二月初五，蒙古軍隊在臨安皇城裏舉行了受降儀式，趙隰宣布正式退位。三月二日，伯顏以勝利者的姿態進入臨安。元世祖下達詔書，要伯顏送宋朝君臣速往大都朝見。
多情自古傷離別。無奈的趙隰隻好同母親全氏和少數侍從離開臨安，踏上前往大都的路程。謝太皇太後因有病在身，並未同行，但不久也在元軍的逼迫下啟程北上。
南宋殘餘勢力在福建、廣東抗元。1279年，陸秀夫攜年僅八歲的小皇帝趙昺在崖山蹈海自盡，南宋最終滅亡。
曆盡劫波後被殺
宋恭帝趙隰以及皇族的其他人員被擄到大都後，忽必烈召見了趙隰，並封他為瀛國公。全皇後、謝太皇太後也都被封了爵位，基本上都得到了較好的安置。南宋不同於金國，蒙古人對南宋並沒有直接的仇恨，金國被蒙古滅掉後，完顏皇家宗室被全部殺死，一個也沒留。但南宋趙氏、皇親投降了元朝後，都保全了性命。
在大都，趙隰雖然仍然還過著衣食無憂的生活，但處處被監視著，寄人籬下的滋味很不好受。文天祥在談判中被扣留後，偷偷逃回江南，並再次舉兵反元，一時江南以至中原各地群起呼應。元軍派遣40萬大軍進剿。兩年後，文天祥在廣東被元將張弘範俘虜。鑒於文天祥在民間的巨大影響力，忽必烈想招降他以安定人心。先後派張弘範、原南宋左丞相留夢炎招降都不成，隻好把趙隰叫去勸降文天祥。
身陷囹圄的文天祥看到幼小的“先皇”來到，情不自禁地痛哭流涕，跪倒在地，隻說了四個字，“聖駕請回”。趙隰一看這情形，呆在那裏，也不知道該說些什麼，連獄卒都為文天祥垂淚，招降之事隻能不了了之。後來元朝丞相孛羅、忽必烈本人都無法勸降文天祥。文天祥後被押解到柴市刑場，引頸就刑，從容就義，年47歲。文天祥死後，忽必烈曾惋惜說：“好男子，不為吾用，殺之誠可惜也。”
春去秋來，光陰荏苒。元至元十九年（1282），已經12歲的趙隰在北京被幽禁6年後，又被遣送到上都開平。在開平又幽禁6年後，至元二十五年（1288），忽必烈賞賜他“鈔百錠”，命令他出家，到遙遠的吐番去學習佛法，其母全皇後也被令出家為尼。
吐番即西藏。趙隰正式在西藏喇嘛廟裏出家，得法號“合尊”，此後潛心學習藏文。由於天賦聰穎，趙隰很快就在藏佛界嶄露頭角，在佛學方麵造詣頗深，並擔任過薩迦大寺的總持，成為當時西藏的佛學大師，他還成為了把漢文佛典譯成藏文的翻譯家，翻譯了《百法明門論》與《因明入正理論》，且在譯書的扉頁留下了題字，自稱“大漢王出家僧人合尊法寶”，被藏族史學家列入翻譯大師的名單，成為青史留名的一代佛學宗師。
元英宗至治三年（1323年），趙顯寫了一首給他帶來殺身之禍的詩：
寄語林和靖，梅花幾度開？
黃金台下客，應是不歸來。
這首詩充分表現了他對南宋王朝的思念之情，他想起了西湖孤山的梅花，想到了兩百年前在那裏栽種梅花的林和靖，“黃金台下客，應是不歸來”十字，似乎想說明他是元人黃金台下的客人，受到的是禮貌的待遇，而並非是什麼俘虜，不打算回臨安去了，事實上是命中注定不可能回的去了，他這裏很清楚自己的處境，“應是不歸來”的應是二字，包含著“無可奈何”的感情，二十個字平淡中隱含著無限的悲戚之意，讀來令人百感交集。
此詩觸犯了文字獄。被元朝皇帝發現，大怒，遂下令於至治三年（1323）四月賜死趙隰，這一年53歲。從18歲到了西藏，至53歲身亡，算下來，他在西藏定居了35年，其間再也沒有踏入魂牽夢繞的故園江南！關於宋恭帝趙隰的結局，漢文《佛祖曆代通載》有這一句：“至治三年（1323年）四月賜瀛國公合尊死於河西詔僧儒金書藏經。”