（一）
成吉思汗既然把太行山以南，即金朝統治的廣大農業區交付給木華黎去征服，他自己便在太行以北即蒙古草原上繼續展開活動了。
成吉思汗之所以采取了這樣重大的措施，一方麵，是由於對於這個陌生的業區已然厭倦，對於人民的不斷反抗，城邑的得而複失，已然知道難以製服；另一方麵，也由於草原上逃走了的殘敵—蔑兒乞部脫脫的兒子忽禿和乃蠻部太陽汗的兒子屈出律，又都在西方活動起來，迫使他不得不趕快去對付。
在蒙古軍大舉南下的年代，忽禿等乘機逐漸結集了蔑兒乞的殘部，在乃蠻舊地以西一帶圖謀再起。
1217年，成吉思汗派速不台率領一支蒙古軍從土拉河出發去剿滅忽禿。他命令速不台說：“忽禿要是生了翅膀飛上天去，你變成雄鷹也要把他捉來。他要是變成土撥鼠鑽進地裏去，你變成鐵鍬也要把他掘出來。敵人要是變成遊魚跑進大海裏，你變成漁網也要把他撈上來。你翻越高山，橫渡大河，去殲滅仇敵蔑兒乞吧！”
成吉思汗並授命速不台，捉到忽禿後，不需解回，就地斬首。
為著使輜重得以通過險峻的山嶺，速不台在車輪上滿釘了鐵釘。越過重山，一直來到吹河，終於遇到了脫脫的後裔。接戰之後，速不台獲得大勝，殺忽禿，盡滅蔑兒乞而還。
成吉思汗的另一殘敵屈出律，此時已占有西遼，擁有更為強大的力量。
由遼朝皇室耶律大石建立的西遼，自1131年定都建號以來，到成吉思汗建國時，己經有了近七十年的曆史。它的領域，東南統轄喀什噶爾（令新疆喀什）、葉爾羌（新疆莎車）、和闐，西南則控製花剌子模和撒麻爾幹。耶律大石死後，後代繼承執政。
1178年傳到第五代統治者，耶律大石的孫子直魯古。1208年，屈出律逃到西遼，直魯古收降了這個流亡者，並把自己的女兒嫁給他為妻。
屈出律有了安身之所，並已取得直魯古的信任，便憑借西遼的力量又到處尋找乃蠻部失散了的殘餘部眾，糾集到自己的周圍。
這時，花剌子模算端（王）正在強大起來，控製了撒麻爾幹的王，進而和屈出律這個流亡分子勾結在一起，陰謀推翻直魯古在西遼的統治。約定事成後，西遼西部地區歸花剌子模，東部地區歸屈出律。
屈出律和花剌子模同時自東西兩方向西遼進攻，在1211年推翻了直魯古政權。花剌子模算端兼並了撒麻爾幹，並把都城遷到這裏。屈出律則篡奪了西遼的汗位，在今新疆西部地區建立起他的統治。
當成吉思汗擊潰蔑兒乞殘敵時，屈出律已奪得汗位六年之久了。成吉思汗當然不能容忍強敵再起的威脅。而這時，屈出律的統治也正在動搖不穩。乃蠻部本來是景教流行的部落，屈出律滅西遼後又改奉佛教。然而，喀什噶爾、和闐等地的畏兀兒族居民卻是伊斯蘭教的信徒。屈出律奪得汗位統治這些地區後，強迫他們改變原來的宗教信仰。他采用暴力手段，對伊斯蘭教民橫加迫害，強逼他們改奉佛教或景教。屈出律當然並沒有能夠達到目的，反而日益引起當地居民的強烈不滿。
1218年，成吉思汗派者別統軍二萬進討屈出律。者別攻下喀什噶爾後，宣布準許居民保有自己的宗教信仰，從而得到廣泛的擁護。當地居民紛紛起來擊殺屈出律的軍隊。屈出律向西逃去，蒙古軍迅速追到了這個敵人，當即捉住處死。
障礙成吉思汗統一蒙古的兩個最後的敵人，蔑兒乞部和乃蠻部的殘餘，完全消滅了。
蒙古兵向西追擊蔑兒乞殘部時，就曾和花剌子模有過局部的衝突。成吉思汗消滅屈出律後，便向他的支持者花剌子模進軍了。1219年，成吉思汗率大軍出發，1220年攻破花剌子模的大城不花剌，次年又攻下了它的新都撒麻爾幹。花剌子模新立的算端劄闌丁向申河（今巴基斯坦境內印度河）逃去。成吉思汗在1221年追到這裏，劄闌丁跳入河中，泅水而逃。
1222年，成吉思汗留下長子拙赤和者別統率別部在西方追討餘眾。他和窩闊台等便率領蒙古兵的主力開始循原路回師。
（二）
正在成吉思汗準備收兵返回蒙古的時候，從遙遠的山東萊州來了一位七十多歲的高齡道士，全真道的領袖長春真人丘處機。
全真道創始於金朝初年。創始人是陝西鹹陽一個“以財雄鄉裏”的漢人大地主王重陽。他自鹹陽來到山東寧海（今牟平）、萊州一帶，收集丘處機等八個弟子，結成核心，陸續招募道眾，組成一個新興的教派。這是和中國傳統的道教完全不同的新組織。他們不講方術，隻是隱遁山林，過著和世俗差不多的清閑生活。這實際上是一群不肯和女真族合作的漢人地主、儒生，披上宗教的外衣，借以在金朝統治下進行消極的反抗，積極的自保。王重陽和他的幾個弟子死後，丘處機便成為全真道的首領。蒙古兵南下攻掠金朝的年代，全真道又有了新發展。