1943年3月5日，周恩來領導的重慶《新華日報》發表了一篇題為《懷念蔡孑民先生》的社論，曾生動地描述了這一時期北京大學生機勃興的情景和蔡元培的卓越貢獻：
北大是中國革命運動史上、中國新文化運動史上，無法抹去的一個名詞。然而，北大之使人懷念，是和蔡孑民先生的使人懷念分不開的。蔡先生的主辦北大，其作風、其成就，確是叫人不容易忘懷，確是對於中國的革命事業有很大的貢獻的。他的所以使人景仰不衰，同時也就是他的所以辦學有成就，一由於他的民主作風，二由於他對青年的熱誠愛護。他的民主作風，重要的在於他對各種學術，各種思想的兼收並蓄，也在於他確能使學有專長的學者，辦事有創造性的幹部，在他領導之下，發揮其才能，施展其抱負。他創造了各種會議製度，如校務會議，教務會議，教授會議等等，凡事都讓大家有機會盡量發表意見，提出辦法。他對各院各係的負責人以及各教授，以學問及才幹為主，不問其他；一經聘定，就信任他，把事情全部交給他，不去多加幹涉。因此，那時的教授和職員，都一心一意做事教書，竭忠盡智的要把事情做好，書教好，做出成績來。沙灘文科大樓的第一院、馬神廟公主府的第二院和騎河樓譯學館的第三院，辦得各有特色，自成一格。踏進公主府，既富麗，又清幽，使人心曠神怡。跑到文科大樓（按即沙灘紅樓），左一間政治學會研究室，右一間“新潮社”辦公室，樓底下在趕印教授、學生們所辦的各種定期刊物，樓上麵是分門別類的各種圖書閱覽室，門房內則堆滿著各種各樣代售的雜誌，使人應接不暇。譯學館裏呢？那個頂大頂大的大禮堂上，不是今天有什麼學術演講，名人演說，就是明天有什麼學生大會，紀念大會，使人興奮，使人振發。蔡先生長校時的北大師生，真有如鳶飛戾天，魚躍於淵，既活潑又愉快。這種氣象，這種生活，那得不令人懷念無已。蔡先生長北大時，對青年是充分表現了他“愛之能勿勞，忠焉能勿悔”的情懷。……被蔡先生這種民主作風和愛護青年的精神所籠罩著的北大，不僅成為中國新文化的發祥地，同時也成了中國革命優秀幹部的培養所。這就是北大永遠不能使人忘懷的原因。我們懷念北大，我們更懷念蔡先生。
蔡元培在北大的革新，從基本的方麵說，是順應了時代發展的需要，並在很大程度上反映了發展教育的客觀要求，因而能夠取得如此巨大的成就。他在北大的教育實踐中所體現出的大學教育思想，應該說在許多方麵是反映了發展教育的客觀規律。如他提出的兼容並包，思想和學術自由；重視教師質量，強調選擇教員要以“積學與熱心教育”為主，同時又充分尊重和發揮教師的主導作用，貫徹民主辦學的原則；吸收外國文化要重在創新，主張要融合中西文化並進行中西文化比較，反對盲目崇拜外國，反對單純模仿；主張以德育為中堅的體、智、德、美諸育並重，培養學生具有“健全的人格”；強調學生必須具備比較全麵、寬厚的基礎知識，主張溝通大學文理兩科，學生要相互兼習，擴大知識麵；教育要以學生為主體，發揮他們的主動性和積極性；學生要以學業為主，並提倡服務社會，擔負指導平民的責任；鼓勵學生自由研究，開展豐富多彩的課外活動等一係列主張，是具有一定的普遍意義的，在今天也仍然是值得我們借鑒的。毫無疑問，蔡元培在北京大學的革新工作，其意義已超出了一個學校的範圍，為我國確立了近代意義上的大學，並對後世產生深遠的影響。
再次，蔡元培關於教育的許多論著，涉及麵廣，有思想深度，在很大程度上反映了發展教育的客觀規律，是留給後世的寶貴的教育思想財富。
應當指出，蔡元培作為近代中國一位傑出的教育家，他的教育思想是源於他的豐富的教育實踐，在很大程度上反映了發展新式教育的客觀規律，對於我們今天仍然有著重要的借鑒和啟迪的意義。比如，他把具有“健全的人格”作為人才培養的目標，主張以德育為中堅的體、智、德、美四育並重的教育思想；主張：“第一要改革的是學生的觀念”，培育學生具有服務社會、造福人群的世界觀；主張尚自然、展個性的教育思想，重在培養學生獨立思考和創造的能力；主張要敢於吸收世界先進文化，又要勿忘我性，重在消化和創新；倡導教育的平民主義取向，主張人人都有學習的權利和機會；主張要從國家實際出發，大力發展職業教育，職業教育的內容要從小學開始，分流培養，重在培養學生技能知識和動手能力；提出“小學生讀經是有害的，中學生讀整部的經也是有害的”；大力倡導美感教育，提出以美育代宗教的進步主張；構建以學術為導向的“第二課堂”教育思想，等等。這些教育思想不但在蔡元培的教育實踐中發揮了重要的進步作用，而且在今天新的曆史條件下仍然有重要的借鑒價值，是值得我們珍惜的一份寶貴的教育思想遺產。
對待曆史人物及其思想和事業，重要的是要取曆史分析的態度。對待蔡元培的教育思想，同樣也要取曆史分析的態度。拿他在北大革新時提出的著名的“兼容並包”辦學思想來說，這在當時確是一個具有指導作用的辦學方針，同時也是他的大學教育思想的一個重要體現。在當時曆史條件下，這一方針在扶植新文化新思想方麵所起的進步作用，是顯而易見的；同時，就發展新教育和繁榮學術所需要的環境和條件來說，它又確實適應了發展文化教育的客觀要求，有利於人才培養和學術進步，因而在一定意義上是符合文化教育發展客觀規律要求的。我們對於蔡元培“兼容並包”的辦學思想，不僅要肯定它在曆史上所起的進步作用，而且還要研究在它特定的內涵中所蘊含的對發展文化教育具有普遍意義的東西，在這一方麵，對我們則更具有借鑒的作用，反映了思想的繼承性。
具體地舉例說，諸如：第一，這一辦學思想反映了對學術與政治關係的正確處理。這是發展學術常常遇到的問題。由於我國長期受封建思想的影響，這個問題更加突出。蔡元培並不否認學術與政治的密切關係，而且是堅持學術與教育活動必須為民主共和政治，為振興國家服務，這是發展學術和教育的大前提。同時在學術研究領域，他又對學術和政治作了嚴格區分，主要表現為：一是不以人廢言；二是反對用政治幹涉學術，反對封建文化專製思想，允許學術研究的自由。這種對學術與政治二者關係的正確處理，既體現了蔡元培辦學思想的反封建性，又反映了發展學術的客觀要求。第二，這一辦學思想所體現的學術自由和思想自由的原則，反映了發展學術、教育的特殊矛盾和特殊規律。就學術研究而言，它實際上是探求真理的一個過程，而真理是具有相對性的。人們對客觀事物的認識往往有這樣的情形：今天被認為正確的事物，隨著新材料的發現或認識的深化而成為謬誤，反之亦然。因而學術研究有它自身的特殊性，不能用一種簡單的、絕對的標準加以限製和判斷。蔡元培曾說：“我素信學術上的派別，是相對的，不是絕對的。”應該允許他們並存，自由討論。他認為，我國先秦時代思想界所以出現百家爭鳴這種“空前絕後之偉觀”，是因為“種種學說並興”、“相競相攻”，到漢武帝采董仲舒獨尊儒家之主張，遂使“諸家之說熸矣”。他極力反對這種“於相對世界，持絕對主義”的思想方法，反對封建性政治和文化專製對學術思想的束縛。這些認識應該說是比較正確地反映了學術發展的客觀要求，而他的思想自由、學術民主的原則正是在這種認識的基礎上提出來的。第三，這種辦學思想體現了發展學術、教育所必不可少的民主領導作風。這方麵的重要性是顯而易見的，這裏不再贅述。上舉數端，說明蔡元培辦學思想的某些重要方麵，在今天仍具有現實的意義，是值得我們借鑒的。