蔡元培畢生提倡男女平等，尊重女性，重視並倡導普及女子教育，強調“女子不學，無以自立”。主張男女平等受教育的權利，是他的教育思想中的一個重要內容和顯著特色。他關於女子教育的論述和實踐，對於批判歧視婦女的封建舊習，轉變舊的教育觀念，以及在我國近代教育中確立男女平權的地位，都起了重要的作用。
一、“女子不學，無以自立”
在我國長期的封建社會中，男尊女卑、三從四德的封建禮教成為禁錮女性的精神枷鎖，“女子無才便是德”的傳統陋見嚴重壓抑和摧殘了女性的聰明才智。長期以來，女性是作為男性的附屬物而活著，成為扼殺人性的封建祭台上的犧牲品。隨著風起雲湧的資產階級民主革命運動的發展，尊重女權、男女平等的要求開始被提上了日程。應當說，蔡元培是近代中國倡導女子解放、女子教育的一位重要的先覺者和實踐者。
蔡元培早年宣傳民主革命思想時，就反對尊君卑民、重男輕女的舊習，痛恨封建製度加給女性的深重壓迫，主張男女平等。他關於女子解放、女子教育的思想，一方麵，是從中國傳統文化的民主精華中吸取養料，如他年輕時就喜讀俞正燮關於抨擊封建禮教，反對男尊女卑的文著，直到晚年他還回憶說：“自《易經》時代以至清儒樸學時代，都守男尊女卑的成見，即偶有一二文人，稍稍為女子鳴不平，總也含有玩弄等的意味，俞先生作《女子稱謂貴重》、《姬姨》、《娣姒義》、《妒非女人惡德論》、《女》等篇，從各方麵證明男女平等的理想。……我至今還覺得有表彰的必要。”另一方麵，也受到歐美女權運動的影響，他曾說，在歐美國家，“他們看了自己的人格同對方的人格，都非常尊重。而且為矯正從前輕視婦女的惡習，交際上男子尤特別尊重女子，斷不敢稍有輕率的舉動。……近來女權發展，又經了歐洲的大戰爭，從前男子的職業，一大半都靠女子來擔任。此後男女間互助的關係，無論在何等方麵，必與單純男子方麵或單純女子方麵一樣”。他認為這是值得效法的。正是這樣，蔡元培認為，中國社會要有大改革，則女權必須擴張；占有半數的女胞獲得平等地位以後，國力將增加一倍。他從決絕仕途從事教育救國之日起，就首先把教育普及與實行男女平等聯係起來，強調“女子不學，則無以自立”；“欲令人人受教育，自當以女學為最重要之事”。
蔡元培投身教育事業之月起，就針對“我國女學之不講久矣”的狀況，多方麵地愷切分析了“女子不學”而給本人、家庭、子女乃至社會和國家帶來的種種弊端和危害，呼籲社會重視女子受教育的權利和機會。他對女子教育的重要性，主要從以下幾個方麵加以說明。
首先，女子受教育是使女子自立、實現男女平等的重要途徑。蔡元培認為，過去女子在家庭和社會沒有地位，一個重要的原因，就是被剝奪了受教育的權利，無以自立。他指出：“女子不學，則無以自立，而一切依男子以生存，至乃不惜嬌柔塗澤，以求容於男子。”正是這種依賴性使女性失去獨立的人格，“無可自恃”，“於是不自主而有妾媵之製，於是不自重而有女閭之業”，種種醜惡的社會現象得以滋生。他所說的“自立”，就是“自己有一定之職業，以自謀生活”。女子有了獨立的生活能力，就能爭取到相應的家庭和社會地位。蔡元培認為，隻要使女子有受教育的權利，女子就會同男子一樣有自立的能力。人類初始由於自然分工的不同，使之男子主外，女子主內，造成權利的不平等，而現代社會不再依據這種自然分工，“今之世界，女子職業可與男子相同，故權利亦可相同”。他從“男女皆人”的觀點出發，反對尊卑、強弱之分，肯定女子有強於男子的地方。所以他從事民主革命時就指出：“革命精神之所在，無論其為男為女，均應提倡，而以教育為根本。”這樣，就把教育與實現女子自立和男女平等聯係起來。
其次，從母性的特殊作用考慮，強調女子教育的重要性。蔡元培認為，女性負有養育下一代的責任，他說：“人之受教育，當自小兒時起，而小兒受母親之教，比之受父親之教為多。”“與小兒周旋之人，未有比母親長久而親熱者。苟母親無學問，則小兒之危險何如乎？”他還說：“孩提時處處受母親影響，此時染成惡習慣，他時改之最難。”推而論之，他還論述了母體胎教的重要性，他說，推本窮源胎教亦不可忽視，古時候我國就已十分重視胎教，“女子當懷孕時，目不視惡色，耳不聽惡聲，口不出傲言，立必正，坐必端。何也？如孕時有不正之舉動，則小兒受其影響，他年為不正之人，即由於此。”“苟女子無教育，則小兒在胎內時，為母體所範圍，雖欲避免不良之影響，其道末由。”在蔡元培看來，女子不學，粗俗而無禮，必將影響後代的身心健康成長，並把這看作是“種性所以蘼恭，而政俗之所以腐敗”的一個原因。當然，這個觀點包含有唯心的成分，但把幼兒教育同民族的強盛聯係起來，是很有意義的。所以，蔡元培認為，女子不學，“害於人種尤巨，遺傳也，胎教也，蒙養也。”
再次，女子接受教育，能夠發揮占人口半數的女性對國家的貢獻。蔡元培不僅從權利的角度說明女子教育的重要性，而且也從“人類實為義務而生存”的觀點出發，闡述通過教育使女子自立而參加國家建設的必要性。他認為，女性占國民的半數，同男子有同樣的聰明才智和能力，同樣擔負著對社會應盡的義務。1912年5月13日，他在參議院發表演說就指出：“人人受同等教育，即權力義務之思想亦無不同等。男子與女子同係國民，所謂男國民女國民是也。諸君於議定國會組織法及選舉法時，於女子似不必加以限製。”這既是為女子爭取受教育的權利，也是爭取提高女子的社會地位。在他看來，通過女子教育，就能使她們成為增加社會生產、促進社會進步的重要力量。
蔡元培強調女子教育與實現男女平等之間的關係，但這絕不等於說女子在未受教育情況下就不要保證和提高女性的地位。1922年10月14日，他當麵反駁時任北京政府總統的黎元洪提出“女子此時程度尚低，似不足以語參政”的謬見，他說：“女子參政問題，不宜問程度夠不夠，宜問此事該不該。如果女子應參政，自當予以參政權，即使程度有不足，則教育未始不足以補救之，萬不能因今日女子程度不夠，而此權利即可靳而不予也。”
總之，蔡元培多方麵論述了女子教育的重要性，為女子爭取平等受教育的權利。正是基於上述認識，他強調“正本清源，自女學堂始”，“苟以教育為重要，豈可不以女學為重要乎？”
二、“養成完全人格，男女一也”
蔡元培是在男女平等這一基本主張上，倡導女子教育，並且在辦學方針上也要求男女如一，都以養成“完全人格”為目的。這就為近代女子教育開拓了一個新的境界。
我國近代的女子學堂始於晚清，限於當時的條件，成績甚微，特別是辦學方針多取賢妻良母主義。如維新派梁啟超提倡女子教育，批評“女子無才便是德”的謬論，但其辦學宗旨也是強調“賢妻良母”教育的重要，認為妻賢可以令夫“賢”，母良可以使兒“良”。這就是他所主張的“上可相夫，下可教子，近可宜家，遠可善種”。這在當時雖有一定的進步作用，但還沒有突破女子對男子的依賴關係。
蔡元培並不一般地反對賢妻良母主義，但反對在教育上單純的賢妻良母取向。他說：
女子教育，有主張養成良母賢妻者，有不主張養成良母賢妻者。以餘論之，賢母良妻亦甚緊要。有良妻則可令丈夫成好丈夫，有賢母可令子女成賢子女，是賢母良妻亦大有益於世界。若謂賢母良妻為不善，豈不賢不良反為善乎？然必謂女子之事，但以賢母良妻為限，是又不通之論也。
這確是辯證的、很有見地的分析，又明確表明他不讚成以養成良母賢妻作為女子教育的宗旨和取向。
1902年蔡元培在上海創辦愛國女校，就是以培育反清革命精神和革命人才為宗旨，明確表示：“並不取賢母良妻主義，乃欲造成虛無黨一派之女子。”民國建立以後，情況已不同於反清革命時期，這時他明確提出女子應同男子受同樣的教育，都應以“養成健全人格”為目標。他說：“至民國成立，改革之目的已達，如病已醫愈，不再有死亡之憂。則欲副愛國之名稱，其精神不在提倡革命，而在養成完全之人格，蓋國民而無完全人格，欲國家之隆盛，非但不可得，且有衰亡之慮焉。造成完全人格，使國家隆盛而不衰亡，真所謂愛國矣。完全人格，男女一也。”把養成完全人格同國家強盛的愛國理想結合在一起，這就是蔡元培所主張的要為共和培養人才。