1868年（清同治七年）1歲
·1月11日（陰曆12月17日）出生於浙江紹興府山陰城內筆飛弄（民國後廢府建製，山陰與會稽兩縣合並為紹興縣）。祖父廷楨（又名嘉模，字佳木）經營當鋪業。父寶煜（又名光普，字耀山），曾任當地一錢莊經理。母周氏。
1872年（清同治十一年）6歲
·由父延師在家塾中讀《百家姓》、《千字文》及《神童詩》等書。
1877年（清光緒三年）11歲
·8月2日 父病逝。家道中落，家中無力延師，遂就讀他處。靠賢母勤儉治家，撫養三兄弟成人。
1880年（清光緒六年）14歲
·受業於同縣秀才王懋修（子莊），習八股文，並得叔父銘恩悉心指導，學業大進。受王等影響，青少年時期曾祟尚宋儒。
1883年（清光緒九年）17歲
·考中秀才，不再往王懋修家就讀，開始自由閱覽。繼續在叔父銘恩家借閱其藏書，得以補讀不少經典及考據和辭章之書。
·次年起，在本地設館充任塾師兩年。
1886年（清光緒十二年）20歲
·應邀在同鄉徐樹蘭家（古越藏書樓）為其校訂所刻圖書。因得博覽其豐富藏書。
·母周氏病逝。
1889年（清光緒十五年）23歲
·4月 與王昭女士結婚。
·9月 應浙江鄉試，中舉人。
1890年（清光緒十六年）24歲
·春季赴京參加會試，中試為貢士，因提前離京未參加本科殿試。
·秋 應上虞縣誌局之請，任總纂。因意見不合旋即辭職。
1892年（清光緒十八年）26歲
·春 入京補行殿試，被取中二甲三十四名進士，授翰林院庶吉士。
1894年（清光緒二十年）28歲
·春季再度入京應散館考試，升任翰林院編修。留京供職約四年。
·是年中日甲午戰爭爆發，思想受極大震動。開始閱讀西方譯書，並留意時事和維新思潮。
1895年（清光緒二十一年）29歲
·清廷簽訂喪權辱國的《馬關條約》。他痛感這是中華民族的奇恥大辱，憤怒譴責清廷“疆臣跋扈，政府蹋葺（卑賤的意思），外內狼狽，虛疑恫愾，以成煬灶（放在爐火上烤的意思）之計，聚鐵鑄錯，一至於此”。認為是“可為痛哭流涕長太息者也”。
1896年（清光緒二十二年）30歲
·曾回山陰，冬始返京。11月長子阿根出生。
·開始閱讀自然科學方麵的書籍。
1898年（清光緒二十四年）32歲
·4月 次子無忌在京出生。
·是年秋戊戌維新運動失敗。
·10月 痛感清廷已“無可希望”，遂以請假名義攜眷離京，返抵故裏。是年冬任紹興中西學堂監督。
1899年（清光緒二十五年）33歲
·因支持紹興中西學堂教員中的新派，遭舊派忌恨，慫恿學董出麵妄加幹涉，憤而辭職。後受聘為嵊縣剡山學院院一長，任職一年。
1900年（清光緒二十六年）34歲
·6月 原配王昭病逝。
·為紹興僑農設一小學校。曾在杭州商議改一書院為師範學校，未果。
1901年（清光緒二十七年）35歲
·8月 應上海澄衷學堂總理劉葆良之邀，任代理總理一月。
·9月 任上海南洋公學特班總教習。注重教學內容和方法的革新，受到學生歡迎。
1902年（清光緒二十八年）36歲
·是年元旦與黃世振（仲玉）在杭州結婚。
·4月15日 在上海與蔣智由、葉瀚等發起成立中國教育會，被舉為事務長（即會長）。開始以教育倡言革命。
·7月 赴日本短期遊曆。
·11月間 南洋公學發生風潮。支持學生並率特班生一同退出公學。與中國教育會同人創立愛國學社，接納退學生。任學社總理。為急籌辦學經費，赴南京籌款；至碼頭時，家人奔告長子病亡，含淚托人代理後事，忍痛登輪。後學社學生全體加入光複會。章太炎、吳稚暉等任教員帶領學生在張園舉行演說，倡言革命無所忌諱。
·是年冬 與蔣智由、黃宗仰等在上海創設愛國女學。初蔣為總理，不久蔡接任。
·是年 經張元濟推薦，被聘為商務印書館編譯所所長。
·是年 選編《文變》一書，由商務印書館出版。
1903年（清光緒二十九年）37歲
·4月 在蘇報發表《釋仇滿》一文，不讚同一些革命派偏執排滿之說。
·4月26日 中國教育會在上海開成立大會，被推為副會長和評議長。
·為響應留日學生拒俄行動，愛國學社組織義勇軍，進行軍事操練，蔡元培亦“剪發，服操衣，與諸生同練步伐”。
·6月初 因愛國學社與中國教育會為主屬問題發生分裂而辭去副會長和評議長職，決定不與聞學社事。
·6月 由日譯本譯出德國科培爾的《哲學要領》一書，由商務印書館出版。
·12月 與王小徐等組織對俄同誌會，並出版《俄事警聞》日報。
1904年（清光緒三十年）38歲
·2月17日 在《俄事警聞》上發表白話文小說《新年夢》，反映了愛國反帝和“造個新中國”的思想。
·2月26日《俄事警聞》改為《警鍾日報》。不久任該報主編。
·5月1日 中國教育會在上海開第三次會員大會，又被舉為會長。
·6月3日 女威廉在滬出生。
·7月 又任愛國女學校長。
·秋 由何海樵介紹參加軍國民教育會暗殺團。
·冬 在上海發起成立光複會，被舉為會長。為促進東南地區革命派的聯合起了重要作用。
1905年（清光緒三十一年）39歲
·3月《警鍾日報》因鼓吹革命，報紙被查封，職工遭捕。
·6月 中國教育會開會重新選舉，又被舉為會長。
·7月3日 鄒容病死獄中。為鄒籌辦後事，與中國教育會同人在愚園舉行追悼會。
·7月 辭去愛國女學校長職。
·10月27日 由黃興主盟加入同盟會，並由孫中山委派為上海分會會長。
1906年（清光緒三十二年）40歲
·7月3日 在鄒容墓前紀念塔落成典禮上致詞，聽眾深受感動。
·秋 清廷擬選派翰林院編檢出國留學，因合其誌願，遂赴京銷假等候派遣。事延宕，應聘為譯學館教習，講授國文及西洋史。
·譯日人井上園子所著《妖怪學講義總論》一書，由商務印書館出版。
1907年（清光緒三十三年）41歲
·1月 三子柏霖在紹興出生。
·6月 派遣留學事被擱置。經友人說項，新任駐德公使孫寶琦允由使館支銀助其半工半讀，遂成行。
·下半年 在柏林習德文、編譯書籍。並應聘為唐紹儀子侄之家庭教師，講授國文。
1908年（清光緒三十四年）42歲
·秋 遷居萊比錫，進萊比錫大學學習，曆經四年。先後聽馮德（Wilhelm Wundt）的心理學和哲學史，福愷爾（Vokelt）的哲學，蘭普來西（Lemprechs）的文明史，司馬羅（Schmalso）的美術史，符來（Woller）的民族學，以及文學史等。並進蘭普來西教授的文明史與世界史研究所研究，參加孔好古（August Conraty）教授的中國文史研究所練習班。從第三年起，“漸集中心力於美學方麵”，尤注意研讀康德原著。
1909年（清宣統元年）43歲
·10月 所譯德國泡爾生（F。Paulsen）《倫理學原理》一書，由商務印書館出版，假夫人黃世振之名，署名蔡振。
1910年（清宣統二年）44歲
·8月 專著《中國倫理學史》一書，由商務印書館出版。
1911年（清宣統三年）45歲
·上半年 編著《中學修身教科書》一書，由商務印書館出版。
·10月 獲悉武昌起義，“為之喜而不寐”。赴柏林與留德同學集款致電國內各省，敦促響應革命。
·12月初 響應辛亥革命，取道西伯利亞回國。
1912年（中華民國元年）46歲
·1月3日 中華民國臨時政府在南京成立，就任教育部部長。發表《對於教育方針之意見》一文，提出新教育的軍國民教育、實利教育、公民道德、世界觀和美育五項宗旨。
·2月18日 受孫中山委派，任迎接袁世凱來南京就總統職之專使。抵達北京後，袁製造兵變，脅迫南方允其在北京就職。
·3月29日 唐紹儀組成新內閣，被任為教育總長。對全國教育進行若幹民主性的改革。
·5月16日 出席北京大學開學典禮並發表演說，強調“大學為研究高尚學問之地”。
·7月14日 不滿袁世凱專權，與王寵惠、宋教仁等退出內閣，表示不任此“伴食”之閣員。
·9月 攜眷再度赴德。仍到萊比錫大學繼續學習。
1913年（民國二年）47歲
·春《世界觀與人生觀》一文在《民德》雜誌發表。
·6月初 因宋教仁被刺案發生，應孫中山之召回國抵上海。
·7月“二次革命”爆發後，在《民立報》連續發文章討袁，號召國民應“爭先恐後，讚同討袁”。同月與吳稚暉等在上海創辦《公論晚報》，鼓吹討袁。不久停刊。
·9月“二次革命”失敗後，離滬赴歐。居住法國巴黎附近，學習法語，從事譯著。
1915年（民國四年）49歲
·1月 所編《哲學大綱》交商務印書館出版。
·6月 與李石曾等在法國組織勤工儉學會，以“勤於工作，儉以求學，以進勞動者之智識”為宗旨。
·為第一次世界大戰期間在法華工工餘就讀的華工學校編寫講義一冊。
1916年（民國五年）50歲
·3月29日 與李石曾、吳玉章、汪精衛、吳稚暉及法國友人發起組織華法教育會，推舉蔡元培（華方）、歐樂（法方）為會長。
·8月15日《旅歐雜誌》（半月刊）在法國創刊，任主編。剖析袁世凱專製社會基礎的《對於送舊迎新二圖之感想》一文，在該刊第三期發表。
·10月2日 教育總長範源濂電請回國就任北京大學校長，是日與吳玉章一道由馬賽起程回國。
·12月11日 應邀在江蘇省教育會發表“中國教育界之恐慌及其救濟方法”演說。
·12月26日 由黎元洪簽署的北京大學校長委任令正式發表。
1917年（民國六年）51歲
·1月4日 到北京大學就職。
·1月9日 在全校大會發表就職演說。
·1月11日 呈報教育部要求聘請陳獨秀為文科學長。13日正式任命。
·1月27日 向國立高等學校校務討論會提出大學改革議案。
·5月6日 與黃炎培等發起組織中華職業教育社，本日在上海正式成立。
·7月2日 憤於張勳複辟醜劇發生，向總統致函辭去北大校長一職，離京到天津賃屋居住。複辟事平後，經挽留於23日返校複職。
·8月1日 在《新青年》發表《以美育代宗教說》、《北京大學改製之事實及理由》二文。
·本月初請魯迅為北大設計校徽圖案，後被正式采用，沿用到1949年。
·9月 所著《石頭記索隱》一書，由商務印書館出版。
·11月 聘請李大釗任北大圖書館主任。
·12月 創辦孔德學校，被推為校長。
1918年（民國七年）52歲
·1月19日 發起組織北大進德會，發表所撰《進德會旨趣書》。
·2月17日 在《北京大學日刊》連載校長啟事和布告，廣泛征集近代歌謠。
·2月22日 經其發起的北大畫法研究會正式成立。隨後為其撰寫《旨趣書》。
·4月15日《讀周春嶽君〈大學改製之商榷〉》一文發表。
·4月16日 在北大開辦校役夜班並在開學式上發表演說。
·8月3日 為胡適《中國古代哲學史大綱》一書寫序。
·9月22日 為北大學生李亦軒所著《中國幣製統一論》一書寫序。
·10月14日 發起組織的北大新聞研究會（後改為新聞學研究會）正式成立。在成立會上發表演說。
·10月20日 出席國民雜誌社成立大會並發表演說。
·11月1日《德國分科中學之說明》一文發表。
·11月15、16日 為慶祝第一次世界大戰結束，協約國勝利，在天安門舉行演說大會，先後作了“黑暗與光明的消長”、“勞工神聖”演說。
·11月19日 新潮雜誌社成立，得其批發的經費支持。為雜誌題寫刊名。
·12月10日 主持創辦《北京大學月刊》，並為撰寫發刊詞。
·12月15日 為《國民雜誌》撰序。
1919年（民國八年）53歲
·1月 發表《哲學與科學》一文，闡述哲學與科學之關係。
·2月12日 與汪大燮、林長民、熊希齡等發起在北京大學召開國際聯盟同誌會成立大會，北大教職員和學生千餘人參加。
·2月16日 與汪大燮、林長民、熊希齡等發起成立國民外交協會，任理事。
·2月19日 出席新聞學研究會改組大會並講話，毛澤東參加大會。
·2月23日 參加國民外交協會在中央公園舉行演說大會，在演說中呼籲反對出賣國家利益的秘密外交，要求國民起來謀求“自他兩利”之外交。
·2月《教育之對待的發展》一文發表。
·3月15日 在天津青年會發表“貧兒院與貧兒教育的關係”講演。
·3月21日 發表《複張繆子君函》，對張繆子詆毀北京大學名譽提出批評。31日布告開除張學籍。
·3月29日 在天津青年會發表“歐戰後之教育問題”講演。
·4月1日 發表《致〈公言報〉並答林琴南君函》，駁斥林對北大和新文化運動的指責。
·4月20日 出席北京《法政學報》創辦周年紀念會並講演。
·4月24日《科學之修養》一文發表。
·5月2日 約學生代表講述巴黎和會上中國外交失敗的情況，指出這是國家存亡的關鍵時刻，要奮起救國。
·5月3日 將獲悉的北京政府準備在喪權辱國的和約上簽字的消息告知學生。
·5月4日 五四愛國運動爆發。當晚出席北大學生為營救被捕同學召開的全體大會，表示對釋放被捕學生可負完全責任。隨後為營救學生努力奔走。7日被捕學生獲釋。
·5月8日 北京政府決定撤換北京大學校長，致函徐世昌政府辭去北京大學校長職務。
·5月9日 清晨悄然離京去天津，留下啟事一則。
·5月10日 致函北大學生，表達同情和支持學生愛國運動的心跡。同日離津南下上海、杭州等地。拒絕各方挽留。
·5月13日《晨報》發表《蔡校長去職之真因》的報道，披露蔡元培10日在天津車站同友人的談話。
·5月20日 電複北京政府，表示“政府果曲諒學生愛國愚誠，寬其既往，元培何敢不勉強維持，共圖補救。”
·7月9日“五四運動”具體目標達成後，經校內外各方催促，致電全國學生聯合會、北京大學學生幹事部等，表示放棄辭職，希望學生致力於學業。