第一節 卸行政院長任
1949年12月8日上午10時左右，在由遠及近的隆隆炮聲中，閻錫山與他的內閣成員同乘一架飛機，由成都機場起飛，越過台灣海峽，飛向東南方的那個孤島。匆忙之中，他顧不上抒發留戀的情感，也不會想到這就是他與大陸的生離死別。
上島之際，台灣正處在嚴重的危機之中，生產衰退物資匱乏；政治混亂人心渙散；軍事無方兵敗卒殘；外交窮蹙美援斷絕。麵對艱難的處境，閻錫山不灰心，不喪氣，表現出的仍然是一如既往百折不回的精神。
到台當晚，閻錫山即在寓所招待記者，宣告“政府今起遷台辦公”，“今後，政治中心移至台灣，軍事方麵將加強遊擊戰，實行全麵的戰略”。
其後，他迅速擬定出“保衛台灣海南島收複大陸計劃案”，提出“實行民眾路線，建立海陸兩個麵的戰法，以對付‘共匪’的船海戰術之來攻”。選訓所謂“革命種能幹部”，為“收複大陸”進行政權骨幹的準備。同時，積極配備台灣地方幹部，建設“反攻”大陸基地。
在初遷台灣的忙亂中，50年代的第一個新年悄然而至。元旦這天，閻錫山忙得不亦樂乎：9時，到台北市杭州南路28號與舊屬舉行團拜；10時，到中山堂主持中央府、院各部會及地方政府團拜；同時，發表“中華民國三十九年元旦獻詞”、“中華民國三十九年元旦告全國民眾書”、“中華民國三十九年元旦告陸海空軍將士書”。團拜之後，即到行政院布置工作，決定“著手起草第三次大戰怎樣打，勝利後必須如何才能奠定永久和平的基礎，中國如何準備第三次大戰”。
閻錫山真心地希望這個忙碌的新年，能給他和他的政府帶來好運。然而，蔣介石卻不容這種美好的願望繼續下去。
在不斷的矛盾衝突中，代總統李宗仁看透了蔣介石獨掌大權的居心，自1949年11月11日飛返桂林後，一直稱病不出，輾轉去美國做了寓公。1949年12月15日，李宗仁致函閻錫山，稱：“仁以胃疾劇重，亟待割治，不得已赴美就醫，以一個月為期，即當遄返。在仁出國之短暫時期，請兄對中樞軍政仍照常進行，至於重大決策，盡可隨時與仁電商。”把一個處處受蔣介石掣肘的爛攤子甩給了閻錫山。
李宗仁這一招，實際上是把閻錫山推進他與蔣介石的是非圈中。閻錫山與蔣介石由於出身與經曆的迥異，從思想方法到處事原則都極不相同。加上在曆史上的過節，寄人籬下與權力中心地位的差別，閻錫山雖然抱定了聽命於蔣的態度，但仍不能見諒於蔣。
在閻錫山不遺餘力為扭轉時局作最後努力的同時，蔣介石在李宗仁長期不視事的情況下，加緊進行複出的準備。蔣介石既要複出，人事上鋪平道路是第一要務。閻錫山當初是作為蔣李衝突的緩衝人物出掌中樞的，衝突一方既已自行退出，緩衝自然成為多餘。
到台灣之後不久，閻錫山就敏感地察覺到了這個問題。元旦過後，來訪的徐永昌提議：“今日代人受過，不應當再繼續下去，應拿出一個作法來，能行則作，不能行則辭。”他即明確表示：“拿上作法決定去留，有要挾之嫌，且我承應長行政院因當時情況險惡，我若不來作緩衝，當時即直接衝突。今則團結工作已告一段落，應以‘扭轉時局無方，寸土必爭無術’而辭之。”
然而，不等閻錫山主動請辭，蔣介石就動手了。1月25日，在蔣介石的操縱下，國民黨中央非常會議決定：辭去閻錫山國防部長兼職，由參謀長顧祝同兼代。同時，撤換了閻錫山內閣的交通部長、中央銀行總裁。
麵對蔣介石一手導演的“逼宮”遊戲，閻錫山何嚐不知冷暖。2月9日，無可奈何的閻錫山向來訪的總裁辦公室秘書長黃少穀表達了辭職之意，聲言：“人事國事，惟命是從。自己出處，應由自主。”
閻錫山自請辭職，在蔣介石來說是求之不得的。但他的總統職位還沒有恢複，大的人事調整還需要假以時日，隻能暫時曲意挽留。
半個月以後，蔣介石自認複出的時機成熟。2月23日，國民黨中央非常會議決議通過請蔣介石早日恢複行使總統職權的決議案。24日，立法院決定由全體委員電請總統複職視事。25日，監察院提出彈劾李代總統案。文章做足之後，3月1日，蔣介石在台北發表文告，宣布複職。
蔣介石既已複職，閻錫山去職之日也就到了，剩下的隻是一個程序問題。3月6日，國民黨中常會臨時會議通過閻內閣總辭職，同時提名陳誠出任行政院長。3月10日，蔣介石發布“總統台總字經217號令”，準予行政院長辭職。
3月15日，閻錫山出席國民政府舉行的新舊內閣交接儀式，正式卸行政院長任，最終結束了他在權力的漩渦中打轉轉的曆史。
第二節 一片讚譽
在國民黨大陸統治的最後半年裏，閻錫山臨危受命，出掌行政院、國防部，行政軍務一肩挑，一身二任，勉力撐持，沒有功勞也有苦勞。卸任之後，雖然難免“一手斷送大陸江山”的責難，總體上還是褒大於貶，讚譽連連。
1950年3月15日新舊內閣交接儀式的當天，《大華晚報》以“惜別閻伯川”為題，作了報道。報道中對閻錫山極盡讚譽，稱：“閻內閣是戡亂戰事進入‘敗勢’以後最孚眾望的一任內閣，他的聲望又以廣州撤退之前為最高潮。那時閻先生鑒於團結矛盾已變成難以解開的死結，曾萌去誌；而在廣大人民群眾中湧起的擁戴挽留的熱情，是多年來的政局所罕見的，可以說還沒有一任行政院長，能夠得到如此宏博真摯的‘人望’。”
1953年2月，在紐約《生活雜誌》裏，有人撰文盛讚閻錫山在行政院長任內對國民黨政府所做的“貢獻”。文章說：“他，閻錫山將軍，像個激流裏身負泰山的愚公，他不避一切的艱險與困難，一定要把中華民國政府，從風雨飄搖中遷移到安全地帶，由廣州到重慶，由重慶到成都，複由成都到台灣。這一時期的軍事、政治、經濟與社會人心，其混亂的程度，自不待說，而中央政府每到一地，立足未穩，又行遷移的情形，正如同一個王室的流亡王子一樣。然而，閻錫山將軍，有著堅強不屈的意誌，他一如保衛太原一樣，他秉承著天賦予他的革命精神，把中華民國的中央政府，從容地遷移到台灣，建立起鞏固的根據地，繼續從事反共複國的革命大業。”
1954年2月19日，蔣介石在第一屆國民大會第二次會議的報告詞中對閻錫山的功績進行表彰，報告說：“自三十八年底及三十九年初，赤焰滔天，挽救無術，人心迷惘，莫可究極，甚至敵騎未至，疆吏電降，其土崩瓦解之形成，不惟西南淪陷，無法避免，即台灣基地，亦將岌岌欲墜，不可終日。當此之時，中央政府幸有閻院長錫山，苦心孤詣，撐持殘局，由重慶播遷成都，複由成都遷移台灣，繼續至當年三月為止，政府統緒，賴以不墜者，閻院長之功實不可泯。”