明代開國皇帝朱元璋篤信佛教，更換各地地名，將白鹿原和□河地區改為龍首鄉，“鄂公殿”也更名為“鶴龜殿”。到萬曆年間乙醜歲，縣令張九思和地方鄉代表雍萬二人出麵重修“鶴龜殿”，在原鄂公殿基、玄帝廟基前邊新蓋大殿六間，重塑玄帝坐像，刷新崖下“龍首觀”（是“玉貞觀”的別名）。到萬曆丁卯年又有楊河等人修宮闕、雕金神像、樹山門，並更“鄂公殿”、“玉貞觀”、“龍首觀”、“鶴龜殿”之諸廟名為“祖師庵”，在廟中添建佛教釋迦洞、五大菩薩像、老君洞，成為道、佛歸一的“祖師庵”廟。
清光緒人姚天順聽其父姚學錄（同治年間劫難幸免人之一）傳述而遺言村眾：清同治丙寅間（即1866年）義民軍從隴東進入陝西灞橋一帶，轉戰各地，戰亂廝殺，血水成河，1867年清軍督都左宗棠率軍入陝，於1868年秋戰勝義軍，義軍退入甘肅。
在此次劫難中，在白鹿原肖家村的郭家大祠堂內，駐紮了義軍分支的指揮部。“祖師庵”駐紮的義軍，拆毀了“祖師庵”內的鼓樓、鍾樓，並燒毀許多古柏，廟外後邊東坡上十幾畝果園、花果山被毀。此劫前，中殿村有二百七八十口人，劫後人口減至隻有逃亡在外的三十八人了。當時村中不論男女老幼，盡為所屠，村中所剩房屋，中殿村中隻賈家一間房，北殿村除郭家祠堂周圍四五家人的家室外，全燒毀了。最為慘烈的是在村東大槐樹上用鐵釘將一名老翁釘死了。
抗日戰爭時期，村民楊成凱、姚天順、雍繼周等人組成校董會，利用“祖師庵”的房舍經長安縣批準辦起了鄂公殿中心國民小學，聘任賀生英為校長，這就是韓森第二中心小學、狄寨第六完小、三殿小學的前身。
三、祖師庵的革命軼事
公元1900年，八國聯軍攻打北京時，龍首鄉地區民眾及西安城東的英雄雲集“祖師庵”，辦“硬肚團”，演練排刀，聲勢浩大，誓師大會上張掛“保家衛國”大旗，目的是以防外侮，備保西安地區。
民國廿四年，有村民強人打富濟貧者，外號張三，化名張愛國，先是自發鬧革命，後來曾和共產黨地下工作者李愛國在秦嶺山區接了頭，並更名張愛國。
他回鄉後，在“祖師庵”廟中插旗招兵，形成氣候，並向大戶人家派糧，為紅軍李先念部隊輸送兵員和糧食到藍田縣厚溝村（今為厚鎮）被紅軍接收，第二批糧食未送到，紅軍已撤離北上遠去，隻好撤回。事發後，張愛國在該年9月被當地的聯公所槍殺在□河西岸邊徐老八的桃園中，張愛國未留下親生兒女。
解放後，張愛國大侄兒張德元就此案狀告到西安軍法處。經查明，主犯離世，軍法處判有關協從及凶手張四維獄刑四年、蘇洛齊獄刑八年、張麻子被發配西遷到周至縣山區中。
據張德元和中殿村已故的姚大連老人生前遺述：張愛國準備組織起義，因客觀條件惡化，將義旗和木刻印投放在姚大連（解放後為地方農會主任）家西園子井內的窨子中隱藏，因填井蓋房，已半個世紀未見天日了。
鄂公殿小學時期，有革命誌士在此教書，掩護身份。趙伯平因和校長是同學篤友，曾秘密從商洛西進，路過學校夜宿。
四、祖師庵的文化價值
該廟自明代以後，是道、佛兩教歸一的聖地。其塑像及繪畫，記述了人類蒙昧時代和中華民族三十萬年曆史及近五千年來的文明史、我國曆朝各代的演變和曆史畫卷以及佛、道兩教的故事。
廟西坡下的娃娃坡與猴娃溝是舊石器時代中期的遺址，其土層是灰色的土層，廟南有一溝名為爬子溝，溝上北側有洞府“三皇洞”、“玉皇閣”，緊連接“祖師庵”。三皇洞府中，塑有三十萬年前洪水遍天下的人類象征代表頭生小雙角的有巢氏像，表現遠古時代人類“頭生有角、體無衣，居生群處，構木為巢，知母不知父，無識親戚、兄弟姐妹、夫妻、男女之分。無上下長幼之道，無進退揖讓之禮，冬則居營窟，夏而居杷曾巢，食草木之實，鳥獸之肉，飲其血，茹其毛，衣其羽皮，構木為巢以避害。”