眾所周知，一切物質都是由分子構成的，食品、菜蔬當然也不例外。構成食物的分子雖然一般都有極性，但組成上卻是雜亂無章。它們一旦受到外界電磁場的影響，便會有序排列；電場消失，分子又恢複原狀。微波爐的波長為12．2厘米，工作頻率2450兆赫，振蕩率高達每秒24．5億次——這是一個多麼驚人的電磁場變換次數！食物中的水分子及脂肪分子，正是在這種迅速磁場的交變振蕩中，相互撞擊、摩擦而產生熱量，達到食物的自熱自熟——這與取火鑽木產生熱量的道理類似。專業上把這種加熱原理稱為分子極化加熱(另有離子導電加熱，不常用)。微波爐停止運轉，電磁場消失，食物又恢複到原來的分子結構狀態——卻留下了熱量，從而完成了對烹飪要求的全過程，這正是人們所期待的。
微波爐產生的微波，可以穿透玻璃、陶瓷、紙張、聚乙烯(塑料)等絕緣物體，而不被吸收，這些物體也不會發熱。但金屬物體對微波的反射性極強，所以禁止使用金屬容器在微波爐中加工食品。微波極容易被食物中的水分子吸收，並將微波能量轉變為熱能，使食物變熱變熟。因此，經微波爐加工後的食品，會有部分水分跑掉。我們應將食品放在帶蓋的容器內加工——要透氣、不能封閉。這樣，既減少了食物中水分的過多流失，又儲存了食品中的熱量；既節省了能源，又節省了時間。微波爐隻能加工打碎了的雞蛋、袋裝食品要紮孔透氣，以防爆裂。
微波對食物的穿透力隻有2．5～3．5厘米，適合低矮的食物容器。對高大容器裏的食物，隻有靠食物本身的熱量傳遞，來完成整個食物的烹飪過程。辦法隻有一個，增加烹飪時間。微波爐在使用過程中的禁忌主要有兩條：一是不能空運轉，以免燒壞磁控管；二是一旦發現爐子有毛病，如：爐門關閉不嚴等，應立即請專業人員修理，千萬不能湊合著用，以防止微波泄漏傷人。
二、微波爐烹飪會導致營養流失嗎 美國哈佛大學食品衛生係就維生素C的保留率，進行過比較試驗。在同等熱能的條件下，以大白菜為例：用其他烹飪器具煮沸4分鍾、晾1分鍾，維C的保留率隻有40％；而用微波爐加熱1分鍾、晾1分鍾，維C的保留率卻高達88％。我國食品監督檢驗部門，對用微波爐加工骨頭，其中人體必需的8種氨基酸成分與加工前進行了對比，氨基酸的保留程度競達98．6％。為什麼食物中的維C和氨基酸經微波爐加工後，會有這樣高的保留率呢？主要原因是微波爐的烹飪時間短。我們用普通廚具烹調，飲食界講的是“旺火快炒”，為的就是要讓炒菜保留那種鮮嫩勁兒，減少維C和葉綠素損失，或是為了達到“外焦裏嫩”的效果。再者說，微波烹飪的熱量，是來自食物自身水分子的高速摩擦、碰撞。食物自身的營養成分，又怎麼會流失跑掉呢？永不息火的“朝天鍋”，營養都不會流失；而微波爐靠食物自身的水分子摩擦、碰撞加熱。卻有營養流失．這是不可信的。
三、微波爐微波輻射會危害人體健康，導致免疫力下降甚至致癌嗎 我們都知道微波是一種電磁波。電磁波輻射對人體的危害，不言而喻。正因為如此，國際上對電視機、電冰箱、空調、微波爐等許多家用電器的電磁輻射能量，都有嚴格的限製。公認的國際標準規定：微波爐泄漏之微波量，每平方厘米不得大於5毫瓦。我國微波爐生產廠家，出廠技術要求大多控製在每平方厘米在1毫瓦以下，大約是國際公認標準的1／5.這比一根普通日光燈的電磁輻射還小。另外：微波輻射的衰退程度，與離開爐體距離的平方，大致上呈反比關係。假如因微波爐門有毛病，泄漏出的微波是10毫瓦，那麼在1米之外就隻剩下0．001毫瓦的強度了，這個強度是不會對人體造成危害的。專家建議，微波爐啟動時，人在2米以外就足夠安全了。可有的小報、甚至是電視上說：人最好離開7米以外。這有些杯弓蛇影，恕筆者不敢恭維。
微波爐使用的頻率是2450兆赫(MHz)，即使是靠近微波爐，電磁波也隻能被體表組織(皮膚)吸收，你隻會感到皮膚發熱而已，並不能穿透人體，去傷害內部器官或組織，更不會導致人體的免疫力下降甚至致癌。但是，人眼睛的水晶體，沒有血管散熱，而且裸露在外，需要注意保護。另外，人的睾丸，也是薄弱環節，對電磁輻射敏感，也需要注意保護。微波爐啟動後，不要靠近爐體，去看爐內的食物；下身不要長時間靠近微波爐。
根據國際上公認的審定標準：電磁輻射(包括電視、電腦、微波爐等所有的家用電器在內)每平方厘米不超過50毫瓦(μW)，而一天裏不超過每平方厘米300毫瓦(μW)，就是安全的。