根據耶穌會羅馬檔案館“日本中國卷”32件中國士人論禮儀問題的文獻，來自福建、江西、浙江、陝西的士人天主徒在17世紀晚期配合耶穌會士的調查，對中國各種祭祀禮儀的含義充分發表了意見。從下麵這份簡表中可見，首先，奉教士人主要討論祭祖、祀孔禮儀，兼及一些民間祭祀行為，但沒有討論“天”或“上帝”的含義。然而在17世紀前期，士人論天主教的作品卻主要圍繞術語問題或中國人的宇宙觀問題進行。由此看來，在經過明清之際第一代士人天主徒對宇宙觀的討論和禮儀之爭的第一階段之後，由於耶穌會士已就使用“天主”而非“上帝”一詞達成共識，在17世紀晚期第二階段的禮儀之爭中便不再以此為問題，而集中在祭祀禮儀方麵征詢中國士人的意見。
其次，17世紀晚期這批奉教士人解釋中國禮儀含義的思路同耶穌會士的一致，即，以考據法確定禮儀在古代文獻（主要是《禮記》）中的含義，並以之為禮儀的真實含義。其中暗含的思路是，當代中國人的思想、行為和習俗是古代的延續，如果古人的祭祀方式不是迷信，則當代中國人的類似做法也不應是迷信。如果真的是迷信，則是因為後來受了佛教、道教等不良宗教文化的影響，而不是本質如此。並且因為曆史原因犯的信仰過失，也可以在曆史實踐中改正。比如在文件39/1中，江西贛州的夏大常承認土神崇拜確是迷信，但強調這不是中國傳統，《禮記·祭義篇》出現的“鬼神”，其含義是用鬼神的表樣來勉人從善去惡，並非說人死了成神或成鬼。然而後人誤解古書真義，杜撰出人死後成鬼神或土神說，並且這種誤解相當晚近，《封神傳》對於人們相信土神起自周朝一說罪不可推。
第三，區分士人行為與民間行為，引用當代的官方權威文獻（如朱熹《家禮》，陳澔《禮記集說》）表明儒士對禮儀的態度與對禮儀含義的理解遵循古代的真正教誨；承認民間的祭祀行為中摻雜迷信行為，但強調儒教一向是反對這些迷信內容的，而且隨著蒙昧之地受儒家教化日益開化，該地的迷信行為已呈減弱趨勢。如文件40/9a所論浙東地區的迷信也已不複以往，按儒家標準已經不算僭越，40/7b論秦川漢水地區喪禮的草殉習俗是對古代“人殉”製度的改革，已無害於天理。這一思路亦與耶穌會士在適應政策和禮儀政策中崇古抑今的思路一致。在反對迷信這個問題上，奉教士人力圖將儒教表現為天主教的同盟，而把反對的矛頭指向佛教與道教，甚至文件39/1中夏大常不無埋怨地暗示，天主教傳教士不該抓著儒教中的一些迷信表象不放，卻忽視了真正該指責批判的敵人——佛教
我們選擇幾條傳教士在向羅馬教廷申訴時常涉及的內容來看17世紀末期奉教士人相應的具體論述。
第一，喪禮中的吊祭行為。按照黎玉範的描述，中國人有為死者設靈壇的習俗，靈壇前供香燭鮮花，吊唁者要跪拜靈壇和遺像，這在1645年的傳信部決議中被判為該禁止的行為。李九功在《證禮芻議》中辯護說，吊唁是一種針對族戚、師友、鄰裏故舊的慰問性禮節，與這些人生病而去探視是同類禮節，其文本依據是《禮記》中的“為生者吊，為死者傷”以及《左傳》中各國有憂則吊的禮儀慣例。既然是吊唁熟人，為了表達感情自然要借助一些儀式和物品，即上香、跪拜之舉，於禮無可非議。至於燒紙錢，顯係迷信，古代所未有，儒家所不喜，為末俗所尚，奉教之家當然要革除此舉。
第二，祭拜祖先。黎玉範批評中國人在祖廟、家中和墓地對祖先進行偶像崇拜式的祭拜活動，對著先人畫像、雕像或牌位，設祭壇和祭品，並跪拜禱告，相信牌位上有先人靈魂，會來享用供品。中國士人對此一一加以辨析。關於牌位，李九功稱設木主是為了讓後人觸目興思，記憶先人，事死如事生，合乎人之性情。至於見識淺陋者，見“神主”二字便可能會以為有真神棲於其上，所以應加以改進，去“神主”二字，隻寫先人名號。關於歲時祭享，李九功承認這些外在的儀式近於虛文，但出發點是無可非議的，即報本，使人子借以申明孝思，並不真的相信先人之靈會來享用供品。所以燒紙錢和禱告這類行為不是古代製定祭享禮儀時的本來之意，奉教人士當然也不會做，不過應當改進的是，在擺放酒饌實物完成禮儀性的追思之後，撤饌以送貧戚。李九功體現的思路是，儒家製定的祭拜祖先禮儀旨在表達孝道，合乎人之自然天性，以天主教的標準衡量，也合於天主教人敬天愛身的基本宗旨。