1999年12月8日，正在北京訪問的葉利欽總統對記者表示：“昨天克林頓竟敢向俄羅斯施加壓力。他大概忘了俄羅斯是一個什麼樣的國家了。俄羅斯擁有完備的核武器……過去沒有，將來也不會有由克林頓來發號施令，讓人怎麼生活，怎麼休息這種事。怎麼生活將由我們說了算，而不是他。”[29]1999年12月18日，俄外長伊萬諾夫表示，不同意聯合國人權事務高級專員瑪利·羅伯遜夫人在12月16日所作出的有關格羅茲尼人權狀況“令人擔憂”的指責。當月，俄羅斯國防部長謝爾蓋耶夫在俄官方報紙上發表了題為《俄羅斯的軍事技術政策原則》的文章。該文章明確提出，俄羅斯在世界核戰爭中有著非常具體的目標，美國是具體的頭號敵人。武裝力量是國家利益以及“國家和社會生存與進步”的主要保障。同時，武器又是一種多功能的工具，國防部打算借助這一工具對付的不僅是不友好的政治集團和聯盟，還有獨聯體內的“離心進程”。為了完成這一使命，軍隊應該有能力開展作戰行動，最主要的是確保“使用核武器對侵略國或國家聯盟造成應有的損失”[30]。為了加強自身的實力，1999年12月，俄羅斯與白俄羅斯兩國政府簽署了“聯盟條約”這是俄羅斯麵對美國和北約在歐洲安全問題上的幹涉主義和擴張局勢所采取的重大回應性措施。
進入2000年後，俄羅斯重新修訂了國家安全構想和軍事學說，對俄羅斯麵臨的外部威脅進行了重新評估，其中特別強調了北約東擴問題。俄國防部國際合作總局局長伊瓦紹夫上將稱，俄羅斯與北約關係發展的前景完全取決於雙方在科索沃問題上的合作是否有效。俄羅斯還再次重申，如果俄羅斯認為使用常規武器不能保證本國安全的話，將首先使用核武器。2000年2月，俄羅斯與白俄羅斯已經決定組建一支數十萬人的部隊來保衛西部同北約接壤的地帶。白俄羅斯總統盧卡申科明確表示，組建這支聯合軍隊的目的就是要同不斷擴大的北約進行對抗。[31]
俄羅斯在NMD問題上立場轉向強硬
隨著與西方關係在科索沃和車臣問題上陷入新的緊張，俄羅斯在反導條約和NMD問題上對美國作出讓步的可能性進一步降低。對俄羅斯來說，拒絕修改反導條約、反對美國部署NMD的戰略緊迫感進一步突出。俄羅斯在維護反導條約、反對美國部署NMD方麵的立場也越來越堅定。
1999年6月，麵對俄羅斯國內緊迫的經濟局勢和科索沃戰爭後惡化的美俄關係，俄羅斯曾一度考慮過在反彈道導彈條約問題上與美國進行新一輪協調，並希望以此帶動美俄削減戰略武器談判的深入和俄美關係的恢複。盡管國內有許多反對意見，迫於美國的壓力，俄羅斯同意與美國就反導條約的修改問題進行磋商。1999年6月的科隆八國集團首腦會議中，克林頓和葉利欽進行了會談。美俄雙方曾在ABM條約和削減戰略導彈問題上達成了一致。具體來說，就是俄羅斯同意考慮修改反彈道導彈條約，而美國願意在俄羅斯國家杜馬還沒有批準第二階段削減戰略核武器條約之前，就開始起草下一階段的削減戰略武器條約。6月21日，美國國家安全事務助理伯傑在科隆舉行的新聞招待會上表示，在克林頓和葉利欽的科隆會晤中，葉利欽表示俄羅斯願意就修改反彈道導彈條約問題與美國進行磋商。[32]葉利欽在科隆峰會上還向克林頓總統建議“建立不擴散導彈和導彈技術的全球監督機製”[33]。
然而，即使俄羅斯鬆動的立場也沒有帶來美國的克製，美國在戰略武器係統發展方麵的霸權追求仍然在不斷繼續。1999年9月8—9日，美國和俄羅斯之間就修改此項條約問題，在莫斯科舉行了副外長級談判。雙方的談判代表分別是俄羅斯外交部副部長馬梅多夫和美國副國務卿塔爾博特（Strobe Talbott）。塔爾博特在會談中向俄方提出了一份題為“反彈道導彈條約談判要點”（ABM Treaty Talking Points）的修訂建議書，要求俄方接受。塔爾博特還向馬梅多夫表示，如果俄羅斯拒絕接受這份建議書，堅持不同意修改反導條約，美國將直接退出該條約，自行作出部署NMD的決定。[34]
根據後來公布的“會談要點”（Talking Points）方案，美國的意圖是希望與俄羅斯簽署一項新的《反彈道導彈條約》議定書（protocol），以此來修改反導條約的有關規定。美國在送交俄羅斯的議定書草案中承認，擬議中的NMD武器係統違反了反導條約的現有規定。克林頓總統最遲將在2000年年中之前作出部署NMD的決定。這項議定書草案的核心是修改反導條約第1條，明確宣布美國NMD係統這樣的“有限國家導彈防禦武器係統”不在《反彈道導彈條約》的管製之列。[35]為此，美國在該方案中還竭力辯解說，國家導彈防禦係統不會削弱俄羅斯戰略核力量的威懾能力，因為俄羅斯不管參與什麼樣的裁軍協議都會保留有足夠的戰略核武器，俄羅斯也可以將核武器處於隨時待命發射的警戒狀態（alert status）。
為此，白宮一再試圖向俄羅斯說明NMD部署後對戰略導彈的攔截能力是“有限”的，因而對反導條約的修訂也同樣是“有限”的。美國國務卿奧爾布賴特在1999年11月10日的一次演說中表示：“我們對反導條約所尋求的變化是有限的。對反導條約的修改不會允許我們損害俄羅斯的威懾力。”[36]美國主管政策問題的副國務卿斯洛卡姆（Walter B。Slobe）也在1999年10月13日的國會聽證會上說：“我們所設想的NMD有限導彈防禦係統完全符合反導條約的基本宗旨。反導條約的宗旨就是要防止條約締約方中的任何一方的戰略威懾力受到其他一方的導彈防禦能力的威脅。我們堅信反導條約可以被修訂，以便可以接納一個有限的NMD係統的部署。同時，保留反導條約禁止發展大規模導彈防禦的基本原則，繼續保留反導條約禁止損害任何一方戰略威懾力的作用。”[37]
然而，美國的解釋對俄羅斯來說是難以接受的。從技術上來說，克林頓政府可以宣布隻部署一個有限的NMD係統，即便C-3方案中的250枚攔截導彈對俄羅斯目前6800枚核彈頭的核武庫來說，並不會構成戰略威懾力的致命威脅。然而，當NMD進入部署程序後，一旦C-2方案朝著C-3方案過渡，NMD係統中的雷達係統和SBIRS係統就將在全球建立起來。這兩個係統對導彈攔截的支持力可以擴展到對大規模導彈進攻的防禦。因此，盡管克林頓政府三階段NMD部署方案中攔截導彈數量有限，但一旦啟動，會產生一個“突破點”。到那時候，NMD係統的攔截潛力不是以現在所規劃的250枚攔截導彈來衡量的。這個突破點將出現在NMD現有方案中雷達和太空飛行器都部署完畢之後。到達這個點後，NMD的導彈防禦能力隻需簡單增加攔截導彈數量就會有進一步的擴張。[38]
這就給俄羅斯的威懾力在未來勾畫出了一幅完全不確定的前景。一旦C-3方案部署完成之後，250枚攔截導彈可能不至於構成對俄羅斯威懾力的重大威脅，但如果美國在2010年以後迅速增加攔截導彈的建造和部署數量，則完全會構成對俄羅斯戰略進攻力量的嚴重威脅。特別是由於經濟實力衰退的限製，俄羅斯無法維持一支龐大的進攻性戰略核力量。按照俄方的構想，第三階段削減進攻性戰略核力量的目標是1500枚核彈頭。對美國來說，從250枚攔截導彈發展到1500枚攔截導彈所需花費的時間，將遠遠小於俄羅斯力圖重新建立進攻性威懾所需要的時間。因此，俄羅斯在修改反導條約問題上在技術上就麵臨著直接的困境：一旦美國NMD導彈攔截係統的攔截能力繼續擴張，俄羅斯將會失去在核力量建設上繼續保持“相互威懾”處於平衡狀態的反應時間。如果到了那個時候美國再宣布退出反導條約，大舉增加攔截導彈的部署數量，俄羅斯將在戰略上完全失去製約和平衡美國戰略威脅的政治、外交和軍事手段。