至於方濟各會士，以奉守清貧、托缽為生為修行宗旨的他們，看到在華耶穌會士身著綢緞、出門坐轎，就已經認為他們背離了天主教傳教士應有的操守，而根本不會再去考慮耶穌會士這麼做的實際原因。此外，在13、14世紀時屬於新生修會的方濟各會也傳教時也曾不拘成法，為了贏得傳教區而發揮開放性和創造。但經過幾百年的發展後，在地位和成就穩固的同時，觀念也日趨保守，對於耶穌會士歸化上層的政策持反對意見，認為窮人更天然地接近天主教。同時，他們認為，耶穌會士順應中國禮俗的做法將催生一個不服羅馬管教的、中國人的“民族”教會。利瑪竇製定適應政策時確實懷著建立一個中國本地教會的理想，但他與這些方濟各會士的區別在於，對這樣性質教會的態度不同，利瑪竇及其追隨者們認為這是在中國傳教的成功結果，方濟各會士則認為這樣一個教會很危險。所以初來中國的方濟各會士對禮儀問題寸步不讓，正是因為他們敏感到耶穌會士政策中包含的這層“危險性”。耶穌會士則抱怨方濟各會士和其他托缽僧在譴責他們根本不理解的東西，並指控方濟各會士代表西班牙人宣揚武力征服政策。
當這些觀念的分歧同上述利益糾葛相纏繞時，禮儀問題就不可能隻是理性的爭論。托缽會士入境中國之初，就對耶穌會士表現出很不理性的態度。由於他們是秘密自台灣進入福建，違反中國政府的規定而不自知，又在教規和禮儀問題上與受耶穌會士熏陶的中國教徒產生分歧，所以幾位托缽會士先驅在最初幾年裏不斷遭遇中國政府的驅逐和教眾的敵視。但他們想當然地把這些挫折歸結為耶穌會士利用自身在地方官府和教徒中的影響力背後搗鬼，而根本不考慮他們麵對的是來自中國社會的阻力。耶穌會士自然也不情願有人來爭奪他們的傳教成果，因此大多也沒有以積極的態度幫助這批新來者。
然而，最早來到中國的意大利籍多明我會士高奇（Ange Cocchi）在私自進入福建並遭官府關押之後，卻是在耶穌會士艾儒略的幫助下於福安開辟了傳教區。為此他還向馬尼拉的多明我會當局報告說，多明我會士來到中國後必須要像中國人那樣生活，要學習官話並遵照耶穌會士的方法。而馬尼拉多明我會士倡導的那種不計法律身份、隻求一旦著陸開始公然布道的方法不是正確道路。此外，17、18世紀之交的江西宗座代牧、奧古斯丁會士白萬樂（Alvaro de Benevente）也支持耶穌會士的禮儀政策，並專門就此致書羅馬教廷。前文講過，1707-1708年間遵守康熙領票令的傳教士中也包括方濟各會士和奧古斯丁會士，這意味著他們為了能繼續在中國活動而宣布遵守利瑪竇政策。這些事件充分說明了不同修會成員在能夠友好相處或意識到共同利益、並對中國社會現狀有所了解的情況下，對傳教政策的理解也可能達成一致。反過來，對傳教政策的分歧卻會在修會間彼此敵視、一味追求自身利益、不諳中國國情的狀況下愈演愈深，晚於高奇來到福建的多明我會士黎玉範和方濟各會士利安當挑起禮儀之爭時無疑正包含著這樣的因素。在禮儀之爭的第二階段，也就是以福建宗座代牧閻當為主角的階段裏，閻當本人遭遇的權力紛爭因素也被清晰地投射到禮儀之爭上。