在此之後，台灣在參謀部之下專門設置了一個部門，具體負責TMD的評估。台灣國防部也加強了其下屬的“增進聯合防空小組”職能。8月，台灣“參謀部”決定對台灣向美國的軍購政策作出重大調整。未來數年內，台灣的軍購重點將放在“軟件”需求，而非武器裝備等“硬件”需求。這主要是為了減緩台灣已經成軍的“二代兵力”的規模發展，而將更多的錢花在想要的高精尖武器係統以及操作水平的提高上。例如在海軍方麵，台灣急於想獲得來自美國的“二代二級艦”的技術協助。同時，加速台灣對“二代兵力”的消化、吸收和掌握。這樣的軍購政策調整的背後，是台灣希望在軍購問題上繞開中國對美國所施加的壓力，便於美國國務院更好地作出台灣所要求的“售台”武器決定。例如，克林頓訪華之前，由於中國的反對，美國曾一度暫停向台灣出售DMS毒刺式導彈。
1998年9月底到10月初，美國參眾兩院相繼通過了要求將台灣包括在TMD係統部署範圍之內的1999財政年度國防授權法。隨後，一向主張加入TMD的“參謀總長”唐飛訪問美國，和美國軍方協商了台灣加入TMD聯合研製的問題。從美國回來後的唐飛在TMD問題上“態度開放”，被台灣媒體形容為台灣TMD“局部複活”的關鍵。唐飛在台灣首度透露了美方希望台灣加入TMD的可能性，即台灣可以先加入TMD中的低空層導彈防禦係統，這一方麵經費應該是在“允許的範圍之內”；同時唐飛強調，雖然TMD係統還處在研製過程中，目前還處在“概念階段”，但台灣必須為裝備TMD係統作出基礎工作。[31]隨即“TMD熱”浮出水麵，台灣加速了向美國TMD靠攏的進程。
蔣仲苓10月1日在台“立法院”國防委員會答詢時說，要評估台灣加入TMD係統的可靠性。11月2日，台國防部發言人表示，雖然現階段對台灣是否加入TMD不作任何評論，但“建立彈道導彈防禦係統是當前的建軍重點”[32]。12月1日，這位發言人又提出，台灣方麵希望要的是以低空導彈防禦為主的TMD係統，即以PEG-3和“宙斯盾”係統為主。此一係統一旦在TMD中提升成功，台灣如果得到，可以在其現有的武器裝備的基礎上加以接納，對台灣來說，在經費負擔、性能可靠性上均較為可行。這位發言人還強調：“天下沒有白吃的午餐，今天如果不參與，未來參與付出的費用可能更昂貴。”[33]
到1998年12月，台灣當局上下基本形成了參與TMD的“共識”，讚成加入TMD成為主流。台灣當局決定建立以TMD為首的導彈防禦係統已如“箭在弦上”。特別是以民進黨為代表的“獨派”議員和政治人士，在台灣“立法院”等各種場合，要求台灣加入TMD，來對抗大陸對台灣的軍事壓力。在1998年以前，台灣在導彈防禦能力建設方麵到底是立足於自身發展還是借助於加入美國的TMD係統一直存在著爭論。到1999年上半年台灣就TMD問題作出基本決定之後，這一爭論已經結束。台灣“國防部”也受命就準備加入TMD擬訂方案和采取具體的應對性行動。1999年，唐飛領導下的台灣“國防部”在李登輝當局的支持下，就台灣加入TMD係統作出一係列的重要決定。
（1）台灣一改以潛艇為優先的海軍建軍策略，轉而向美國提出購買4艘裝備有先進的“宙斯盾”級軍艦，為此，不惜停止台灣現有“二代艦”建造，保證“宙斯盾”艦采購所需費用。台灣此舉，就是要配合參與美國主導的TMD東亞防禦係統，是台灣竭力想要擠進TMD的具體步驟之一。“宙斯盾”軍艦上本身配備有中、低空反導彈係統，它也可以同“愛國者”係統相互配合，為台灣已經裝備的“愛國者Ⅱ型”提供更大的導彈搜索、跟蹤支持。最重要的是，美國現有TMD構想中的“NAD”（“海軍區域反導彈係統”）以及“NTWD”（“海軍全戰區導彈防禦係統”）都是以“宙斯盾”軍艦為發射平台。這兩個係統的到位就是對“宙斯盾”軍艦進行配備TMD係統的改裝。因此，將對美軍購的重點從潛艇等轉向“宙斯盾”軍艦，是近年來台灣軍事力量建設轉向導彈防禦的開始，也是台灣在技術上為加入TMD係統所做的實際準備工作。1999年4月，台灣軍方決定將原屬於空軍的C-2S預警機撥歸海軍管理和使用。這是台灣軍事力量向導彈防禦方向發展的另一個重要信號。
（2）1999年以來，台灣當局不斷地為加入TMD做各種各樣的準備。3月23日，台灣空軍“副參謀總長”證實，台灣已經編列了260億新台幣預算，準備在2001年起建立新式“長程雷達預警係統”，該係統將使得台灣的軍事偵察範圍超過1000公裏，並且具有對目標導彈飛行軌跡精確的計算能力。[34]為此，購買該型雷達成為1999年美台軍購磋商的重要內容。1999年3月底，就在美國TMD係統中的PAC-3首次飛行試驗成功後不久，台灣就迫不及待地宣布將花3.58億美元，向美國購買200枚PAC-3導彈，花10億美元來購買PAC-3攔截支持係統，以便將台灣導彈防禦的覆蓋麵從PEC-2係統防衛的台北，擴大到台中和南部的高雄。此舉也是台灣為了建立可以覆蓋台灣全境的低空層導彈防禦能力。在今後若幹年內，圍繞著TMD及其反導彈武器係統建設，將是台灣軍備發展和對美軍購的重點。
（3）台灣對海軍低空層導彈防禦係統（NAW）有濃厚的興趣，同時，台灣支持美國國防部亞太TMD建設選擇報告中有關海軍高空層戰區導彈防禦係統（NTW）有利於台灣建立多層次導彈防禦能力的判斷。[35]
綜觀台灣方麵形形色色的觀點和意見，支持台灣加入TMD的理由主要有以下幾個方麵：
（1）由於大陸的“導彈威脅”日益升高，台灣加入TMD是一項必要的反製“導彈威脅”的軍事選擇。
台灣當局認為，大陸部署的“M族”導彈是對台灣威脅最迫切的武器。這些導彈都可以實行機動部署，發射的反應時間在30—40分鍾之內，隱蔽性強而且命中精確度高。在經過由俄羅斯技術協助的全球衛星定位技術改良之後，其中的DF-15的命中精確度甚至可以達到15米，是當今世界最精確的戰區導彈之一。[36]而且，台灣方麵認為，大陸在巡航導彈技術方麵近年來也有長足進步。今後，為了進一步爭取對台灣的軍事作戰行動的勝利，命中精確度更高的巡航導彈將是大陸未來研製和對台灣作戰部署的重點。在“打贏高科技條件下的局部戰爭”原則的指導下，大陸未來對台灣的軍事作戰行動肯定將以導彈來首先打擊台灣的軍事指揮係統、預警係統和各種軍事作戰力量。[37]台灣如果沒有導彈防禦係統，將在與大陸可能的直接軍事衝突中處於劣勢，因此，導彈防禦對台灣來說刻不容緩。[38]
（2）台灣現有的導彈防禦能力無法有效防範中國大陸的導彈威脅，而未來的出路也隻有緊緊地同美國綁在一起。
台灣方麵認為，台灣現有的“愛國者Ⅱ”反導彈係統隻具有部分彈道導彈的攔截能力，充其量隻能攔截最大飛行速度為6馬赫的彈道導彈。而大陸所具有的DF-3和DF-4等中程導彈的飛行速度可以達到10馬赫，“愛國者Ⅱ”就根本無法攔截了。而且“愛國者Ⅱ”的攔截命中率隻有10%—20%，如此低的攔截能力，無法應付來自大陸的“導彈威脅”。“愛國者Ⅱ”的防禦範圍也十分有限，隻能防衛大台北地區，對於台灣的軍事設施、港口、機場等，防衛非常困難。如果想要進一步提升台灣的導彈防禦能力，台灣必須與美國合作。沒有美國在技術上的支持，或者美國直接批準台灣的軍購，靠台灣自己的研製能力，充其量隻能是某種低空層的導彈攔截係統，根本無法獨立完成和掌握高空層上的導彈攔截技術。即使台灣能夠自行研發出低空層的導彈攔截係統，其預警和目標跟蹤係統與通訊、控製、指揮和管理係統仍然需要從美國進口。更重要的是，彈道導彈攔截往往需要衛星全球監視和跟蹤、定位係統。台灣在1998年才研製並委托發射了首枚商用和科學試驗衛星。軍用衛星的發展和部署還不知要到什麼時間。這些條件決定了台灣必須在導彈防禦能力方麵緊緊依靠美國。