統一外，會計電算化程度也很低。在我們走訪的26家非營利組織中，隻有8家實行了會計電算化。會計基礎的薄弱直接導致了稅收征管難度增大。
（五）票據使用不規範
由於非營利組織使用財政票據，稅務機關不易掌握其收入支出情況。在對某些協會調查中發現，會費收入中有部分是企業以會費形式收到的捐贈收入，開會費專用收據。
（六）對免稅收入的界定有一定困難
“財政撥款以外的其他政府補助收入屬於免稅收入，但不包括因政府購買服務取得的收入。”一些團體組織因為資金緊缺，從主管部門或其他政府部門取得補助，如果有勞務合同那麼認定為政府購買服務，需要納稅，如果不需要付出勞動，單單白拿錢，就不需要納稅，由此可見，政策規定明顯有失公平。另外，醫院、學校等單位的收入哪些屬於非營利性的免稅收入，哪些屬於營利性的應稅收入，區分起來有一定困難。
（七）有的社團組織屬於鬆散型組織，收入單一，沒有能力辦理稅務事宜比如，一些貧困地區的縣、鄉、村小學大部分隻有一兩名教師，工資由財政部門直接發放，沒有財力聘請中介機構進行鑒定，無法提供具有資質的中介機構鑒證的申請以前會計年度的財務報表和審計報告，增加了稅務管理的難度。
四、加強非營利組織稅收管理的意見和建議
由於非營利組織有其自身特點，我們在工作中可以把非營利組織視為一個特殊群體進行分類管理，一些政策上的規定和其他企業相比也應有所區別。
（一）由於非營利組織戶數較多，按照本通知規定，絕大多數非營利組織將長期無稅申報，給基層納稅申報管理帶來很大的工作量，勞而無果，更是沒有積極性。從減少基層工作量、減輕納稅人負擔的角度考慮，建議對其日常納稅申報實行特殊管理，如，不納入征管考核、半年申報一次、可以不參加彙繳等。
（二）非營利組織既有免稅收入又有應稅收入，免稅收入扣除相關的成本、費用、損失後發生虧損，可先用應稅所得彌補免稅虧損。應稅所得彌補免稅虧損後，仍有所得的，再計算繳納企業所得稅。這樣有利於保障非營利組織減少對捐助和政府補助的依賴，同時將更多的收益用於公益事業。
（三）區分營利和非營利收入是界定是否免稅的關鍵，建議非營利組織定期向主管稅務機關申報其業務收入、接受捐贈、活動支出等信息，年末應該提交相應的年度活動報告和財務報告。
（四）統一票證管理。我國非營利組織稅收征管難度較大的一個重要原因就是票證不統一，各種財政收據、自製收據、稅務發票使用情況混亂。為此，稅務部門應該與財政部門進行協調，建立非營利組織的專用票證體係和專用票證製度，對非營利組織所用發票的式樣、印製、領購、繳銷、開具、使用、責任等方麵實施嚴格統一的管理，從而達到對非營利組織的活動的稅務控管目的。
（五）建議總局出台一部非營利組織稅收管理辦法，對非營利組織的認定程序、認定範圍，以及不同類型非營利組織的管理模式等問題進一步規範統一，便於基層稅務人員進行統一操作，從而有效增加非營利組織的納稅遵從度。
（六）加大政策宣傳力度，認真開展稅源摸底調研。對征管係統中的稅務登記信息進行清理，核實登記注冊類型，便於在日後工作中調取相關信息。
作者單位：河北省地方稅務局