但是，司馬遷對墨家的處理還是不同的。在《太史公自序》中，他引用了他的父親司馬談《論六家要旨》，對墨家另有論述，把它作為一個學派來看待，無疑又上了個台階：
墨者尚堯舜道，言其德行曰：“堂高三尺，土階三等，茅茨不翦，采椽不刮，食土簋，啜土刑，糲糧之食，藜藿之羹，夏日葛衣，冬日鹿裘。”其送死，桐棺三寸，舉音不盡其哀。教喪禮，必以此為萬民之率。使天下法若此，則尊卑無別也。夫世易時移，事業不必同，故曰“儉而難遵”。要曰，強本節用，則人給家足之道也。此墨子之所長，雖百家弗能廢也。
司馬遷對墨家有批評也有肯定。批評它“尊卑無別”，肯定它的節用。這種批評兼著儒道的思想。以儒家的思想批評它的“尊卑無別”，以道家思想肯定它的節用。其實，墨家並非“尊卑無別”。它張揚“尚同”，由天子而下，一級大於一級，一級服從一級，而且還要議論一致，是君主專製的倡言者。
後於司馬遷的班固，對墨家的批判則較司馬遷要嚴厲一些。
墨家者流，蓋出於清廟之守，茅屋采椽，是以貴儉；養三老五公，是以兼愛；選士大射，是以上賢；宗祀嚴，是以右鬼；順四時而行，是以非命；此其所長也。及蔽者為之，見儉之利，因以非禮；推兼愛之意，而不知別親疏。
他列出墨家有六家八十六篇：《尹佚》二篇，周臣，在成康時也。《田俅子》三篇，先韓子。《我子》一篇。《隋巢子》六篇，墨翟弟子。《胡非子》三篇，墨翟弟子。《墨子》七十一篇，名翟，為宋大夫，在孔子後。
班固從史學家的學者立場出發，對墨家也有批判，有肯定。他從墨家的出身及從事工作關係出發，分析了墨家貴儉、兼愛、上賢、右鬼、非命的因素，並且給予肯定。他從儒家的立場出發，嚴厲地批判墨家“非禮”和“不知別親疏”。這同孟子對墨家的批判隻是用詞不同，意思是一致的，但比孟子的批判要更重於學理性。他是以儒家的學理來批判墨子的。他認為“古之儒者，博學？六藝之文。六藝者王教之典籍，先聖所以明天道，正人倫，致至治之成法也”。
這是在秦漢文化整合之後，具體來說是在漢武帝接受了董仲舒的意見，獨尊儒術以後。先秦諸子的學說經過戰國時期的較量，既互相排斥，又互相吸收，至秦則因焚坑而諸家息聲。“墨子之學，亡於秦季”。焚坑事業，所受鎮壓者豈隻儒家。商鞅、李斯所批判且激烈反對的不隻是儒家。他們理想的學術園地是隻有法家一家的言論。商鞅說的《詩》、《書》、禮、樂、善、修、仁、廉、辯、慧，國有十者，上無使守戰。國以十者治，敵至必削，不至必貧。國去此十者，敵不敢至，雖至必卻，興兵而伐必取，按兵不動必富。他主張的是“壹言”。所謂壹言，是要“民渾”，達到民渾的方法是“塞而不開”，“治國者貴民壹。民壹則樸，樸則農”。這是一種愚民政策。有的書中將“十者”都說成是儒家的思想，那是牽強了些。這十者中，便有墨家的主張，比如廉。韓非則將法術家以外的學者定為五蠹，其中有學者、言談者、帶劍者、患禦者。甚至“藏商、管之法者”，“藏孫、吳之書者”，“修文學，習言談者”，都是“世所以亂也”。怎麼辦呢？哪就是“無書簡之文，以法為教；無先王之語，以吏為師”。李斯在促動焚坑時，也是這種論調。無書簡之文，無先王之語，法家以外的百家難活，墨家亦難幸免。焚坑之後不久，秦帝國滅亡，代之而起的便是漢。漢初，尚黃老之術。武帝以後崇儒，實際是以儒取代了其他各家。正如有些先生稱秦漢時的道家為新道家，是說明這時的道家已與春秋時的道家有所不同。熊鐵基先生將之歸納為三點：由批判儒墨變成了“采儒墨之善，撮名法之要”，由逃世變為入世，將老子的天道無為發展運用到人生和政治。實際上，不僅道家在發展中汲取了其他各家的思想，形成新的學派，或在自己學派內形成新的流派，各學派都如此。既有新道家，也產生新儒家、新墨家、新法家以及其他的新的學派。這正如韓非說的“儒分為八，墨離為三”。這種現象是文化史發展過程中文化整合產生的變化。關於這一點，筆者曾在許多文章中有所論述。
墨家的學說主要是實踐，即關於手工業製造、戰爭攻城守城器械的製造和攻守方略。這種作用一直繼續到秦亡。我們在讚歎秦代的科學技術的時候應該考慮到這一點。可惜的是，中國古代的學術偏於人文，重人倫，輕技藝；重政治，輕科技，使許多科學技術的具體方法失傳，也使許多科技人才名不見經傳，即使有記錄，也是隻字片語。也正是因為如此，墨家在秦的形而下技術實踐，得不到保存和記錄。呂不韋在作《呂氏春秋》時，對傳統文化包括諸子進行了一次整合。但是，他是有自己的指導思想的，這便是“以道德為標的，以無為為綱紀，以忠義為品式，以公方為檢格，與孟軻、孫卿、淮南、揚雄相表裏也”。這是高誘在《呂氏春秋·序》中說的。我認為這個說法是準確的。這比後他近兩千年的畢沅所說的“儒墨之，合名法之源”的說法要深刻得多了。即使如此，《呂氏春秋》中也隻是記錄了墨家弟子的一些去私、去宥等德行方麵的言行。這便是以自己的指導思想來取舍，來整合古代各家思想。
班固雖然是在儒家學說成為主導的學術氛圍下寫《儒林傳》的，在《儒林傳》中沒有為儒家以外的其他學派立傳，但是他從學術的立場出發，寫了《藝文誌》，為各家學派立傳，並保存了著述目錄。這一點來說，就是發展了《史記》，為以後的斷代史率先垂範，成為中國史學史中的一個創造，這是班固作為一位史學家對中國古代史學的貢獻之一。
墨學亡於秦，但墨家的精神在以後的中國社會中，卻有不小的影響。作為一個學派它組織嚴密，尊卑分明，好俠任性，對於以農業、手工業長期為主體的中國社會中的行會乃至幫會組織有著無形的或有形的影響，既有積極的一麵，也有消極的一麵，甚至反社會的一麵。墨家重實踐，重技藝的精神，對後來中國科技的發展，應該也是有所促進的。