公元前250年，秦孝文王即秦王位，不久死去。呂不韋所扶持起來的子楚即秦王位，呂不韋為相國。孝文王時，呂不韋是否為相史未明書。但孝文即位時年已五十三歲，即位三日便死了。《秦本紀》記莊襄王（子楚）元年，“東周君與諸侯謀秦。秦使相國呂不韋誅之。”莊襄王元年按錢穆先生雲，應為公元前250年，秦莊襄王實際為秦王四年。餘以為，呂不韋的相實在孝文王時。呂不韋在秦王政時不但為相而且是仲文。他主編的《呂氏春秋》，雖號曰雜家，但是他還是有自己的編輯指導思想的，這便是儒家思想，“與孟軻、孫卿、淮南、揚雄相表裏也”。元陳□說，“其書也，亦當時儒生學士有誌者所為，猶能仿佛古製”。《四庫提要》則幹脆說該書是“大抵以儒家為主，而參以道家、墨家，故多引六籍之文與孔子、曾子之言”。儒家的思想在此時（秦王政八年以後二十多年，直至焚書坑儒之三十四、三十五年），得到了大大的張揚，而且學術地位在此時也得到了極大的提高。下麵引一些：
先王之教，莫榮於孝，莫顯於忠。忠孝，人君人親之所甚欲也。
這是《勸學》的開頭。文中指出“聖人生於疾學”，並要求尊師。孔子《論語》首篇即《學而》，荀子有《勸學》。
為天下及國，莫如以德，莫如行義，以德以義，不賞而民勸，不罰而邪止……以德以義，則四海之大，江河之水不能亢矣；太華之高，會稽之險，不能障矣；闔廬之教，孫吳之兵，不能當矣。故古之王者，德回乎天地，澹乎四海……嚴罰厚賞，此衰世之政也。
先王先順民心，故功名成。夫以德得民心，以立大功名者，上世多有之矣。失民心而立功名者，未之曾有也。得民心必有道，萬乘之國，百戶之邑，民無有不說。取民之所說而民取矣。民之所說豈眾哉，此取民之要也……故凡舉事，必先審民心，然後可舉。
上段所說，要以德以義治國，便能無功不成，無險不克，順順暢暢。而治國重在治民，必須體察民心民意。得民心必有道，這便是以德得民心。這些也是儒家愛民思想以德治國思想的反映。在這些文句中，對商鞅的不法古、排儒、弱民、愚民的理論作了深刻批判。很明顯的是，呂不韋想力挽狂瀾。他要把一個由秦國統一起來的大帝國將來的施政綱領和政治藍圖均納入《呂氏春秋》的框架之中。其基本理念是：以陰陽學家的“五德終始”之說為統一的輿論和理論基礎，即秦為水德，合法地取代火德的周；以道家的無為精神，來約束未來的君主，不要對臣下過多地幹預；以儒家的政治學說來建設新王朝的政治體係和社會倫理思想及道德規範。
呂不韋對目前已經成為秦王的嬴政，似乎估計過低，或者簡直是以自己的兒子來對待。這從《序意》及《勸學》中反映得特別明顯。《序意》中有這麼一段話：
秋，甲子朔。朔之日，良人請問十二紀。文信侯曰：嚐得學黃帝之所以誨顓頊矣。爰有大圓在上，大矩在下，汝能法之，為民父母。蓋聞古之清世，是法天地。凡十二紀者，所以紀治亂存亡也，所以知壽夭吉凶也。上揆之天，下驗之地，中審之人。若此，則是非可不可無所遁矣。天曰順，順維生；地曰固，固維寧；人曰信，信維聽。三者鹹當，無為而行。行也者，行其理也。行數循其理，平其私。夫私視使目盲，私聽使耳聾，私慮使心狂。三者皆私設精，則智無由公。智不公，則福日衰，災日隆。
這是對秦王的教導。呂不韋自比於黃帝，將秦王政比作黃帝之孫顓頊。《序意》應該是《呂氏春秋》的序言，也說明呂不韋編《呂氏春秋》是有為之作。他要用這部書來指導即將脫離輔政之下的秦王政，讓他照本本去執政。一方麵垂拱無為，讓相國及大臣去治國；一方麵要減少殺機太濃的秦國政治氣氛，讓國家氣氛祥和一些，多些儒家氛圍，禮義揖讓，國強民富。這便是他的意圖，可以說有私心，也有公心。私心是相國之柄不失，大權仍攬；公心是朝廷及全國祥和通泰，一片安謐。這篇《序意》並沒有完，也可能有遺簡。
在《勸學》中，呂不韋指出：
忠孝，人君人臣之所甚欲也；顯榮，人子人臣之所甚願也。然而人君人親不得其所欲，人子人臣不得其所願，此生於不知義理。不知義理，生於不學。學者師達而有材，吾未知其不為聖人。聖人之所在，天下理焉。在右則右重，在左則左重。是故，古之聖王未有不尊師者也。尊師則不論其貴賤貧富矣。若此，則名號顯矣，德行彰矣……疾學在於尊師。師尊則言信矣，道論矣。
《勸學》中勸學什麼呢？學義理。以後多談的是尊師。此猶不足，然後又專增一章《尊師》，舉出了從神農、黃帝到文王、武王尊師的故事，又到齊桓、晉文、秦穆等尊師的故事，共“十聖人六賢者”。這不是一般的勸學，是勸帝王去學；不是一般的尊師，是讓帝王尊師。再具體一點，是讓年輕的秦王政去學義理，去尊師。義理在何處呢？在《呂氏春秋》。師是誰？是呂不韋。呂不韋便是神農之師悉諸，黃帝之師大撓，文王之師呂望，武王之師周公旦，如此類推。他是以帝王師自居的。《序意》中以父執輩自居，《勸學》、《尊師》中又以帝王師自居。父執與師長均希望後來的君主推行儒道之術。這便是呂不韋的私意。
呂不韋也許看到了青年秦王政的個性，所以才嘮嘮叨叨地反複教育這位年輕人，希望他改變世界觀，與自己一道推行儒道精神。但是，事與願違，秦王政九年（公元前238年），長信侯作亂，被已經親政的秦王政鎮壓了下去。秦王政十年（公元前237年），呂不韋免相，以後去了河南。秦王政十二年（公元前235年），呂不韋自殺，距他編成《呂氏春秋》僅四年。
（四）秦王政時期儒家的尷尬與災難
秦王政是一位貪權專製好大喜功的人，這是他的性格。他跟王翦學過軍事，又喜歡韓非的作品，而李斯又深得他信任。因此，儒家的思想並不被看重。呂不韋死後，儒家失勢了。秦王政二十六年（公元前221年），秦統一了全國。這時候，呂不韋雖死，但《呂氏春秋》中的一些觀點仍然被利用。利用的是《呂氏春秋》中的陰陽學派的“五德終始”學說，秦以水德取代周德，各項製度均與水德掛鉤：衣服旄旌節皆尚黑，數以六為紀，符、法冠皆六寸，輿六尺，六尺為步，乘六馬，更名河曰德水，以為水德之始。
另外，在秦王朝設博士七十人，其中不少人便是儒家的飽學之士，比如：伏勝，濟南人，故為秦博士，能治《尚書》，漢文帝時年已90餘歲；叔孫通，秦待詔博士，漢興，為高祖製朝儀，後為漢家儒宗；李克，秦博士，伏勝從其受《書》，屬儒家，子夏弟子；正先、羊千，秦博士等。而這些博士，卻是“特備員弗用”，也就是說隻是花瓶一樣的擺設，有時還不如花瓶。到秦末，博士也隻剩下了三十位。
秦始皇帝是一個很現實的人。他也用儒家及百家的語言，來為秦王朝作文字粉飾。他東行郡縣，在嶧山、泰山、琅邪、之罘、會稽刻石立碑時，也用過儒家及其他學派的語言。如《琅邪刻石》“端直敦忠，事業有常”；《之罘刻石》“皇帝明德，經理宇內，視聽不怠”，“作立大義，昭設備器，鹹有章旗”；《會稽刻石》“黔首脩□，人樂同則，嘉保太平”，等等。雲夢睡虎地秦簡的最晚年代在秦始皇帝三十年以後，其中的《語書》以及《為吏之道》中，也有許多儒家、道家的思想，甚至還有墨家的思想。始皇帝的現實，使他對待諸子的作法帶有明顯的實用觀點，這也決定了他處事的隨意性。在對待儒生的態度上便是這樣，想不到時不用，有些事需要了，便想起來了，就也用一下儒生。二十八年（公元前219年），他第二次出巡時，上鄒嶧山，曾會見了魯的諸位儒生，與之商談，刻石頌秦德。
於是，征從齊魯之儒生博士七十人，至乎泰山下。諸儒生或議曰：古者封禪為蒲車，惡傷山之土石草木；埽地而祭，席用□□，言其易遵也。始皇聞此議各乖異，難施用，由此絀儒生。
諸儒生既絀，不得與用於封事之禮，聞始皇遇風雨，則譏之。
好不容易碰到封禪大典，始皇帝召集儒生商量，結果嫌太麻煩，還不用。備員弗用，當花瓶，白拿奉祿已經很尷尬了，而興衝衝地出了主意卻不被用，豈不更尷尬？但是，這還不是最壞的待遇。
始皇帝三十四年（公元前213年），始皇帝在鹹陽宮召開宴會。周青臣仆射向始皇帝大唱讚歌。好話頌揚誰不愛聽，始皇帝很高興。但是，不識趣的博士淳於越在皇帝興頭上大唱反調，掃了始皇帝的興頭。這時，李斯乘機向儒家發難，不但駁斥了淳於越，而且引申了這件事的背景，提出了焚書的意見：
今天下已定，法令出一，百姓當家則力農工，士則學習法令辟禁。今諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首。丞相臣斯昧死言……今皇帝並有天下，別黑白而定一尊。私學而相與非法教，人聞令下，則各以其學議之，入則心非，出則巷議，誇主以為名，異取以為高，率群下以造謗。如此弗禁，則主勢降乎上，黨與成乎下。禁之便。臣請：史官非《秦紀》則燒之；非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者，悉詣守、尉雜燒之；有敢偶語《詩》、《書》者棄市；以古非今者族；吏見知不舉者與同罪；令下三十日不燒，黥為城旦；所不去者，醫藥、卜筮、種樹之書；若欲有學法令，以吏為師。