蔡元培的教育思想包括了學校教育、社會教育、家庭教育等各個領域，而其中對兒童教育亦甚為關心，多有涉及。他從培育人才和國家的前途出發，認為“將來的世界，完全靠兒童們長大以後的活動”。1939年他在專門為兒童寫的《兒童節歌》中也表達了這樣殷切的期望：“好兒童，好兒童，未來世界在掌中。若非今日勤準備，將來落伍憾無窮。”特別是當時正處在抗日戰爭時期，他特別叮囑：“好兒童，好兒童，而今國難正重重。後方多進一分力，前方將士早成功。”真摯地表達了對兒童的希望。蔡元培關於兒童教育的論述，是值得我們認真研究和借鑒的。
一、以兒童為本位的兒童教育思想
在中國傳統的兒童教育中，兒童是完全處在被動的地位，往往是采取強製性的目的教育，施行單純灌輸、強迫就範、形體處罰的辦法，全不顧兒童自身的性格、興趣和願望。這完全是摧殘兒童身心、摧殘人才幼苗的專製主義的教育方法。蔡元培則反其道而行之，強調兒童教育的民主性，主張“尚自然、展個性”的教育原則。
蔡元培的“尚自然、展個性”的教育思想，是同他對封建的舊教育的批判相聯係的。他認為，中國舊教育的一大弊端，是由家長和教者預設一個目標，強製兒童接受。他說：
吾國之舊教育以養成科名仕宦之才為目的。科名士宦，必經考試，考試必有詩文，欲作詩文，必不可不識古字，讀古書，記古代瑣事。於是先之以《千字文》、《神童詩》、《龍文鞭影》、《幼學須知》等書；進之以《四書》、《五經》；又次則學為八股文，五言八韻詩；其他若自然現象，社會狀況，雖為兒童所亟欲了解者，均不得闌入教科，以其與應試無關也。是教育預定一目的，而強受教者以就之；故不問其性質之動靜，資稟之銳鈍，而教之隻有一法，能者獎之，不能者罰之，如吾人之處置無機物然，石之凸者平之，鐵之脆者煆之；如花匠編鬆柏為鶴鹿焉；如技者教狗馬如舞蹈焉；如凶漢之割折幼童，而使為奇形怪狀焉。追想反之，令人不寒而栗。
把受教者當成了可以任意處置的物件，教育也就成了機械運動。這是對摧殘兒童的舊教育的控訴。這種強製性灌輸，是一種棍棒教育，隻要求盲從，不允許獨立思考；隻會背誦，不重理解；隻會機械地重複所學的東西，而失去生動活潑的創造力。這不但使兒童失去學習的興趣，而且造成了師生之間的對立情緒。他說：“童子之在塾也，非有愛於其課，則窳惰而不中程宜也，為師者不求其故，不言其所以，而夏楚以迫之，忿詈以禁之，有問則對之以模棱之詞，發難則科之以不敬之罰。彼其師弟之間，非有固結不可解之愛情，屈意就範，壓於勢力耳。”“夫以愛情之薄，而壓力之嚴，受之者既有苦而無樂，則亦有怨而無懷。入塾則視日早晚，逃學或不惜饑寒。至乃街市閑行，儕輩笑語，一逢師至，匿跡銷聲，視學塾如囹圄，見先生如獄吏，豈弟子之無良哉，為師者固迫之為仇耳。”
蔡元培深刻指出，這種舊教育是違反自然、束縛個性自由發展的教育方法，是殘酷的、令人生畏的教育方法。這樣做，不但無益於兒童成長，而且對家庭、對國家也是有害的。他說：“童子就傅以後，接父母兄姐之時少，而日與其仇耳相對，務剝削其親和眷戀之良，而養成夫乖戾忮忌之性。夫是以在家而戾於家，在國而戾於國。”
蔡元培作為舊教育的叛逆者，對這種教育有過切身感受，同時他又有旅歐經曆，對西方教育有比較深入的了解。他在1912年全國臨時教育會議開會詞中，就比較了新舊教育的不同點，他說：“君主時代之教育方針，不以受教育者本體上著想，用一個人主義或用一部分人主義，利用一種方法，驅使受教育者遷就他之主義。民國教育方針，應從受教育者本體上著想，有如何能力，方能盡如何責任；受如何教育，始能具如何能力。”他以完全讚同的口吻引用瑞士教育家沛斯泰洛齊（今譯斐斯泰洛齊）的話：“昔之教育，使兒童受教於成人；今之教育，乃使成人受教於兒童”來支持自己的上述觀點。這種“從受教育者本體上著想”，體現了蔡元培“尚自然、展個性”的教育思想。這就是要把過去以成人為本位轉變為以兒童為本位，以兒童為主體，從他們的心理特點出發，來決定其教育方法。這是兒童教育觀念和教育方法的根本轉變。所以，蔡元培主張兒童教育要適合兒童心理和生理發展的特點，從教育的主體出發，要“尚自然、展個性”。他形象地比喻這種新教育方法就像農學對待植物，“幹則灌溉之，弱則支持之，畏寒則置之溫室，需食則資以肥料，好光則覆以有色之玻璃”。這樣，以科學的方法來愛護、關心和培育，使兒童的個性得到發展，並使個性和群性有機地統一起來。
蔡元培的“尚自然、展個性”的教育思想，並非放任，也不是否認教育的目的性。他強調兒童教育的目的，是要通過體、智、德、美全麵和諧發展，培養兒童具有健全的人格，成為未來健全的公民。他認為，中國傳統的兒童教育偏於德育和智育，忽視體育和美育，而德、智教育也不符合科學，違反兒童內在的要求。在蔡元培看來，健康的精神寓於健康的身體之中，在諸育中首先是體育。體育的目的是強壯兒童的身體，振作兒童的精神，而不在於比賽爭勝；智育重在啟發兒童的心智，不搞注入式，通過啟發式教學法引發兒童讀書的興趣，要因材施教，要生動活潑地結合實際，啟發兒童的自動精神；德育要重在實行，使兒童養成博愛心、正義感，使善行成為自然的習慣；美育在兒童教育中占有重要的位置，要善於引導兒童去欣賞美、表現美、創造美，啟發兒童對美育的興趣。蔡元培強調四育同樣重要，不可偏廢，這樣才能使兒童有健全的人格。
蔡元培強調要養成兒童健全的人格，必須使個性與群性和諧的發展，認為個性與群性雖然相反但是相成，兩者必須同時進行，才有利於兒童全麵成長，也才有利於社會和國家的需要。他對那種否認群性的無政府主義和否認個性的極端集體主義持否定態度，主張個性和群性應當和諧、協調地發展，這是培養健全的人格所不可缺少的。他認為這才是新教育的方針和標準。蔡元培的這些思想，對於今天仍然受到應試教育的嚴重束縛的我們，是很有現實的啟迪意義。
二、兒童教育思想的主要內容
蔡元培的兒童教育思想是十分豐富的，雖然這些思想是散見在他的一些文章和講演中，但他從培養目標到教學方法，從胎教到普通教育，從家庭教育到社會設施，都多有涉及，並貫徹德、智、體、美諸育，有許多很好的見解。就其主要方麵，分別作一說明。
1.關於胎教和幼兒教育
蔡元培強調教育的徹底性。他說：“我們要作徹底的教育，就要著眼最早的一步。雖不能溢出範圍，推到優生學；但至少也要從胎教起點。我從不信家庭教育有完美教育的可能性，照我的理想，要從公立的胎教院與育嬰院著手。”這表明，他是十分重視胎教和幼兒教育的。
蔡元培認為，中國古代就重視胎教，有胎教之製。他說：“漢儒劉向（西曆前一世紀人）於所作《列女傳》中，言之曰：古者，婦人妊子，寢不側，坐不邊，立不蹕，食不邪味，割不正不食，席不正不坐，目不視邪色，耳不聽淫聲，夜則令瞽誦詩，道正事。如此，則生子形容端正，才必過人矣。又言：周文王之母大任（西曆前十三世紀）有娠，目不識惡色，耳不聽淫聲，口不出惡言，能以胎教。”他認為，胎兒是否有靈性，是一個有待研究的問題，“然孕婦之疾病、羸弱與夫非常之激動，不能不影響於胎兒，為生理上所可信；體魄與心靈有密切之關係，又為近世所公認者；然則胎教之說，當亦不無假定之價值也。”