以上各個層次之間存在著內在的聯係，相互滲透形成一個較為完備的整體。因此，學習和運用鄧小平理論，要從總體上、相互聯係上和精神實質上去全麵準確地理解和把握鄧小平理論的科學體係。
（二）建設社會主義的思想路線
粉碎“四人幫”之後，在開創社會主義建設新局麵時，鄧小平號召全黨解放思想，實事求是；並且鮮明地提出對社會主義也要解放思想。在改革開放和現代化建設中的每項重大決策中，都體現了解放思想、實事求是。解放思想、實事求是貫穿鄧小平理論的全部內容，也是鄧小平社會主義思想的靈魂。
解放思想、實事求是的思想路線的重新確立，有力地推動和保證了撥亂反正的進行。“文化大革命”結束後，剛剛開始進行撥亂反正，就遇到了“兩個凡是”的障礙。為了衝破禁錮，打開局麵，鄧小平領導和支持關於實踐是檢驗真理的惟一標準的大討論，強調毛澤東思想的精髓是實事求是。1978年召開的十一屆三中全會，是我們黨的曆史上有深遠意義的偉大轉折，是鄧小平理論創立的起點。鄧小平為這次會議作準備所作的《解放思想，實事求是，團結一致向前看》的講話，實際成為十一屆三中全會的主題報告，是開創我國社會主義事業發展新時期的宣言書。解放思想、實事求是思想路線的重新確立，使廣大幹部和群眾從過去一個時期盛行的個人崇拜和教條主義的精神枷鎖中解脫出來，黨內外思想活躍，出現了努力研究新情況、解決新問題的生動景象。
解放思想、實事求是的思想路線的重新確立，有力地推動和保證了改革開放的順利進行。建設有中國特色社會主義，是一項前人未曾實踐過的偉大事業，不解放思想就不可能探索出一條好路。全麵改革要求我們重新審視長期形成的傳統觀念，使我們的思想從那些被實踐證明為不合乎實際、不合乎時代進步、不合乎社會發展規律的條條框框中解放出來。改革開放過程中，在實行家庭聯產承包責任製、創辦經濟特區、引進外資、提出社會主義初級階段和社會主義市場經濟理論問題上，都有過不同意見和各種顧慮。由於堅持了解放思想，實事求是，用事實說話，逐步澄清了是非，統一了認識，轉化成為行動。1992年初鄧小平的南方重要談話，就是全麵改革進程中思想解放的科學總結，是開創社會主義現代化建設新階段的宣言書，也是鄧小平理論的成熟之作、代表之作。
解放思想、實事求是是克服各種幹擾，使社會主義永葆蓬勃生機的法寶。建設有中國特色社會主義，會遇到“左”的和右的幹擾，會遇到新情況新問題的困惑。過去，我們靠解放思想、實事求是，排除了“兩個凡是”的僵化觀念，批判了資產階級自由化，跳出了姓“資”姓“社”的怪圈。今後我們黨領導的建設有中國特色社會主義事業，要發展、要前進，還必須靠解放思想、實事求是。
堅持解放思想、實事求是的思想路線和思想作風，是黨順應時代前進潮流、永葆先進性的根本要求。解放思想、實事求是永無止境。世界在變化，我國改革和建設在推進，人民群眾的偉大實踐在發展，迫切要求我們進一步解放思想、實事求是。解放思想、實事求是，就是要毫不動搖地貫徹以經濟建設為中心，堅持四項基本原則，堅持改革開放的基本路線，按照實踐是檢驗真理的惟一標準，堅持用“三個有利於”判斷各項工作的是非得失，自覺地把思想認識從那些不合時宜的觀念、做法和體製的束縛中解放出來，從對馬克思主義錯誤的和教條式的理解中解放出來，從主觀主義和形而上學的桎梏中解放出來，使我們的思想和行動更加符合客觀實際，使黨的路線方針政策更加符合社會主義初級階段的國情；就是要按照馬克思主義的實踐觀點和發展觀點，研究新情況，解決新問題，正確認識和妥善處理生產力與生產關係、經濟基礎與上層建築的矛盾，不斷把各項改革推向前進；就是要以寬廣的眼光觀察當今世界和當代中國，以與時俱進的思想觀念和奮發有為的精神狀態開展工作，不斷推動理論創新、製度創新、科技創新和其他方麵的創新。
解放思想、實事求是，必須把堅持馬克思主義基本理論同豐富和發展馬克思主義統一起來。要樹立強烈的創新意識，總結新鮮經驗，積極進行理論概括，正確回答實踐中迫切需要解決的問題，不斷推進馬克思主義的中國化，豐富和發展馬克思主義，增強馬克思主義的說服力和戰鬥力。
解放思想、實事求是，必須堅決克服各種錯誤思想傾向的幹擾。要警惕右，主要是防止“左”。
（三）建設社會主義的根本問題
什麼是社會主義、怎樣建設社會主義，是鄧小平在領導我國改革開放和現代化建設過程中，不斷提出和反複思考的首要的基本理論問題，是鄧小平理論的主題。
這一問題為什麼會成為鄧小平理論的主題呢？首先這一問題是社會主義實踐的最重要的經驗教訓。回顧十一屆三中全會以前的曆史，我國30年的社會主義實踐取得了很大成績，但也出現了許多失誤，甚至出現了像“文化大革命”那樣全局性、長時間的失誤，付出了沉重的代價。這些失誤，有的是經濟上的，有的是政治上的，有的是文化上的，但歸根到底都有一個思想認識和理論根源，這就是鄧小平所揭示的，我們的經驗教訓有許多條，最重要的一條，就是要搞清楚什麼是社會主義、怎樣建設社會主義。其次，這一問題貫穿改革和建設的全過程。黨的十一屆全會以來的撥亂反正、全麵改革，實則是逐漸搞清楚這個問題的過程，而且這個過程還會繼續下去。因為人們對社會主義怎樣理解、怎樣認識，直接影響和指導人們的社會主義實踐，直接影響到製定和采取什麼樣的建設社會主義的路線、方針、政策、辦法。社會主義現代化建設每前進一步，都要以解放思想作先導。而解放思想主要也體現在對什麼是社會主義、怎樣建設社會主義的問題上。最後，鄧小平闡明的我國社會主義發展道路、發展階段、根本任務等基本問題，也都是圍繞這一根本問題展開的，因而構成了這一理論體係的主題。
鄧小平是如何解決這一主題的呢？“什麼是社會主義、怎樣建設社會主義”，是一個問題，也是兩個問題。說它是兩個問題，因為“什麼是社會主義”問題，是對社會主義的理解、認識問題，屬認識範疇。“怎樣建設社會主義”問題，是按照我們對社會主義的認識進行的建設實踐，屬實踐範疇。說它是一個問題，因為兩者都講的是社會主義，都存在有認識和實踐問題，兩者又存在著不可分割的聯係。總之，它是社會主義這個大問題的兩個方麵，即中國社會主義建設理論與實踐問題。鄧小平總結社會主義曆史經驗，認為搞好社會主義，取決於兩個重要條件：一是對社會主義的“正確理解”，二是采取“正確政策”，實際上就是要真正搞清楚“什麼是社會主義、怎樣建設社會主義”。“什麼是社會主義”，要求我們從本質上理解社會主義。鄧小平在南方談話中概括了“社會主義的本質，是解放生產力，發展生產力，消滅剝削，消除兩極分化，最終達到共同富裕。”這一概括是我們黨認識社會主義最重要的理論成果，消除了長期以來對社會主義的種種誤解，進一步明確了社會主義的根本任務是發展社會生產力，對建設有中國特色社會主義有重大的政治意義、理論意義和實踐意義。“怎樣建設社會主義”，要求我們必須在實踐中采取正確的路線、方針、政策。鄧小平特別強調社會主義要實行改革開放的政策。鄧小平理論緊緊圍繞這個首要的基本問題，深刻揭示社會主義的本質，係統回答了中國這樣一個經濟文化落後的國家如何建設、鞏固和發展社會主義的一係列基本問題，開辟了建設有中國特色社會主義的新道路。
（四）有中國特色社會主義的發展道路
社會主義的發展道路，就是尋找適合中國國情的社會主義建設的新路子、新途徑。我們黨確立的社會主義初級階段的基本路線，體現了社會主義本質的要求，反映了中國社會主義發展的根本規律，指明了有中國特色社會主義的發展道路，是建設有中國特色社會主義理論和實踐的總綱。