在這些講演中，對於這場戰爭的原因和性質，李大釗給予了透徹的分析，旗幟鮮明地指出：“我們慶祝，不是為那一國或那一國的一部分人慶祝，是為全世界的庶民慶祝。”他熱情地歌頌了十月革命開創的“新紀元”。但當時多數講演者還是受了美英帝國主義宣傳的影響，誤認為英、美、法等協約國是主持“公理”、“正義”的，把協約國擊敗德國，看作“公理”戰勝了“強權”。他們幻想依靠英、美、法帝國主義，實現戰後的持久和平。蔡元培也不例外。他在“黑暗與光明的消長”的講演中認為：“協約國占了勝利，定要把國際間一切不平等的黑暗的主義都消滅了，別用光明主義來代他。”這反映了他對帝國主義還存在不切實際的幻想。
但是，新的世界革命潮流的影響是深刻的。蔡元培在16日的講演大會上，發表了熱情洋溢的“勞工神聖”的演說。他說：“我說的勞工，不但是金工、木工等等，凡用自己的勞力作成有益他人的事業，不管他用的是體力、是腦力，都是勞工。所以農是種植的工，商是轉運的工，學校職員、著述家、發明家，是教育的工，我們都是勞工。我們要自己認識勞工的價值。勞工神聖！”他滿懷激情地預言：“此後的世界，全是勞工的世界啊！”他鄙夷、憎惡那些不勞而食、禍國殃民的寄生蟲，告訴人們：“我們不要羨慕那憑藉遺產的紈絝兒！不要羨慕那賣國營私的官吏！不要羨慕那克扣軍餉的軍官！不要羨慕那操縱票價的商人！不要羨慕那領幹修的顧問谘議！不要羨慕那出售選舉票的議員！他們雖然奢侈點，但是良心上不及我們的平安多了。我們要認清我們的價值。勞工神聖！”誠然，蔡元培在這裏所說的“勞工”並不是一個嚴格意義的科學概念，是泛指各種體力和腦力勞動者，並不是專指工人階級。但這個口號的提出，反映了在新的曆史條件下，一般知識分子對工人階級力量的新認識。所以，“勞工神聖”口號一經蔡元培喊出後，很快就在北大和整個知識界流傳開來，成為青年學生和許多報刊的時髦用語。正如後來有人指出的，蔡元培的一篇演說，“居然把‘勞工神聖’底標語，深印在覺悟者的腦筋中”，這是因為他“將眾人腦筋裏深深地藏著的‘勞工神聖’，一聲叫破了出來，於是眾人都被他喊著，就回答一聲‘勞工神聖’”。
這裏應當指出，這時蔡元培所指的勞工雖然還不是一個確切的科學概念，但他的凡“出勞力以造成有益社會之事物，無論所出為體力，為腦力，皆所謂之勞工”的看法，卻的確很有見地。還在1917年7月，他曾草擬過一份《教育工會宣言書》，在這份宣言中，就認為中國傳統中的“士”是多歧義的，“如舊學以居位曰士，或曰以才智用者謂之士，皆以士者為仕之預備也者”。他認為這些“凡自命為士者，悉借以為弋取功名之具。其有益與人與否，非所聞也。若是者，不特無關於教育，而亦不得謂之工”。他甚至認為像孔、孟這樣從事教育的人，雖可稱為教育家，但因其本意在得位行道，“以政治家自見，既不見用，不得已而言教者，猶且自居於賓師之位，以大人之學自命，而鄙農圃為小人”，認為這也不能稱之為工。隻有“吾儕所謂教育，則即認為專門工業之一種，習之有素，持之有恒，量所任之職務以取其所需，與其他之工業同例。故吾儕不謂之士，而謂之教育工”。蔡元培感於工業發達國家各專業有工會，以為互助；一國有總工會，“以抗資本家若政治家之壓製，而申其自由權”；且有國際總工會，“以為人道主義之保障，而漸達於理想之世界”。因而他發起組織教育工會，希望通過它的發展，“以促各工會之成立，以集合為總工會，而參加於國際工會。”由此可見，他對國際工人運動是有一定的了解的，對組織工會意義的認識，也很具時代性。從思想淵源看，他在這時喊出“勞工神聖”口號，要人們“認識勞工的價值”，也不是偶然的。
雖然蔡元培這時提出的“勞工神聖”還僅是一個抽象的口號，但它卻在客觀上有利於知識分子與工人群眾的結合；而他本人也在“平民教育”的主張下，讚助青年學生走出校門去為勞苦大眾服務。1919年3月，北大學生鄧中夏發起組織平民教育講演團，開始接近工農群眾。平民教育講演團開始時的成員雖還比較複雜，講演的內容也沒有超出民主主義的範圍，但後來很快接受馬克思主義思想的影響。1920年冬，由北大學生會和北大平民教育講演團捐款，在長辛店創辦勞動補習學校。1921年元旦，學校正式開學。鄧中夏每周來講課兩次，幾位北大學生被派作學校的常駐教員。他們一麵教學，一麵從事工人運動。這些都顯示了北大進步學生與工人相結合的趨向。
五四以後，在馬克思主義深入傳播的同時，各種改造社會的方案也應運而生。當時，在青年知識分子中間，“勞工神聖”的聲浪日益高漲，特別是六三運動以來中國工人階級的戰鬥表現，使他們重視勞動問題，甚至產生了化為工人一分子的念頭。“勞工神聖！勞工神聖！與勞工為伍！與勞工為伍！這種聲浪在雜誌界和報章上也鬧得夠高了，一般講新文化的青年，都免不掉要講幾聲。”這反映了五四時期一代青年的追求。這種情形，自然地使他們對資本主義道路產生了懷疑，開始持批判和否定的態度，並轉而向往社會主義。但當時思想界正呈現百家紛紜、競相爭長的局麵，除了科學社會主義學說外，無政府主義、空想社會主義、新村主義、泛愛主義、工讀主義、合作主義等等，也都被當作“社會主義”而加以接受。這些思潮在北大校內都曾一度流行過。在這種思潮影響下，1919年12月，少年中國學會主要負責人王光祈發起組織“工讀互助團”，提倡“城市中的新生活”。它一發起，便收到“數十位同誌來信願從事此種生活”，蔡元培、李大釗、陳獨秀、胡適等也都表示支持，並同他們一起，作為發起人聯名募捐。是年冬，工讀互助團就成立了三個組（後又增為四組），主要成員是北大的學生和旁聽生，一些組也環繞在沙灘北大學生住宿區附近。其宗旨是“本互助的精神，實行半工半讀”。而主要倡議者的目的則“不是救濟苦學生，是在創造新社會”。即要通過這種小團體實現大聯合，達到改造中國和世界的目的。工讀互助團的主要工作為辦素菜食堂、製作工藝、洗衣和放映電影等，其手工產品如毛巾、襪子等都以“工讀”的商標出售。規定團員每日作工四小時，工作所得歸團體所有，團員生活、教育費、醫藥費、書籍費由團體供給，書籍歸團體公有。王光祈把這種新生活稱為“新社會的胎兒，是實行我們理想的第一步”。認為：“若是工讀互助團果然成功，逐漸推廣，我們‘各盡所能，各取所需’的理想漸漸實現，那麼，這次‘工讀互助團’的運動，便可以叫做‘平和的經濟革命’。”編織了一個美妙的“新社會”的幻景。
蔡元培對工讀互助團的出現是十分欣喜並熱心支持的。1920年1月1日，他發表了《國外勤工儉學會與國內工學互助團》一文，加以介紹；1月15日，又應邀在少年中國學會作了題為“工學互助團的大希望”的講演。他認為工學互助團（蔡提議改“讀”字為“學”字，故稱工學互助團）有四個優點：（1）所作都是小工，可以自由支配，不必仰仗工廠；（2）每人每日作工四小時，有許多時間可以求學；（3）設在學校附近，可以到校聽講，不能到校的，專請教員來講；（4）收入的、消費的，都由團體支配，各人於工作求學外，不必分心。全憑自己的力量，用極少經費，極簡單的方法，可以盡作工的責任，達求學的誌願，實行互助的主義。他呼籲：全國的苦學生，都在各地方組織起來；全國作工的人，也能用這種方法達到工餘求學的目的；全國有力量的人，都來助成學生、工人組織這種團體。他同樣也對工讀互助運動寄予了很大希望，他說：“工學互助團是從小團體腳踏實地的做起。要是這種小團體一處一處的布滿了，青年求學的問題便可解決。要是感動了全國各團體都照這樣做起來，全中國的最重大問題也可解決。要是與世界各團體聯合起來，統統一致了，那就世界最重大問題也統統解決了，這豈不是最大的希望麼？”自然，美好的願望是不能代替現實的，這種帶有空想社會主義色彩的願望是不可能實現的。蔡元培的這個希望同樣是不切實際的，應該說，這也反映了他思想局限性的一麵。
北京工讀互助團的建立，在全國各地引起了廣泛反響，天津、南京、上海、武漢、廣州等地群起仿效。毛澤東第二次到北京時，參觀了女子工讀團，“覺得很有趣味！”但他對這種組織的前景表示了擔心：“將來的成績怎樣？還要看他們的能力和道德力如何，也許終歸失敗（男子組大概可說已經失敗了）。”事實上，在當時的社會條件下，這種新式空想的“世外桃源”是根本無法實現的。工讀互助團實行了幾個月，便因經營不善難以維持和團員間的思想分歧而迅速解體了。這件事，反映了北大等青年學生為探索改造中國之路所作的可貴的努力，是值得稱頌的；但從社會發展的進程來看，這種中國式的空想社會主義的迅速破產，卻為確立科學社會主義在中國的地位開辟了道路。
1920年五一勞動節，在蔡元培的支持下，北京大學第一次舉行了紀念活動。這一天，由李大釗親自主持在第二院召開了五一紀念會，參加的有校役夜班工友和學生500多人。會上散發了傳單，闡述為什麼要紀念五一節。傳單寫道：“希望諸位常常紀念五一節，把全世界人人紀念的五一節當作我們一盞引路的明燈。我們本著勞工神聖的信條，跟著這個明燈走向光明的地方去。”同時，北大何孟雄等八個工讀互助團的團員，在北京城內第一次發起了紀念國際勞動節的示威遊行。他們出動了兩輛汽車，車上插著書有“勞工神聖”、“資本家的末日”等字樣的紅旗，沿街散發了幾千張《北京勞工宣言》。宣言寫道：“今天是世界勞動者爭得八小時的紀念日，我們應該快快起來休業一天，大大慶祝一下才是。從今以後，有工大家做、有飯大家吃，所有不做工的官僚、政客、軍人、道士、和尚、盜賊、娼妓、流氓、乞丐都要驅逐淨盡。吾們要把田園工廠以及一切生產機關收回，自己管理，不要被一般不做工的剝奪了去！”結果何孟雄等八人被警察拘捕。在這次紀念活動中，《北京大學學生周刊》出版了《紀念勞動節專號》，刊登有高尚德的《“五月一日”與今後的世界》等文章，還有“勞工神聖”、“勞動者的勝利”、“資本家的末路”等四幅漫畫插圖。《新青年》第7卷第6號也出版了《勞動節紀念號》，發表了李大釗的《五一運動史》、陳獨秀的《勞動者底覺悟》等文章，該號扉頁還刊載了蔡元培題寫的“勞工神聖”四個大字。平民教育講演團也分五組到街頭講演五一勞動節的曆史和意義，講題有“勞動紀念日與中國勞動界”、“我們為什麼紀念勞動呢？”等等。這次活動，成為我國第一次大規模紀念五一國際勞動節的一個重要組成部分。
1922年，北京大學開始規定五一勞動節放假，蔡元培以校長名義發出布告：“本日為精神勞動紀念日，經校務討論會議決，放假一日。”按1918年北大節日放假規定，節日包括雙十節、孔子誕辰、校慶，以及春夏秋冬四節日（即陰曆元旦、端午、中秋、冬至），現在把國際勞動節列入學校節日，這反映了時代潮流的變化。北大作為中國的最高學府，公開紀念勞動節，對社會是有影響的。
應該指出，這一時期蔡元培倡言“勞工神聖”，讚同“工學互助”，是和他對社會主義理想取同情的態度分不開的。蔡元培的政治思想，固然是革命民主主義思想占主導地位，但同時也受無政府主義的社會理想、克魯泡特金的互助論、托爾斯泰的泛勞動主義、空想社會主義等的影響。他熱心提倡工學主義，就是希望通過工學的形式，實現互助的理想，達到沒有階級差別，沒有貧富懸殊，人人勞動、平等的“幸福世界”。他曾說：“我們理想的世界，就是全世界的人都能合於‘各盡所能，各取所需’的公則。盡所能，便是工；不管他是勞力，是勞心，凡是有益於人類的生存，文化的進步，都是。所需有兩種：一是體魄上的需要，如衣、食、住等是；一是精神上的需要，如學術是。現在有一部分的人，完全不作工；有一部分的人，作了不正當的工。所以，正當的工人不能不特別勞苦，延長他工作時間。而且，除了正當的工人以外，都是靠著特殊的勢力，把人類所需的逾時攫取，逾量的消耗。所以，正當的工人，所取所需，常恐不足，就是體魄上的需要勉強得到了，精神上的需要，或者一點都沒有。這不是文化的大障礙麼？”他認為，除去這個障礙的方法，就是“實行工學並進的生活”，進而推廣開去，就能達到“各盡所能，各取所需”的彼岸。當然，這隻是一個空想，一個無法實現的善良願望。但是，蔡元培的這種思想傾向，卻使他同情社會主義理想，同情勞工生活和勞工運動。
1920年9月《新青年》第八卷第一號上，發表了蔡元培的《克卡樸氏社會主義史》一文（為李季所譯克卡樸的《社會主義史》寫的序文）。這篇序文雖然把社會主義學說和我國古代的大同理想等同起來，但它對社會主義學說在我國的傳播作了介紹，特別指出：“俄國多數派政府成立以後，介紹馬克思學說的人多起來了，在日刊、月刊中，常常看見這一類的題目。但是切切實實把歐洲社會主義發起以來，一切經過的情形，敘述出來的還沒有。我友李君懋猷取英國辟司所增訂的克卡樸《社會主義史》，用白話譯出，可以算是最適當的書了。”
同樣，蔡元培對勞工的疾苦和勞工運動也寄予了深切的同情。1922年1月，我國工人運動的先驅者黃愛、龐人銓，遭到湖南軍閥趙恒惕的殺害。蔡元培以憤慨的心情為《黃龐流血記》一書寫了序文，熱烈稱讚他們實行“到民間去”的格言和為勞動運動而犧牲的精神，“是我們最好的模範”。他沉痛表示：“現在兩先生竟為勞動運動死了，在兩先生自然死而無憾。我們後死的人，就有兩種最直接的責任：一是完成兩先生還沒有做成的事業，一是替兩先生複仇。第一責任，是在勞工會裏麵，大大的盡力，叫每個勞工都有兩先生的精神，使他們殺人的知道拔去一二個眼中釘，反加增了無數，那就不敢嚐試了。第二責任，要認定‘冤有頭，債有主’的條件，這一回的事變，直接加害的是趙恒惕，即就應該把趙恒惕來償命。”
蔡元培的上述思想傾向，使他對社會主義的蘇聯抱同情友好的態度。1922年8月，他與李大釗、胡適等北大教授宴請來京的蘇俄特使越飛。他致詞說：“俄國革命事業，為吾人之前驅”，“相信由此以後，世界上必發生極大之變化”。表示“願以中國居於俄國革命的弟子之列”。這一年北京大學舉行二十五周年校慶慶典時，專門邀請蘇俄代表越飛參加，越飛因故未能出席，特意派代表參加並代致祝詞。12月23日，蔡元培在致越飛的信說：“本校成立第二十五年紀念日，承貴代表派員蒞會，並致祝辭，傾聞之下，曷勝欽感。本校同人甚望中俄人民日益親善，並願竭盡心力，以企圖學術上之建樹，為自由真理而奮進，以副貴代表備極獎掖之希望。”表達了對蘇聯的友好之情。同樣，蘇聯對這一時期的北京大學也給予了很高的評價。1923年12月，蘇聯全權代表加拉罕在致北大祝賀校慶的專函中說：“國立北京大學不僅是一個高等學校的中心，也是一個使中國青年得到民族的和政治的教育的學校。這裏，在國立北京大學的圍牆之內，幾千的中國青年男女教養起來愛他們的國土和為民族自由而戰。並且中國的幾千個高潔的心都因為中國現在的情境感到深切的痛苦而在這裏跳躍，熱誠的來探索一個方法——永久的準備著把他們的力量和生命獻出來為人們謀一個較好的將來。”
綜上所述，蔡元培在五四時期發出“勞工神聖”的喊聲，從其自身的思想傾向看，也不是偶然的。以蔡元培的威望和地位，他對社會主義和勞動運動的同情態度，自然也有助於社會主義學說在北大、在社會上的傳播。這裏還要指出，蔡元培的這種進步的思想傾向，對他的大學革新事業和大學教育思想也產生了積極的影響。
3.林蔡之爭
蔡元培進步的思想傾向也表現在對實際運動的支持上。五四前夕，新文化運動的深入發展、十月革命影響的擴大和馬克思列寧主義的傳入，引起了反動軍閥和封建複古勢力的極端恐懼。於是，他們對新文化運動發動了瘋狂的反撲，大肆誣蔑新文化運動是“洪水猛獸”、“異端那說”，對新文化新思想的傳播者則極盡謾罵攻擊之能事。而作為新文化運動中心的北京大學，也就成了他們集中攻擊的一個目標。發生在1919年3月間的“林蔡鬥爭事件”，就是這場新舊思潮大激戰的一個突出表現。
這時，對北京大學的謠言、謾罵和攻擊接踵而至。北京安福係的《公言報》、上海研究係的《時事新報》以及《新申報》等報刊，連篇累牘地登載攻擊北大、詆毀蔡元培和新派教授的文字。社會上的遺老遺少也群起助陣，北大的任何微小改革和進步，都遭到他們激烈的反對。他們破口謾罵新思想和提倡新思想的新人物，甚至連北大提倡白話文，也誣蔑為是把《金瓶梅》當教科書了；開設元曲新課，也胡說成在教室裏唱起戲文來了。當時有位學生記敘了這樣一件事：
前些時我往保定省兄，在那裏遇見了一位老者，聽說是前清的進士，他突然向我發問道：“貴校新成立了歌謠研究會，是真的嗎？”我說：“是真的。”他便向另一位老者冷笑道：“可惜蔡孑民也是翰林院出身，如今真領著一般年青人胡鬧起來了，放著先王的大經大法不講，竟把那孩子們胡噴出來的什麼‘風來啦，雨來啦，王八背著鼓來啦……’一類的東西，在國立大學中專門研究起來了”。說罷又哈哈冷笑一陣。
當然，這還隻是表達了一種守舊的心態。但這時複古派攻擊的鋒芒，還主要是針對北大新派教授及其重要陣地《新青年》，把《新青年》視為“邪說怪物，離經叛道的異端，非聖無法的叛逆”，於是，“大驚小怪，八麵非難”。當時對北大和新文化運動的種種責難，正如魯迅所形容的：“單是提倡新式標點，就會有一大群人‘若喪考妣’，恨不得‘食肉寢皮’的”。
當時軍閥政府也磨刀霍霍，企圖用查禁進步書刊、驅逐新派人物等辦法，來壓製新文化運動的發展。如安福係參議員張元奇攻擊《新青年》、《新潮》等刊物“實為綱常名教之罪人”，要求教育總長傅增湘幹涉北大的新潮運動，並聲言否則參議院將提出彈劾案，企圖脅迫蔡元培去職。不久，張元奇在國會提出彈劾教育總長案，並彈劾北大校長蔡元培，尤集矢於文科學長陳獨秀。他的彈劾案隻有少數人附和，沒有通過。但軍閥政府大總統徐世昌曾為此召見過蔡元培。這時輿論界也不斷傳出政府要查禁“過激主義”、幹涉北京大學的消息，一時間，大有“黑雲壓城”之勢。
在這場新舊思潮的大激戰中，帶頭對新文化運動，對北京大學發動進攻的，是桐城派古文家、封建文化的衛道士林紓。
林紓（1852-1924），字琴南，號畏廬、蠡叟，福建閩侯人。他是清末著名的古文家、畫家和翻譯家，一個頑固的守舊派。他在清末民初曾任北京大學經學教員。這時在徐樹錚支持的成誌學校任主講席，授史記。他生活在民國，仍自稱“清室舉人”；“年垂七十”，仍“抱守殘缺，至死不易其操”。1914年3月，遜清的總管內務府大臣金梁，為清室複辟網羅人物的“舉賢才摺”中，稱林紓“感念故主，念念不忘，嚐十上崇陵，涕泣伏拜，哀動行人，文學尤佳，為時稱誦”，“可用其人者”。這樣一個封建衛道士，對新文化運動懷有刻骨的仇恨，是可想而知的。
1919年2月間，林紓在上海《新申報》上發表《蠡臾叢談》，以小說的形式，對北大的新派人物進行辱罵和攻擊。他拋出的第一篇文言小說《荊生》，以皖人田必美影射陳獨秀，以浙人金心異影射錢玄同，以“新歸自美洲，能哲學”的狄莫影射胡適，以“傷人害理”、“禽獸之言”，惡毒謾罵新文化運動的發起者。他幻想借助一個名叫“荊生”的“偉丈夫”，用武力鎮壓新文化運動。他在小說的結尾，頗有感慨地說：“如此混濁世界，亦但有田生狄生足以自豪耳！安有荊生？”
林紓心目中的“荊生”，就是指皖係軍閥徐樹錚。他希望這個曾是他學生的權勢人物，能夠挽回狂瀾，一舉蕩平新思潮。小說反映了封建衛道士們絕望和掙紮的心理狀態。
3月18日，林紓又在《公言報》發表了《致蔡鶴卿太史書》。林紓以無聊謗文謾罵新文化運動猶感不足，現在則以公開信的形式，向蔡元培和北京大學發起了直接的攻擊。
林紓在信中以“清室舉人”、“至死不易其操”的衛道者自居，申言了他反對革命和變革的頑固立場：“晚清之末造，慨世者恒曰：去科舉，停資格，廢八股，斬豚尾，複天足，逐滿人，撲專製，整軍備，則中國必強。今百凡皆遂矣，強又安在？於是更進一解，必覆孔孟、鏟倫常為快。”他要求一切守舊例，不可越常軌，“須知天下之理，不能就便而奪常，亦不能取快而滋弊。”他在公開信中，羅織罪狀，攻擊北大宣傳新文化“盡反常軌，侈為不經之談”，“叛親滅倫之論”，是“覆孔孟，鏟倫常”；胡說寫白話文是“盡廢古書，行用土語為文字”，是“都下引車賣漿之徒所操之語”，並挖苦說：“據此，則凡京津之稗販，均可用為教授矣。”他咒罵新文化的宣傳者為“人頭畜鳴”，誣蔑蔡元培“憑位分勢利而施趨怪走奇之教育”，公然威脅他：“今全國父老以子弟托公，願公留意，以守常為是。”他還危言聳聽地說：“方今人心喪敝，已在無可救挽之時，更侈奇創之談，用以嘩眾，少年多半失學，利其便己，未有不糜至而附和之者，而中國之命如屬絲矣！”他以教訓口吻警告蔡要“圓通廣大，據中而立”，“為國民端其趣向”。他在信中破口大罵一通之後，又裝模作樣地說：“此書上後，可以不必示複。”
《公言報》刊載林紓公開信的同時，還加了《請看北京大學思想變遷之近狀》一則報道，攻擊北京大學自蔡孑民任校長後，文科學長陳獨秀以新派首領自居，“教員中與陳氏沆瀣一氣者，有胡適、錢玄同、劉半農、沈尹默等。”誣稱他們“絕對的非棄舊道德，毀斥倫常，詆排孔孟，並且有主張廢國語而以法蘭西文字為國語之議。其鹵莽滅裂，實亦太過”。攻擊新派的主張，“更當認為怪誕不經，似為其禍之及於人群，直無異於洪水猛獸”。稱林紓致蔡元培的公開信，“洋洋萬言，於學界前途，深致悲憫”。竭力為林紓張目。
林紓繼公開信之後，在3月19日、20日《新申報》上又拋出他的誹謗小說《妖夢》。這篇文言小說更為不堪，其中以所謂白話學堂影射北京大學，以教務長田恒影射陳獨秀，副教務長秦二世影射胡適，極力描述田、秦提倡白話、詆毀倫常，並極其無聊地寫了一個讚同“毀聖滅倫”的學堂校長“元緒”來影射蔡元培。最後，一個妖魔直撲白話學堂，把他們統統吞噬，隨即排泄下來，“積糞如丘，臭不可近”。這篇小說手法之卑劣，正如當時一位讀者投書《每周評論》所說：“這竟是拖鼻涕的野小孩在人家大門上畫烏龜的行徑了。這種行徑，真是可憐。我想該舉人也是一個人類，已經活到七十歲，知識還是如此蒙昧，這真是他的不幸，所以說他真是可憐。我們費了寶貴的筆墨、紙張、精力、時間來批評該舉人，未免‘太不自愛’。‘道理’兩個字，和該舉人相去不止十萬八千裏，本來不能和他去講。”
林紓們在校外發難，國故派則在校內響應。他們極力反對白話文，反對新思想，自詡為振刷頹綱的“有誌之士”，提倡“講學救時”。這時他們創辦的《國故》月刊，則專門是為了和《新青年》、《新潮》等進步刊物相抗衡的。在1919年3月20日出版的《國故》創刊號上，黃侃專門寫了一篇《題辭》，攻擊新派“數典忘祖”、“亂國壞俗”，號召所謂“有誌之士”，起來“振頹綱以紹前載，鼓芳風以扇遊塵”，繼承和發揚“文武之道”、“六藝之傳”。隨後，他們正式打出了“講學救時”的旗號，要以昌明舊學來抵製和反對新文化運動。他們禁不住在講台上也要嘲諷新派人物，如黃侃常常點名謾罵，用語失態，說什麼：“錢玄同野狐禪，辱沒太炎門風。”攻擊新派教員追隨蔡元培是“曲學阿世”；甚至在他編著的《〈文心雕龍〉劄記》中，也不忘謾罵白話詩文為“驢鳴狗吠”。
林紓除作書寫文進行瘋狂攻擊外，還直接插手北大，造謠惑眾。北大法科政治係四年級學生張厚載，又名張繆子，中學時曾是林紓的門生。他除在北大讀書外，還在校外任銀行職員，又兼《神州日報》通信記者。此人是一個封建遺少，造謠行家。他曾因反對戲劇改良，受到《新青年》的批判；魯迅在《隨感錄·舊戲的威力》中，也無情地揭露了他頑固守舊、拉曆史倒車的行徑。在這場新舊兩派的鬥爭中，他頑固地站在舊派一邊，林紓的兩篇誹謗小說，都是經他寄給《新申報》的。在林紓指使下，1919年2月，張厚載就以“半穀通信”方式，兩次在上海《神州日報》編造謊言，散布所謂陳獨秀、胡適、陶孟和、劉複等四人，以思想激烈，受政府幹涉；陳獨秀已在天津，態度消極，等等謠言。3月4日，又在該報“學海要聞”發表通信，稱：“北京大學文科學長陳獨秀近有辭職之說，記者往訪蔡校長，詢以此事，蔡校長對於陳學長辭職一說，並無否認之表示。……則記者前函報告信而有征矣。”竟直接造蔡元培的謠言。這個聳人聽聞的謠言，曾在輿論界教育界引起軒然大波。在林紓的帶動下，原來蜷伏在各個陰暗角落的守舊勢力，也紛紛出動。一個曾被蔡元培辭退的不學無術、頑固守舊的原北大教員，這時也化名刊行《辟謬》一書，惡毒詆毀蔡元培、陳獨秀等人。在林紓大舉筆伐的同時，反動政府也指使禦用議員在國會提出彈劾教育部的議案，企圖脅迫北大校長蔡元培去職。
這場所謂“林蔡之爭”，是新舊思潮的一場大激戰，其實質是維護北大革新還是倒退，是保衛還是扼殺新文化運動的一場生死鬥爭。當時天津《益世報》在一篇題為《新舊之爭》的文章中，曾分析了北京大學遭受攻擊的原因：“請問現在中國雖高揭民國之旗幟，究竟民得意乎？抑官得意乎？如到處皆為官之勢力，單單有一大學欲保存民氣，比如在渾濁之河流中，欲保存一窪清水，其不被淤泥蕩激者萬不能也。北京大學居於官僚社會之中心，不被舊派攻擊，萬情理中必無之事。”
這場鬥爭在社會上引起一陣波瀾，北大校內一時人心浮動。劉半農後來在追述當時情景時說：“黃侃先生還隻空口鬧鬧而已，衛道的林紓先生卻要於作文反對之外借助於實力——就是他的‘荊生將軍’，而我們稱為小徐的徐樹錚。這樣的文字之獄的黑影，就漸漸的向我們頭上壓迫而來，我們就無時無日不在慄慄危懼中過活。”這反映了這場鬥爭在一部分知識分子中引起的波動。
但是，新文化運動的戰士們沒有退縮。林紓的謬說一出籠，立即遭到北大新派和進步輿論的猛烈回擊。李大釗首先在《新舊思潮之激戰》一文中，嚴正警告“那些頑舊鬼祟、抱著腐敗思想的人：你們應該本著你們所信的道理，光明磊落的出來同這新派思想家辯駁、討論”，如果你們“總是隱在人家的背後，想抱著那位偉丈夫的大腿，拿強暴的勢力壓倒你們所反對的人，替你們出出氣，或者作篇鬼話妄想的小說快快口，造段謠言寬寬心，那真是極無聊的舉動。須知中國今日如果有真正覺醒的青年，斷不怕你們那偉丈夫的摧殘；你們的偉丈夫，也斷不能摧殘這些肯年的精神”。最後他以俄國十月革命成功的例證，說明革命的新生力量必然勝利，“我很盼望我們中國真正的新思想家或舊思想家，對於這種事，都要有一種覺悟。”陳獨秀在他的《關於北京大學的謠言》一文中，揭露了林紓之流“依靠權勢”和“暗地造謠”的卑劣行徑，他說：“新青年所評論的，不過是文學、孔教、戲劇、守節、扶乩這幾個很平常的問題，並不算什麼新奇的議論。以後世界新思想的潮流，將要湧到中國來的很多。我盼望大家隻可據理爭辯，不用那‘倚靠權勢’、‘暗地造謠’兩種武器才好。”魯迅也以他犀利的雜文，痛斥了林紓和張厚載這一對遺老遺少。《每周評論》特地加按語轉載了林紓的小說《荊生》，指出它是“想用強權壓倒公理的表示”，是反動派“武力壓製政策的”體現，並且連續發表文章加以痛斥。
林紓采用這種造謠謾罵的下作手段，不得人心。《每周評論》曾發表一篇《評林畏廬最近所撰〈荊生〉短篇小說》一文。作者是一位中學教師，他以讀者來信的口氣，對這篇小說作了逐段點評之後指出：“其結構之平直，文法之舛謬，字句之欠妥，在在可指。”這位老師給的評語是：“此篇小說，其文之惡劣，可謂極矣。批不勝批，改不勝改。設吾校諸生作文盡屬如此，則吾雖日食補腦汁一瓶，亦不足濟吾腦力，以供改文之用。然吾昔讀林先生所譯之茶花女遺事及他種小說，尚不如是。豈年衰才盡抑為他人膺作耶？惜我不識林先生，無從質之。”文筆辛辣，言之有據，出盡這位古文家的醜。
麵對嚴重的壓力，蔡元培沒有改變他支持和保護新文化運動的初衷，應該說，對於那些反動勢力，他的態度是鮮明的，立場是堅定的。傅斯年在《我所景仰的蔡先生之風格》一文中，記述了這樣一件事：
在五四前若幹時，北京的空氣，已為北大師生的作品動蕩得很了。北洋政府很覺得不安，對蔡先生大施壓力與恫嚇，至於偵探之跟隨，是極小的事了。有一天晚上，蔡先生在他當時的一個“謀客”家中談此事，還有一個謀客也在。當時蔡先生有此兩謀客，專商量如何對北洋政府的，其中的那個老謀客說了無窮的話，勸蔡先生解陳獨秀先生之聘，並要約製胡適之先生一下，其理由無非是要保存機關、保存北方讀書人一類似是而非之談。蔡先生一直不說一句話。直到他們說了幾個鍾頭以後，蔡先生站起來說：“這些事我都不怕，我忍辱至此，皆為學校，但忍辱是有止境的。北京大學一切的事，都在我蔡元培一人身上，與這些人毫不相幹。”
類似的記述，在一些當事者的文著或日記裏還可以看到，這些都表現了蔡元培不為壓力所屈的可貴品格。但他作為北京大學的校長，既要反擊反對者的責難、圍攻，又要設法保護這個改革始行、根基未固的學校，這就不能不講策略，不能不耗去他大量精力。陳獨秀在這事後曾說：“安福俱樂部當權時，即無日不思與北大作對，蔡先生之精神力用之於對付反對者三分之二，用之於整理校務者，僅三分之一耳。”
3月18日，蔡元培在看到林紓公開信的當天，就寫了《致〈公言報〉函並附答林琴南君函》，除了對《公言報》捏造的關於北大的謠言提出質問外，主要就林紓攻擊北大“覆孔孟，鏟倫常”和“盡廢古書，引用土語為文字”兩說，分別作了駁斥。他一反林紓誣蔑謾罵之手法，擺事實，講道理，有理有據地反駁了林紓對北大以及新派教授的誣蔑。他在複信中也以子之矛攻子之盾的方法，詞婉而多諷。他在闡明了北大在對孔孟、倫常等問題的做法後，進而責問道：“有何教員，曾於何書、何雜誌，為不仁、不義、不智、不信及無禮之主張者？”他針對林紓羅織罪狀無理攻擊的惡劣做法，反話道：“公曾譯有《茶花女》、《迦茵小傳》、《紅礁畫漿錄》等小說，而亦曾在各學校講授古文及倫理學，使有人詆公為此等小說體裁講文學，以狎妓、奸通爭有夫之婦講倫理者，寧值一笑歟？”他在複信的最後部分，針對林紓對北大的種種責難，重申了堅持思想自由、兼容並包、支持新文化運動的原則立場；他在這裏強調的思想自由和教員以學詣為主的兩項原則，實際上是重申他辦理大學的基本主張。特摘錄如下：
（一）對對學說，仿世界各大學通例，循思想自由原則，取兼容並包主義，與公所提出之圓通廣大四字，頗不相背也。無論為何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之運命者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展……
（二）對於教員，以學詣為主。在校講授，以無背於第一種主張（指思想自由原則）為界限，其在校外之言動，悉聽自由，本校從不過問，亦不能代負責任。例如複辟主義，民國所排斥也，本校教員中，有拖長辮而持複辟論者，以其所授為英國文學，與政治無涉，則聽之。籌安會之發起人，清議所指為罪人者也，本校教員中有其人，以其所授為古代文學，與政治無涉，則聽之。嫖賭娶妾等事，本校進德會所戒也，教員中間有喜作側豔之詩詞，以納妾狎妓為韻事，以賭為消遣者，苟其功課不荒，並不誘學生而與之墮落，則姑聽之。夫人才至為難得，若求全責備，則學校殆難成立。且公私之間，有天然界限……然則革新一派，即偶有過激之論，苟於校課無涉，亦何必強以其責任歸之於學校耶？
蔡元培的反駁雖然還是比較溫和的，對封建文化思想也還表現了某種調和的傾向，但他在公開信中重申言論自由，兼容並包的原剛，答辯義正詞嚴，這在當時是有重大意義的；尤其是他為宣傳“過激之論”辯護（這裏所說的“過激之論”，就包括當時反動派和一般封建餘孽所強烈攻擊的馬克思主義），則更是難能可貴。以蔡元培的社會地位和影響，對林紓作這樣公開的答複，確實非同一般，這對當時的新派來說，無疑是一個很大的鼓舞和支持。
在蔡元培、陳獨秀、李大釗等人的推動下，全國新派奮起反擊。北京和全國各地報刊登載了大量指斥舊派、聲援北大的言論，紛紛指出這不僅僅是北大某幾個教員的去留問題，而是要不要維護學術獨立和思想自由。林紓之流遭到了進步輿論的同聲譴責，被斥之為“學術界之大敵，思想界之蟊賊”。雖然林紓仍不服輸，又給蔡元培寫了第二封信，聲稱：“公遇難不變其操，弟亦至死必申其張”，頑固表示：“終之以拚我殘年，極力衛道，必使反舌無聲，瘛犬不吠，然而後已。”然而，這隻不過是封建衛道士的幾聲抽泣而已。他極端孤立了，最後不得不“寫信給各報館，承認他自己罵人的錯處”。在這場論爭中，群眾的同情完全在新派、在北大一邊，進步輿論界紛紛表示對北大的推重和聲援。上海《民國日報》載文說：“自蔡孑民長北京大學而後，殘清腐敗，始掃地以盡。其所羅致延引者，皆新世界有學之士，與循引私誼有如官場者，翕然不同。故數年以來，成績粲然。海內之略有知識者，迥然向往之。而其出版品如《新青年》、《新潮》等，尤於舉世簡陋之中，獨開中國學術思想之新紀元。舉國學者，方奔赴弗遑，作同聲之應，以應發輝光大，培國家之大本，立學術之宏基。”有位成都《川報》的讀者寫道：“我對北京大學的感情，近來極好，心目中總覺得這是現在中國唯一的曙光，其中容納各派的學說和思想，空氣新鮮得很。”
蔡元培對林紓等人散播北大驅逐陳獨秀等的謠言，也采取了針鋒相對的措施。他先在報上發表正式聲明，否認有驅逐之事；隨後，對那個投靠林紓、寫假通訊造謠的法科學生張厚載，則親自寫信進行教育，他在信中說：“林君作此等小說，意在毀壞本校名譽，兄徇林君之意而發布之，於兄愛護母校之心，安乎，否乎？仆生平不喜作漫罵語、輕薄語，以為受者無傷，而施者實為失德。林君詈仆，仆將哀矜之不暇，而又何憾焉！惟兄反諸愛護本師之心，安乎，否乎？往者不可追，望此後注意。”幫助他認識林紓的真麵目；後來鑒於這個學生不肯悔改，許多同學要求驅逐這個敗類，學校乃決定勒令他退學，並專門出了一個布告：“學生張厚載屢次通信於京滬各報，傳播無根據之謠言，損壞本校名譽。依大學規程第六章第四十六條第一項，令其退學，此布。”這就把林紓等反對北大、反對新文化運動的陰謀，完全暴露在全校師生的麵前，並給予了沉重的打擊。
曆史的進程，正如李大釗所展示的：“直到今日，這樣滔滔滾滾的新潮，一決不可複遏，不知道那些當年摧殘青年、壓製思想的偉丈夫那裏去了。”在這次新舊思潮的大激戰中，北大和全國的新派取得的重大勝利，為即將到來的五四運動做了重要的思想準備。而蔡元培在這場鬥爭中則很好地保衛了新文化運動，勇敢地維護了北京大學這個新文化運動的重要陣地，這是一個很大的功績。
三、在五四運動中
1.支持學生愛國運動
作為一位教育家，蔡元培對學生參加政治活動是不很讚成的。他曾說：“我對於學生運動，素有一種成見，以為學生在學校裏麵，應以求學為最大目的，不應有何等政治的組織。其有年在二十歲以上，對於政治有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學校。”他提倡“潛修”的功夫，“風雨如晦，雞鳴不已”。所以，他所提倡的“愛國不忘讀書，讀書不忘愛國”，大體上反映了他對學生和學生運動的基本態度。他認為學生主要是要在學術上取得較深的造詣，以備將來報效國家。但在實際上蔡元培對學生的政治活動，並不多加幹涉；而他自己的思想，也是隨著時代的步伐一起前進的，這在五四運動中表現得尤為明顯。
1918年5月，北京爆發了一次空前規模的學生運動。原因是：在這年初，英、法、日、美各帝國主義國家相繼開始了對蘇俄的武裝幹涉。5月16日，日本乘機脅迫中國簽訂了《中日陸軍共同防敵軍事協定》。日本企圖通過這個協定，一方麵挑動段祺瑞政府幹涉蘇俄，同時也借此進一步侵略中國。它曾利用這個協定，向長春以北的中東路附近地區調集了6萬軍隊，占領了我國東北的大片領土。簽約消息傳出後，學生們憤激異常。在鄧中夏、高君宇、許德珩等人的籌劃下，5月20日晚，在北大召開了群眾大會，北高師等其他學校代表也應邀參加。會上群情激昂，一致議決第二天去“總統府”請願。這次行動蔡元培事先與聞，第二天清早他來到學校，對準備出發請願的學生進行勸阻，認為愛國熱誠可嘉，但外交問題應靜候政府解決。學生沒有聽從他的勸告，隊伍按時出發。這次遊行請願行動，是北京學生一次空前的愛國運動，但學生們在請願時被當時北京政府大總統馮國璋的花言巧語所蒙蔽，兩千多北大和其他學校學生很快就回校複課。這次鬥爭沒有取得什麼直接結果。
事後，蔡元培以對學生請願“辦理不善”、“奉職無狀”為由，提出辭職。他在辭呈中說：是日，“元培特於七時到校，多方勸告，並許以代達意見於大總統，而彼等不肯聽從，毅然列隊進行。元培平日既疏於訓育，臨時又拙於肆應，奉職無狀，謹此辭職”。陳獨秀等各科學長，也“因不能襄助校長管理學生，有負學長職務”，聯名辭職。對蔡元培的辭職，學生及其他方麵都進行了挽留，全體學生班長還向他麵陳誠意。蔡元培最後還召集班長陳述他對全體學生的希望，並詢問學生“是否均已覺悟”（意即學生應以學業為重）後，始打消辭意。這反映了蔡元培既同情學生的愛國初衷又拘泥於學生的職誌在於專心求學，因而阻止學生的請願活動。這反映了他的一種矛盾的心態。但當國事危急、當權者顢頇無能以至不惜出賣國家主權的時候，他則從救國大局出發，認為此時學生有必要“犧牲其時間與心力”，起來喚醒國民，挽救危局，反對當權者“椓喪國家之行為”。
蔡元培在後來曾說到自己對學生運動態度的變化：“民國七年夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊遊行，向總統府請願；當北大學生出發時，我曾力阻他們，他們一定要參與；我因此引咎辭職。經慰留而罷。”但是，“到八年五月四日，學生又有不簽字於巴黎和約與罷免親日派曹、陸、章的主張，仍以結隊遊行為表示，我也就不去阻止他們了”。1925年蔡元培旅歐期間，曾回顧五四以來學生熱情奔放地參加一切政治活動，對於這種學生運動，他說：“學校當局的看法是，如果學生的行動不超出公民身份的範圍，如果學生的行為懷有良好的愛國主義信念，那麼，學生是無可指責的。學校當局對此應正確判斷，不應幹預學生運動，也不應把幹預學生運動看成是自己對學生的責任。”“學校當局正是基於這點才以極大的同情與慈愛而保護他們。”事實證明，蔡元培在五四運動中正是以極大的熱情保護學生的。