一方麵，它會重新加強美國對台灣現狀承擔的所謂“義務”，虛化近年來中美關係通過首腦互訪在解決台灣問題爭議上所取得的進展，特別是會虛化1998年6月克林頓訪華期間宣布的在台灣問題上的“三不”政策。克林頓的“三不”對在台灣問題上約束美國遵守中美“三個聯合公報”原則，逐步促使穩定、建設性的中美關係朝著有利於中國統一的方向發展具有重大意義，也是自1982年“八·一七公報”簽署16年以來，中美在台灣問題上所取得的又一次積極進展。雖然TMD入台與克林頓“三不政策”沒有直接的關係，但卻會造成美國在政治和外交上繼續支持台灣對大陸中國實行強硬政策的“認識”，至少將會平衡克林頓“三不政策”使台灣所麵臨的壓力。另一方麵，TMD擴展到台灣，會使得大陸對台灣的所謂“軍事威脅”，特別是“導彈威脅”，成為一個起碼在美國方麵受公認的事實，兩岸關係從一個側麵也就自然被宣布成了一種“威脅”與“被威脅”的關係，台灣近幾年來大打的“安全牌”就有了更大的餘地。這在政治上和外交上非常不利於我們對台灣所開展的“和平統一”攻勢。美國學者也表示，即便TMD入台不會給台灣提供實質性的導彈防禦係統，但卻會實質性地弱化中國大陸阻止台灣走向獨立的能力。[50]
保持對台灣適度的軍事壓力，既是為了以壓促統，更多地則是要威懾台灣的分離主義勢力，希望台灣不要在分離主義的道路上越走越遠。對這一點，美國不是沒有意識到。2000年3月18日台灣“大選”之前，兩岸關係非常緊張。盡管如此，美國方麵還是表示，不存在發生戰爭的可能性。美國目前最擔心的是兩岸真的被迫走到兵戎相見的地步。因此，美國不會輕易作出刺激兩岸任何一方的事情來，美國同樣不想充當“麻煩製造者”。但問題是，對台軍事壓力與“和平統一”政策如何巧妙地協調，是一個非常有技巧性的問題。
（3）TMD所帶來的台灣軍事力量的長足進展，很有可能誘發兩岸軍備競賽，促使台灣海峽局勢進一步動蕩。
如果台灣在獲得TMD武器技術後在兩岸軍事態勢上處於戰略優勢，而台灣島內政治局勢的發展又很可能趨向台灣獨立，這兩者的結合可能導致的前景將必然是中國必須認真思考的問題。台灣現在竭力想購買美國的“宙斯盾”戰艦，就是為了防範中國大陸的巡航導彈。2000年2月，第一艘“現代級”驅逐艦已經交付中國海軍。台灣目前將該類型戰艦視為對台灣海軍海峽防禦能力的威脅。而“宙斯盾”戰艦一旦在台灣成軍，台灣認為不僅可以為加入NTW或者NAW做準備，而且也將有利於台灣獲得對大陸海軍實力加強後的平衡能力，利用“宙斯盾”軍艦上的“標準”導彈係統，壓製“現代級”戰艦對台灣的海上“威脅”。兩岸軍備競賽的升級隻會促使兩岸的軍事對峙進一步增強，中國大陸方麵將不得不采取針對性的行動，加強對台灣進攻性武器的部署。其結果，軍事因素而不是接觸與談判的和平因素在兩岸關係中進一步發揮主導作用。軍事因素在兩岸關係中的地位上升，和平談判的進程自然就會受到最大的衝擊。由此帶來的問題是，兩岸在建立軍事互信和軍事交流等方麵的建設性舉措就會更難以成行。兩岸激烈的軍事對峙甚至可能引發“擦槍走火”之類的突發性事件產生，從而危害台灣海峽地區和整個東亞和平。為此，中國外交部發言人明確提出，TMD入台“將直接影響到台灣海峽地區的安全”[51]
更進一步來說，台灣獲得TMD也將迫使中國政府不得不考慮和作出某些新的選擇，以便為了維護領土和主權應付今後可能出現的各種變化。其中的選擇之一就是采取某種“預防性”的行動，或以中國自己的方式提前解決台灣問題。[52]而真到了這一步，對兩岸關係絕對是一種災難。但這種災難的起因卻是由台灣和美國所挑起的。台灣媒體也引用中方人士的話報道說，台灣加入TMD，很可能導致中國大陸不得不加大對台灣的軍事部署，提高用武力解決台灣問題的可能性。[53]
（4）如果因為TMD擴展到台灣，台灣將進一步密切與美日東亞安保體係的關係，並在無形中成為美日安保機製的一部分。中國在台灣問題上有可能的政策選擇將會被大大壓縮，在統一問題上主動權就會被進一步削弱。