在這個時期，美國積極遊說西歐盟國和東亞的日本、韓國以及中國台灣加入TMD的聯合研製。爭取更多的國家和地區參與美國的戰區導彈防禦計劃，既可以使美國補充TMD的研製和部署經費，讓這些國家和地區分擔發展導彈防禦的巨額費用，並動用這些國家和地區已有的技術力量，又可以為今後TMD武器係統的部署提供方便。TMD一旦研製成功，顯然直接需要在這些國家和地區部署，除了保護美國海外駐軍之外，美國根據自己的軍事同盟關係也要對這些國家和地區提供保護義務。美國並不想讓TMD成為“免費的午餐”。另外，TMD武器係統也有同這些國家和地區的現有武器準備兼容的問題。聯合研製可以解決TMD與美國軍事同盟體係內部現有武器係統的相互配套和支持問題。當然，最重要的是，聯合研製啟動後必然會走向聯合部署，TMD係統的軍事定單就有了相當保障。但是，在1998年下半年之前，美國軍方的“遊說”工作進展十分有限。其原因一是聯合研製耗資巨大，二是對TMD的成功前景和實效性普遍存在觀望態度。1997年日本曾經表示了參與TMD的意向，但由於顧及中國的反對，再加上國內反對美日加強聯合安保政治勢力的作用，在1998年9月朝鮮“大埔洞1號”導彈發射之前並沒有作出具體的決定。西歐各國更是態度冷淡，隻是在1995年與美國簽訂了在現有武器係統基礎上實現與TMD武器係統“兼容”的協議。從1987年以來，美國和以色列一直在從事代號為“天箭”的反導彈聯合研製計劃。美、以雙方通過TMD進一步加強了原有的“天箭”計劃合作，TMD中的JTME項目為美方參與“天箭”撥款。但是這並不等於以色列與美國聯合進行TMD研製，而是美、以雙方在“天箭”項目上加強了反彈道導彈技術的合作，並努力使TMD與“天箭”相互兼容。
此外，在TMD聯合研製方麵美國獲得了來自日本和中國台灣方麵的明確答複。1998年9月，日本對朝鮮的導彈試射作出了強硬反應，並以日本受到朝鮮“威脅”為由決定正式參與TMD聯合研製。中國台灣為了挾洋自重、對抗兩岸統一進程，也在1998年9月後改變了原來認為TMD是一個“錢坑”的看法，大打所謂中國大陸對台灣的“導彈威脅”牌，極力爭取擠進TMD美日合作研製，或至少以軍購以及技術轉讓的方式，獲得部分TMD武器係統。1998年9月末，美國國會通過了1999年度國防授權法案，要求國防部就在東亞部署TMD的具體構想向國會提出報告，並以附件的形式授權美國政府可以根據“需要”在美國的東亞盟友日本、韓國和中國台灣部署TMD戰區導彈防禦係統。但是，直到1999年7月，TMD的核心部分——TRAAD—的試驗進行了5次，均告失敗。美國軍方對TMD武器家族中的各個武器單位作出了新的研發評估，以便確定下一步的研製、試驗和部署重點。
克林頓總統在1999年1月2日宣布了提高美國軍事預算的新舉措，美國將在今後6年內新增加國防軍費1000億美元，不惜以強硬的“鷹派”姿態在國內政壇上提升總統的“人氣”。TMD同樣是美國目前軍事力量發展的重點項目，克林頓政府宣布增加軍費，使得整個BMD計劃的加速研發大受其益。根據克林頓增加軍費的1月2日的講話，1999—2000年度美國新增軍費110億美元，其中有近70億美元將用於BMD計劃的加速發展。新增軍費的另外一大項支出則用於反對國際恐怖主義。1999年1月中旬，美國國防部長科恩在訪問日本時表示，美國將加速TMD研製，並將TMD的部署時間由2010年提前到2007年。[33]科恩在隨後對韓國訪問時也提出，美國將加快TMD的研製和部署時間，其中的“NTW”實戰裝備將提前2—3年，並將繼續追加預算。[34]美國現在的設想是把NTW作為TMD武器係統研發的重點，並從原來預定的2010年提前到2007年研製成功並投入現役。1月20日，科恩與美國參謀長聯席會議主席謝爾頓、BMDO局長李維斯舉行聯合新聞發布會，宣布美國對TMD部署作出調整。美國將以“海軍全戰區導彈防禦係統”（NWDS）為下階段研發的重點，同時繼續進行陸基THAAD的研製。美國將在2005年對這兩個係統經過評估後決定哪個係統首先投入部署，部署將在2007年開始。
研製中的TMD武器係統包括有多層次（layered）的導彈防禦能力。TMD的低空層防禦（low-tier defense）是以“愛國者Ⅲ”（Patriot Advanced Capabilities 3，PAC-3）和“海軍低空層導彈防禦係統”（Navy Area-Wide Defense，NAW）為主。其重點是把“愛國者”反導彈係統從1型發展到製導增強型攔截導彈的“PAC-2 GEM”，再發展到PAC-3.PAC-3是“愛國者”反導彈係統的“頂級型”，它和海軍區域導彈防禦係統NAM主要負責對戰區短程導彈的防禦，是對彈道導彈進行低空攔截的主力。PAC-3代表了美國對戰術導彈防禦能力的實質性進展，也是美國軍方設想攔截戰區射程內的低空彈道導彈和巡航導彈的首要依托。
“PAC-2 GEM”於1995年正式開始生產並投入現役。從1995年開始，五角大樓對研製中的PAC-3係統進行了一係列性能提升計劃（Configuration 1-3）。按計劃，1998年，PAC-2PLUS（相當於PAC-3的Configuration-2）開始進入部署，其技術發展主要是配備了製導增強型的攔截導彈（Guide Enhanced Missile，GEM），也被稱為PAC-2GEM。PAC-2GEM的Configuration-3就是PAC-3.1997年9月，PAC-3進行了首次飛行試驗，並獲得了成功。1999年3月15日，美國國防部宣布，首次PAC-3實彈飛行試射成功。1999年第四季度裝備了第一套PAC-3原型係統。美軍計劃在2001年在第三期改進計劃完成之後將正式進入實戰部署。[35]加強了GEM之後的“愛國者”係統在防禦區域、目標搜尋速度和攔截精度等方麵，比“沙漠風暴”期間的“愛國者”係統都將有長足提高。PAC-2GEM的攔截彈頭使用的是高爆炸藥，而PAC-3的攔截方式則是使用了90年代的HTK技術，不是靠爆炸而是靠撞擊力擊毀敵方的彈道導彈。
一套PAC-3係統的標準配備由四部分組成：一套雷達係統、一個接觸控製台（Engagement Control Station，ECS）、8個攔截導彈發射站以及PAC-3攔截導彈。每個PAC-3導彈發射站裝備有4個導彈發射器，每個發射器中可以一次裝填4枚攔截導彈。因此，一套PAC-3係統最大可以同時發射16枚PAC-3攔截導彈。[36]而且，每個PAC-3發射器在射出所有導彈之後可以整體換裝，不用一枚一枚單填。這就縮短了每次發射PAC-3攔截導彈的間隔。PAC-3一次導彈發射的能力比PAC-2有了明顯提高。每個PAC-2發射站隻能同時裝填和發射4枚導彈。美國目前對PAC-3的實戰部署是傾向於同PAC-2GEM係統混合編組。一個標準PAC-3作戰單位（a patriot battery/fire unit）將由3個PAC-2GEM發射站和5個PAC-3發射站組成。這樣一個標準PAC-3作戰單位將可以同時裝填和發射92枚導彈。目前，TMD中以PAC-3為代表，用於低空和在導彈飛行末端進行攔截的TMD低空層反導彈技術，已基本成熟。
海軍低空層導彈防禦係統（NAW）也被稱為“海軍區域戰術導彈防禦係統”（Navy Area-Wide TBMD）。NAW主要是為了增強海軍力量的戰術性彈道導彈防禦能力，同時也可以利用軍艦在大海中遊弋的特點，為軍港、主力艦隊提供輔助性的低空層導彈防禦。它可以避免美國為了應付突發性地區衝突在軍事力量集結時必須大規模運送PAC-3係統的麻煩，而可以直接利用“宙斯盾”軍艦進行導彈防禦力量的前沿集結。美國總審計局在1998年曾做過估算，搬運一套標準PAC-3係統需要9架大力神C-5運輸機或者15架C-17運輸機。[37]NAW與PAC-3一樣，都具有在中、低空層——大氣層內——攔截和摧毀來襲的目標導彈的能力。其發射平台是美國的“宙斯盾級”（Aegis Class）軍艦。美軍現有的設想是：在提康德洛加級（Ticonderoga）巡洋艦和伯克級（Arleigh Burke）驅逐艦上，強化現役中的“宙斯盾一標準空中導彈防禦係統”（Aegis/Standard Missile Air Defense），包括改進這兩型軍艦上的AN/SPY-1B/D相位陣列雷達、電子戰係統與“標準-2”（Standard Missile 2/SM-2 Block 5）防空導彈，使之成為“標準-2IVA”攔截導彈。後者的攔截高度可以達到30公裏，有效覆蓋半徑達到300公裏。美國國防部現在的計劃是，到2003年，改裝27艘配備有宙斯盾武器係統的導彈驅逐艦、28艘提康德洛加級巡洋艦，使它們具備NAW海上低空層戰區導彈防禦能力。[38]升級後的宙斯盾係統也將具有對巡航導彈的攔截能力。
在“宙斯盾”戰艦的改裝過程中，22艘提康德洛加級巡洋艦和所有的“宙斯盾”驅逐艦將裝備導彈“垂直發射係統”（Vertical Launching System，VLS）。VLS由“標準導彈”、“戰斧”陸地攻擊巡航導彈以及艦載反潛導彈組成。因此，在美軍“宙斯盾”級軍艦完成VLS和NAW能力改裝和升級之後，將具有綜合的對地攻擊、反潛、防空和導彈防禦等多重作戰功能，其火力將更為強大。此外，“宙斯盾”係統改裝VLS和NAW之後，還將繼續保留其掃雷能力。一艘提康德洛加級“宙斯盾”巡洋艦最多可以配備118枚“標準2IVA”反彈道導彈，將形成一個攻防兼備的強大海上戰鬥係統。美國海軍的計劃是到2010年，所有的現役“宙斯盾”級驅逐艦都將升級和改裝為具有NAW能力的戰艦。在未來的軍事戰鬥中，美軍希望NAW與“PAC-3”配合使用，組成強大的低空層彈道導彈防禦網絡。從作戰能力上來說，PAC-3和NAW都是著眼於“點防禦”能力的TMD係統。但比美軍原來擁有的反彈道導彈係統已經有了巨大擴展。NAW的作戰範圍為600—1000公裏。[39]1997年1月24日，NAW在美軍的白沙導彈試驗場進行了首次導彈攔截試驗。