其次，朝鮮1998年8月31日的“大埔洞1號”導彈發射激起了美日韓三國強烈反應，客觀上也為美國加速TMD聯合研製和在東亞的部署製造了借口。1998年9月，日本政府結束了近兩年來在TMD問題上的猶豫，宣布加入與美國聯合研製TMD的行列。美日等國不惜誇大朝鮮的導彈威脅，為在東亞加強軍備、加強美日安保協調和加速研製並部署TMD尋找理由。自1999年秋天以來，美國無論是TMD研製的迫切性和重視程度，還是TMD與東亞的聯係，以及TMD在美國東亞安全戰略中的作用，都明顯地提高了。在與中國方麵就TMD的會談中，美國也由原來的猶豫，轉向了強硬，給中國留下了一個明顯的印象：縱然中國強烈反對，美國也將把TMD擴展到台灣。美國以為，如同1992年布什政府向台灣出售F-16戰機一樣，TMD是一顆中國將不得不“吞下”的苦果。[17]1999年1月12日，美國國務院發言人魯賓在記者會上提出，由於中國全盤反對TMD，不但反對TMD與台灣掛鉤，也反對美日TMD聯合研製，TMD不是美中談判的一個話題。當天，陸士達在國會聽證會上也表示，確實存在著中國大陸對台灣的嚴重“導彈威脅”問題，美國不能讓東亞有關國家坐等威脅。美國在TMD問題上的傲慢主張，不僅顯示美國主張將台灣納入TMD的可能性在加大，而且也為中美關係蒙上了新的陰影。
第三，台灣當局見縫插針，利用中美TMD爭執和美國國會的親台傾向，改變TMD政策，從原來的冷淡、猶豫，轉向積極爭取擠進TMD聯合研製進程。台灣原來一直認為TMD是一個“錢坑”，在是否加入TMD問題上猶豫不決，充其量隻是要求美國軍方予以谘詢和說明，台灣內部也一直在進行是否值得加入的評估工作。但1999年10月下旬之後，台灣的TMD政策起了變化，希望利用中美之間的TMD衝突，擴大台灣對美國的政治影響，進一步發展美台軍事合作，提升美國對台灣的外交、政治和軍事支持。在這樣“挾洋自重”心態的影響下，台灣出現了向加入美台TMD研製全速靠攏的動向。
在上述因素的作用下，進入1999年後，中國政府被迫加大了在TMD問題上的反擊力度，向美國發話，警告美國不要將台灣納入TMD係統的政府官員的層次越升越高，為了TMD與美國翻臉與台灣反目的決心也越來越堅決。1月，中國外交部軍控司司長沙祖康在紐約出席卡內基和平與裁軍研討會時，就中國反對TMD和TMD與台灣掛鉤第一次向媒體係統地闡述了中國的觀點。當月，海協會副秘書長孫亞夫率領的旨在向美國說明中國兩岸問題政策的代表團也在華盛頓表示，TMD擴展到台灣，中美之間的“八·一七公報”就不存在了，這將嚴重損害中美關係。中國的媒體也同時掀起了大規模的反TMD宣傳活動。3月初，江澤民主席在會見到訪的美國國務卿奧爾布賴特時發出警告，TMD擴台，將使“中美關係發生嚴重倒退”[18]。朱鎔基總理在3月15日中國九屆人大二次會議閉幕後的記者招待會上，痛陳TMD如果一旦擴展到台灣，將是對中國領土和主權的粗暴侵犯。[19]
美國鑒於中國對TMD入台的強烈反應，從美中關係、東亞地區穩定和兩岸局勢出發，采取了低調和和緩的態度來處理TMD入台的問題。美國內部對是否將TMD擴展到台灣也存在著不同的爭論。美國國務院和國家安全事務委員會傾向於不將台灣納人TMD聯合研製，而國防部則對此持反對意見。[20]為了避免給美中關係造成大的震蕩，白宮最終決定暫時不明確宣布將台灣納入TMD係統，但對中國方麵也拒絕作出不將台灣納入TMD係統的承諾，對TMD涉台案的處理可謂“頗費心思”。
1999年2月5日，美國在台協會主席卜睿哲在台北表示，美國還在對TMD是否納入台灣進行評估，尚未作出最後決定。他提出有三個因素將決定TMD是否與台灣掛鉤：一是TMD的實際效果，二是加入成本，三是TMD對政治大環境、特別是兩岸關係的影響。[21]2月11日，美國白宮、國務院和國防部新聞發言人分別就TMD問題表示，美國方麵仍未作出擴展到台灣的決定。白宮發言人魯賓表示，美國將視TMD未來技術發展狀況、台灣的防務需求和什麼才是維持台灣海峽和平的最好辦法這三項條件，來考慮決定TMD是否與台灣掛鉤。美國國防部要提交給國會的有關TMD入台的評估報告也遲遲沒有送交國會，直到1999年2月中旬才向國會提交了“TMD建構方案”和其相關的“台灣海峽安全情勢報告”，並隨後向新聞界公布了報告的“非機密版”。報告發布之前，美國國防部長助理坎貝爾、報告的主要起草人馬克·斯托克斯和國防部中國事務部主任佩德分別前往台海兩岸對報告內容進行了吹風。美國媒體數度報道說，由於這兩份報告性質均十分敏感，美國政府曾經幾度修改文字以期淡化報告主題。
這兩份報告主要在於進行所謂“事實”的陳述和技術性的說明。對於是否將台灣納入TMD，沒有作出肯定或否定的建議。但是，從已經公布的“台灣海峽安全情勢報告”來看，美國國防部所作出的兩岸軍事力量“不對稱”發展、所得出的台灣最大的威脅來自於中國的導彈部署這一結論以及把2005年作為兩岸軍事實力發展的決定性分界等內容來看，這份報告的傾向性是在突出中國大陸對於台灣的所謂“導彈威脅”，以及這種“威脅”將難於使得台灣“保持自己所希望的現狀”。[22]因此，其潛台詞實際上有利於TMD與台灣掛鉤。1999年3月初，美國國務卿奧爾布賴特訪問北京，對中國領導人表示TMD還不是一項成熟的技術，有關TMD係統部署或者TMD入台等問題美國還沒有作出決定。[23]美國明確拒絕了中方有關美國應該就TMD不入台作出保證的要求。